Yoko ist ein junges Mädchen, das in ihren Träumen von unheimlichen Phantasiekreaturen heimgesucht wird. Die schüchterne Musterschülerin ist Klassensprecherin und achtet immer sehr auf das, was ihre Mitschüler von ihr denken. Sie ist das absolute Gegenteil von ihrer Mitschülerin Sugimoto, einer einsamen Einzelgängerin. Yokos ruhiges Leben gerät völlig aus den Fugen, als eines Tages ein merkwürdig aussehender Mann namens Keiki in ihrer Schule auftaucht und ihr eröffnet, sie sei die "Auserwählte". Er fordert sie auf, ihm in seine Welt zu folgen, um ihr Schicksal zu erfüllen. Die verängstigte Yoko weigert sich, dem sonderbaren Fremden zu glauben, bis ein Furcht erregender Riesenvogel auftaucht und sie angreift. Keiki gibt Yoko zu ihrer Verteidigung ein geheimnisvolles Schwert. Nach dem Durcheinander des Kampfes nimmt Keiki Yoko, Sugimoto und ihren Freund Asano mit in seine Welt: die Welt der Twelve Kingdoms...

Yoko, Sugimoto und Asano werden auf dem Weg in die andere Welt voneinander getrennt. Die ganz auf sich allein gestellte Yoko wird von den Bewohnern eines verwüsteten Dorfes angegriffen, die ihr vorwerfen, Schuld an allem zu sein. Außerdem wollen sie ihr gierig das Schwert von Keiki wegnehmen. Yoko wird gefangen genommen und in ein anderes Dorf gebracht. Dort trifft sie Sugimoto wieder, aber diese erkennt Yoko nicht, weil ihr Gesicht so verändert ist. Die beiden Mädchen merken, dass nur Yoko die Srache der Menschen dieser Welt versteht. Dann sollen sie in die Hauptstadt gebracht werden. Unterwegs treffen sie Asano wieder, der auch gefangen genommen wurde.

Der Gefangenentransport wird von wilden Bestien angefallen, aber das Einschreiten Aozarus, des Geistes, den Keiki in Yokos Körper eingeflösst hat, rettet sie. Dann lernen sie Takki kennen. Die freundliche junge Frau bietet ihnen Hilfe an und empfielt ihnen eine Herberge, in der sie arbeiten können. Die Herberge von Kasai liegt im Königreich Ko, in das die Bevölkerung des Königreiches Kei geflüchtet ist, um den Angriffen der bösartigen Kreaturen zu entgehen, die in ihrem Herrscherlosen Land wüten. Zur gleichen Zeit scheint der König von Ko, Shuujo, einen tiefen Hass auf Yoko und ihre Freunde zu hegen, denn er beauftragt eine geheimnisvolle Frau namens Korin damit, sie gefangen zu nehmen.

Korin kann Sugimoto dazu überreden, ihr zu folgen und ihre Freunde zu verlassen. Yoko gerät immer mehr in den Bann des Geistes in ihrem Schwert, der sie manipulieren will: Er macht alles schlecht und ruft bei ihr so Ablehnung und Misstrauen jedem gegenüber hervor. Plötzlich werden Asano und Yoko angegriffen und im Kampf getrennt. Als Yoko wieder erwacht, entdeckt sie Sugimoto in begleitung von Korin. Die beiden kommen mit dem Auftrag, sie zu töten! Die Freundinnen liefern sich einen Schwertkampf. Zur gleichen Zeit erschüttern merkwürdige Geschehnisse das Königreicht Kei, in dem gerade Lady Johei zur neuen Königin ernannt wurde, obwohl ihr Volk nicht einstimmig von ihr überzeugt ist...

Nach dreitägigem Schlaf wacht Yoko in einem unbekannten Haus auf und entdeckt neben ihrem Bett ein komisches Wesen namens Rakushun. Letzterer sieht aus wie eine riesige Ratte, spricht und handelt aber wie ein Mensch. Er hat die geschwächte Yoko gepflegt und ihre Verletzungen versorgt. Anfangs ist Yoko misstrauisch, aber sie begreift schnell, dass Rakushun nur ihr Bestes will. Langsam führt er sie in das Leben in der Welt der 12 Königreiche ein. Yoko erfährt, dass es ein Königreich gibt, in dem fremde Besucher herzlich aufgenommen werden und beschließt, dorthin zu gehen. Sie bricht mit Rakushun als Führer auf, aber unterwegs werden sie angegriffen.

Während des Kampfes gelingt es Yoko endlich, Herr über Aozaru, den Geist in ihrem Schwert, zu werden. Allerdings wird sie dabei von Rakushun getrennt. Wieder auf sich allein gestellt, trifft sie eine Familie, die ebenfalls auf der Reise ins Königreich En ist. Sie schließt sich ihnen für die Überfahrt nach Agan an. Auf dem Weg erfährt sie von dem Schwindel um die Ernennung Joheis zur Königin von Kei. Zur gleichen Zeit wird Sugimoto in ein einsames Haus in der Nähe von Shuusei gebracht und dort festgehalten, weil sie Yoko nicht getötet hat. Dort taucht ein junger Mann mit goldenem Haar auf, der nach seiner alten Freudin sucht...

