도쿄 이변으로부터 10년. 피난처의 중학교에 다니고 있던 이가사리 간타는, 친구들과 함께 평범한 나날을 보내고 있었다. 그러나 어느 날 수수께끼의 '붉은 남자' 의 의해 반 친구들이 몰살 당하면서 평화로운 나날은 종언을 선고한다. 사건의 범인으로써 누명을 뒤집어 쓰고 사형을 선고받은 간타는 완전 민영화 형무소「데드맨 원더랜드」에 수감되는데...

작업장에서의 대형사고, 그리고 타마키의 의미심장한 말에 간수장 마키나는 간타의 존재에 대해 의문을 품기 시작한다. 한편, 사고로 부상을 입은 간타는 치료받기 위해 들어간 의무실에서 타가미 요우와 재회하게 된다. 요우와의 대화로 '도그 레이스쇼' 에 대해 알게된 간타는 배고픈 배를 채우기 위해 시로와 함께 등록하게 되는데...

'데드맨 원더랜드' 를 지배하고 있는 광기와 부조리. 하지만 그것이 현실. 자신의 목숨이 끝나가는걸 알면서도 어찌할 도리가 없는 간타는 환한 시로의 미소에도 웃는 얼굴로 대답해 줄 수가 없었다. 그러한 간타앞에 친구들을 학살한 진범 '붉은 남자' 가 모습을 드러내게 되는데...!!

절체절명의 위기에 놓여있던 간타와 시로를 구한건 오른쪽 눈 위에 문신이 있는 장신의 남자였다. 피를 조종하는 그 남자를 보고 그를 '붉은 남자'라고 판단하게 되는 간타. 자신에게도 생겨나버린 피를 조종하는 능력 '죄의 가지' 를 발동, 그 남자에게 복수하려는 간타였지만...

G동에서 자신이 능력자 '데드맨' 인것을, 그리고 '데드맨 원더랜드' 에 수감되게 된 진짜 이유를 알게 된 간타. 하지만 충격과 공포는 여기서 멈추지 않고, 데드맨 들끼리 서로 살육을 즐기는 쇼 '카니발 코프스' 에 참전할것을 강요 당하게 되는데...

모든 것이 미쳐 돌아가고 있다. 사육제의 첫 시합이후, 희망을 잃은 채 의기 소침해 있던 간타는 G동의 거주하는 소녀, 미나츠키와 만나게 된다. 눈물을 흘리며 자신의 처지를 이야기하는 미나츠키의 가련한 모습에 마음이 동한 간타는 어떠한 결심을 하게 되는데...

의무실에서 치료를 받고 있던 간타는 갑자기 가슴에 통증을 느끼게 된다. 그리고 그와 동시에 큰 흔들림이 G동을 덥친다. 가슴의 통증이 계속 되는 가운데, 잊고 있었던 어린 시절의 소중한 추억을 떠올리게 된 간타였는데...

시로와의 재회, 그리고 켄가미나 나기와 코시오 카라코를 핵심멤버로 하는 반체제 조직 '자유의 쇠사슬' 과의 만남을 통해 작은 희망을 발견한 간타. 그러나, 그러한 간타와 '자유의 쇠사슬' 앞을, 타마키가 보낸 대 데드맨 부대 '언더테이커' 가 가로막는다.

데드맨 원더랜드의 부조리를 세상에 폭로하기 위한 계획 - 급습 파옥 계획.

두 패로 나뉘어 행동을 시작 '자유의 쇠사슬'. 카라코와 함께 계획에 참여한 간타였지만, 그 전방을 네크로 마크로가 가로막는다. 한편, 다른 편에서 행동을 하고 있던 나기와 로쿠로는 도착한 제어실에서 커다른 가방을 짊어진 어린 소녀를 만나게 되는데...

켄카쿠를 필두로 하는 '언더테이커' 와의 싸움으로 점차 피폐해져가는 '자유의 쇠사슬' 멤버들. 그러나 전투 도중 갑자기 철수하는 '언더테이커' 들. 그 모습에 당황하는 간타일행 앞에 시로가 나타난다. 그리고 시로가 취한 행동은 '자유의 쇠사슬' 멤버들을 더욱 절망으로 떨어뜨렸는데... 실의와 분노에 찬 간타는 시로를...

'언더테이커' 에게 사로잡힌 카라코와 시로를 구하기 위해 달려온 간타가 본 것은, 수라화하여 닥치는대로 '죄의 가지'를 휘두르는 나기의 모습이었다. 그 압도적인 폭력앞에서 자신의 몸을 방패로 시로를 감싸는 간타. 상처입는 간타를 바라보는 시로의 비통한 절규, 카라코의 눈물, 광기에 휩싸인 겐카쿠. 절체절명의 상황에서 간타가 선택한 운명이란...!