Het is ongeveer 50 jaar geleden dat een mysterieuze vijand genaamd de Genjuu in de lucht verscheen. De vernietiging van de mensheid leek op handen, gezien de woedende veldslagen.

De Japanse regering wordt geconfronteerd met een dilemma: zij besluit een handvol geselecteerde jonge vrouwen en mannen naar het slagveld te sturen. Onder hen is de 14-jarige Atsushi, die is toegewezen aan de 5121 Force. Als piloot van een mensachtige oorlogsmachine wordt hij al snel de Japanse troef aan het front. Maar welk lot wacht Atsushi en zijn vrienden?