故事发生在一块失落的大陆上。在这个大陆的居民由于失落大陆的影响，其中的一些人具备了能力，亦是他们所说的超能力者。 　　故事中两个原本对立的主人翁刘凤和一马，因为所秉持的观念不同，各自为不同的对象服务。只不过一个名正言顺的替政府办公，利用超能力战士来遏制原居民中的超能力者，使其不滋生事端。另一个却是被指责为反派的为原大陆居民寻求真正的自由、独立。 　　像一马所说的，自由要K自己的手来获得，那才叫真正的自由。别人给与的，别人同样也能拿会去。所以他不愿投K到刘凤那边。以至于两者间不停不休的战斗。 　　因为一起意外事件,刘凤失忆，沦落在失落的大陆。亲身感触到很多事情的他，觉得原来的观念是偏颇的， 　　于是便站在了原大陆居民一边。结果遭到原组织的追杀…… 　　了解了一切真相的刘凤，最后和一马成了并肩的战友，亦决定去打败真正造成这一切的罪魁祸首……

21世紀初的日本，原因不明的地殼變動使以橫濱為中心，半徑30公里的區域突然隆起，它從此以後被稱為“Lost Ground”。由於日本政府在此地實行的街道復興計劃，使這個地方成為特殊的二層社會，這裡的人被劃分為住在復興地區的“inner”和住在崩壞地區的“outer”，而不久之後在Lost Ground出生的人開始擁有一種叫“Alter”的超能力，他們以這種能力不斷進行暴力和掠奪行為，人們都稱他們為“Alter能力者”。為此，Lost Ground的警察機關內成立了一支以同樣擁有Alter能力的人為成員的部隊“HOLY”，以應對事態。在這樣的背景下，在崩壞地區成長的Alter能力者カズマ與HOLY所屬的Alter能力者劉鳳相遇了，故事也由此展開。

因為所屬的地方不同，數馬是一個為了錢而生活的人，以自己的超能力來為自己獲得金錢，從而滿足自己的生活，另一方面，劉鳳是一個為了找尋Alter結晶體，為自己的母親報仇而加入HOLY的人。HOLY是由阿爾達超能力者組成的警察部隊，為了保護沒有超能力的人、制止超能力犯罪而設立，所以HOLY的人會捕捉周圍土生的超能力者。如此對立的兩人，展開了互相追捕與戰鬥的關係。

The aftermath of a mysterious environmental catastrophe has left the land in complete desolation! While mankind has been able to rebuild the city, the catastrophe has caused some humans to undergo genetic mutations granting them special powers and abilities. These genetically enhanced humans are known as Alters. Kazuma has spent his entire life in the wastelands relying on his special powers to survive, but when a secret organization called ‘Holy’ threatens to take away his freedom, he will be left with a choice to join or die. His fight to seek the truth behind the ‘Holy’ will rage and consume humanity and Alter alike!

Il y a 22 ans, un mystérieux phénomène sismique frappa violemment le district de Yokohama, le séparant définitivement du reste du Japon. C'est alors que l'on s'aperçut que le séisme avait eu des répercussions inattendues. Dans ce monde perdu, une partie des nouveaux nés commencèrent à développer des pouvoirs extraordinaires propres à leurs possesseurs. Yokohama devint une région chaotique à cause de ces humains mutés, connus sous le nom d'Alters. Une force de police spéciale, la HOLD, est chargée de contrôler tous les utilisateurs d'Alter de la Terre Perdue. En son sein, l'unité spéciale HOLY, composée d'utilisateurs d'Alter également, traque sans relâche les renégats ...

Man befindet sich in einer von gewaltbereiten Gegend, die sich Lost Ground nennt. Der abenteuerlustige und kampfliebende Kerl Kazuma trägt ein Gen in sich, dass sich "Alter" nennt. Durch dieses Gen ist ein Mensch mit übernatürlichen Kräften ausgestattet und jeder kann auf ein höheres Level kommen. Er kümmert sich außerdem um ein kleines Mädchen namens Yuta. Dann ist es auch noch so, dass es eine Organisation (HOLY) gibt, die dieses Gen für sich ausnutzen will. Nachdem Kazuma gegenüber dem HOLY Anführer Ryohou eine tiefe Niederlage einstecken musste, ist sein Hass gegenüber diesen ziemlich gestiegen. Wenn da nicht sein guter Freund Kimishima wäre und ihn immer aus der Patsche helfen würde. Außerdem verbirgt sich hinter Kazumas Identität noch ein Geheimnis...

21世紀初頭の近未来（本編開始より22年前）、神奈川県の一部で突如、横浜を中心に自然現象ではあり得ない程の原因不明エネルギーを放出して大規模な隆起が発生し、半径約20kmから30km・高さ240メートル以上にも及ぶ「ロストグラウンド」と呼ばれる大地が誕生した。首都圏全域の機能が失われ、政治・経済も長期に渡る停滞を続けることになった。5年後、余力ができ復興した日本政府や国連からの援助によりロストグラウンドは復興するも、復興した市街の住人と崩壊地区の住人「インナー」という特殊な二層社会が形成される。 大隆起現象から8年（5.1chDVD-BOX付属ブックレットでは18年）後、ロストグラウンドは日本においての完全独立自治領連（むらじ）経済特別区域と認定される。その背景には、ロストグラウンド生まれの約2%の新生児に「アルター能力」という特殊能力を持つ者達が現れ始めたということがある。彼らは「アルター使い」や「ネイティブアルター」と呼ばれ、その中でも特に暴力や略奪を行う一部は「アルター犯罪者」と呼ばれるようになった。これに対して本土側はロストグラウンドにおける武装警察機関「HOLD」内に、アルター能力者による部隊「HOLY」を設立し、これに対応した。そんな中、ロストグラウンドの崩壊地区で生まれ育ったアルター使い・カズマは、HOLYに所属するアルター使い・劉鳳と出会う。

무라지 경제 특별 구역, 통칭 로스트 그라운드는 대규모적인 지각 융기에 의해 생겨난 곳으로 원래는 일본 도쿄 인근의 카나가와였다. 22년 전의 대융기 이후 본토와 분리된 이곳에서는 태어난 신생아들 가운데 약 1%가 일종의 초능력인 앨터 능력을 갖고 태어나게 되었다. 일종의 초능력이라고 할 수 있는 앨터 능력을 가진 자들은 그 특이성으로 인해 일반 사람들로부터 배척받는 처지에 놓이게 된다.

한편 일본 정부(본토)는 로스트 그라운드에 거대한 장벽을 세우고, 장벽 안에 본토와 같은 질서와 법이 지켜지는 시가지를 건설한다. 그리고 강도와 불량배, 그리고 관리되지 않는 앨터 능력자 '네이티브 앨터'에 의해 가히 혼돈의 상태에 빠져있는 장벽 밖의 치안을 지키고자, 시가지 안에 치안 유지기구 홀드와 네이티브 앨터에 맞대응하기 위해서 같은 앨터 능력자들로 구성된 '홀리'가 창설된다.

그러나 홀드는 재개발이라는 미명하에 장벽 밖에서 나름대로 살아가는 사람들을 다른 곳으로 몰아내고, 홀리는 각지의 네이티브 앨터를 관리하에 두기 위하여 그들을 잡아들여 홀리에 입대시키거나 노동형, 혹은 본토로 보내버리는 등 각종 탄압 활동을 펼치는데...

Em um futuro próximo, um estranho fenômeno separa uma área do Japão do restante da ilha principal e este lugar vem a ser conhecido como a "Terra Perdida". Nos anos seguintes, alguns daqueles nascidos na Terra Perdida desenvolvem a habilidade de alterar a matéria. Eles são denominados Alters e são caçados pela HOLY, uma nova organização do governo que é encarregada de capturar usuários Alters nativos. Entretanto, um usuário Alter chamado Kazuma opõe-se abertamente contra a HOLY. Terá ele sucesso em sua briga contra eles?

В ближайшем будущем на удаленном острове под названием "The Lost Grounds" появилась новая разновидность людей, Alter User'ы, умеющие манипулировать материей и преобразовывать ее во что-то другое. На этом острове гражданами считаются те, кто родился внутри обнесенного стеной городе, в то время как все остальные ведут полузаконное существование в бесплодных землях. Пытаясь поддерживать мир полицейские войска HOLD вместе с отрядом элитных alter user'ов HOLY захватывают опасных native alter user'ов и предлагают им выбор... присоединиться к HOLY или быть заключенными в тюрьму. После того, как молодой native alter user Kazuma встречается с HOLY, возникает вопрос. Действительно ли HOLY заинтересована в том, чтобы всем было хорошо, или у них есть какие-то другием мотивы?

En el futuro, un fenómeno inexplicable ha ocurrido en una distante isla llamada “La tierra perdida”, dando lugar a una nueva especie de humanos. Estos humanos evolucionados, llamados usuarios de Alter, son capaces de manipular materia y reformarla en formas únicas. En esta isla remota, aquellos nacidos dentro de una ciudad amurallada son ciudadanos, mientras que los nacidos fuera viven sin leyes.

En un intento de mantener la paz, la fuerza policial HOLD junto al grupo de elite de usuarios de Alter, HOLY, capturan a los peligrosos usuarios de Alter nativos y les ofrecen una opción… unirse a HOLY o ser aprisionados. Después del encuentro del joven usuario de Alter nativo, Kazuma, con HOLY, las dudas crecen: De verdad esta HOLY interesada en el bien común, o hay alguna otra razón detrás de sus acciones

En el futuro, un fenómeno inexplicable ha ocurrido en una distante isla llamada “La tierra perdida”, dando lugar a una nueva especie de humanos. Estos humanos evolucionados, llamados usuarios de Alter, son capaces de manipular materia y reformarla en formas únicas. En esta isla remota, aquellos nacidos dentro de una ciudad amurallada son ciudadanos, mientras que los nacidos fuera viven sin leyes.

En un intento de mantener la paz, la fuerza policial HOLD junto al grupo de elite de usuarios de Alter, HOLY, capturan a los peligrosos usuarios de Alter nativos y les ofrecen una opción… unirse a HOLY o ser aprisionados. Después del encuentro del joven usuario de Alter nativo, Kazuma, con HOLY, las dudas crecen: De verdad esta HOLY interesada en el bien común, o hay alguna otra razón detrás de sus acciones