Sugimoto fleht König Shuujo an, ihr noch eine Chance zur Beseitigung von Yoko zu geben. Er verleiht ihr neue Kräfte, damit sie besser mit Yoko mithalten kann, deren Kampfgeschick durch den Schwertgeist noch verzehnfacht wird. Auf der Suche nach Yoko lernt sie in Agan Gyokuyou kennen, die ihr von der Erschaffung der Welt durch den Gott Tentei erzählt. Am Tag der Abreise nach En gibt Kotetsu Yoko einen Passierschein, mit dem sie gefahrlos überall hingehen kann. Auch Sugimoto geht an Bord des Schiffes nach En... Doch es wird von Youma angegriffen. Chouryu, der riesige, Blitze schlagende Drachen des Meeres besiegt sie. Im Kampf verliert Sugimoto all ihre Kräfte. Sie wird bewusstlos und erwacht erst wieder in En.

Yoko kommt in der Stadt Ugou im Königreich En an und trifft dort voller Freude Rakushun wieder. Sie reisen nach Houryou wo sie Heiki kennen lernen. Er erklärt ihnen endlich, warum Keiki Yoko in Japan den Treueschwur geleistet hat. Sugimoto, die immer noch im Aufrage des Königs Shuujo unterwegs ist, entdeckt in En eine ganz andere Seite dieser Welt. In En wird das Volk nicht wie in Ko unterdrückt und die Mutanten sind als vollwertige Bürger voll in die Gesellschaft integriert. Sie trifft Enki, den Jungen mit dem goldenen Haar wieder, und er nimmt sie mit nach Houryou.

Yoko lernt Shoryu, den König von En, kennen. Er lüftet das Geheimnis ihres Schwertes "Suiguutou": Der im Schwert gefangene Geist Aozaru hat ihre Visionen hervorgerufen. Der König stellt ihr auch Enki, das heilige Tier von En, vor und erklärt ihr, dass sie, die ja zur Königin bestimmt ist, wenn sie diese Welt wieder verlassen sollte, den Tod ihres heiligen Tieres Keiki verursachen und ihr Königreicht Kei ins Chaos stürzen würde. Sugimoto erfährt auch von Yokos Bestimmung, weigert sich aber blind vor Eifersucht, diese Wahrheit hinzunehmen und redet sich ein, sie selbst sei eigentlich die wahre Königin von Kei, die von Keiki auserwählt wurde.

Shoryu erzählt Yoko seine Geschichte. Enki und er kommen aus dem Japan des 16. Jahrhunderts. Nachdem Enki von seinen Eltern verlassenwurde, fand ihn seine Nyoukai wieder und brachte ihn in die Welt der Zwölf Königreiche zurück. Er war ein Heiliges Tier und sollte eines Tages einen neuen Herrscher auswählen. Aber er weigerte sich, dies zu tun, weil die Könige seiner Meinung nach immer nur Kriege auslösten. Also flüchtete er und kehrte nach Japan zurück. Dort traf er Shoryu und spürte sofort, dass dieser Mann König von En werden würde. Nach langem Zögern nahm Enki Shoryu mit in die Welt der Zwölf Königreiche. Yoko begreift, dass die Beiden, auch wenn sie wie sie aus Japan kommen, nicht mehr zurück möchten, weil En jetzt ihre Heimat ist.

Yoko erfährt von Rakushun einiges über Yo-ou, die letzte Königin von Kei und ihr Schwert zeigt ihr mit einer Vision, was für eine Tragödie sich während Yos Herrschaft zugetragen hat. Yoko wird sich zunehmend der Verantwortung bewusst, die ihr in ihrer neuen Rolle zukommen würde und schreckt deshalb noch stärker als vorher davor zurück, die Königsrolle anzunehmen. Um besser zu einer Entscheidung zu finden, mischt sie sich trotz der Gefahr unters Volk.

König Shuujo erzählt Sugimoto, dass Yoko den König von En beeinflusst hat und die ganze Welt zerstören wird. Er fordert sie dazu auf, die Welt zu retten und sie nimmt den Auftrag an. In der Stadt treffen die Mädchen aufeinander und ein heftiger Kampf beginnt. Shuujo greift ein und Sugimoto begreift, dass er sie von Anfang an nur ausgenutzt hat...

Sugimoto merkt endlich, dass sie manipuliert und ausgenutzt wurde und entschuldigt sich bei ihrer Freundin Yoko. Korin fleht Shuujo an, mit ihr in den Palast Suikou zurückzukehren, weil der Himmel sie für das, was sie Yoko angetan haben, bestrafen wird, aber der König von Ko hört nicht auf sie. Als er Yoko töten will, springt Korin dazwischen und bekommt den Schlag an Yokos Stelle ab, wodurch das Schicksal des Königs endgültig besiegelt wird. Yoko beschließt, ins Königreich Kei zu gehen, um Keiki zu retten. Obwohl Rakushun sie gerne als Königin hätte, zweifelt sie noch immer an ihrer Fähigkeit zum Herrschen und denkt darüber nachm zurück zu gehen...

Rakushun erzählt Yoko die Geschichte der zwölf Königreiche: Einst zerstörete der Herrscher des Himmels die Welt und machte daraus zwölf Königreiche. Er schuf das Gelbe Meer und den Berg Ho. Dem König hedes Königreiches übergab er einen Ast, um den eine Schlange geschlungen war. Diese Schlangen stützten das Himmelsgewölbe. An jedem Ast befanden sich drei Früchte, die den Thron, das Land und die Erde symbolisierten. Die Äste wurden zu Lichtstrahlen. Die Erde steht für das Volk, das Land für das Gesetz und das Licht für die Geschichte. Der Thron wird vom Heiligen Tier verkörpert. Es gibt zwölf Königreiche, zwölf Könige und zwölf Heilige Tiere. Sie allein können die Herrscher über die Königreiche auserwählen. Wenn ein Herrscher von rechten Weg abkommt, wird das Heilige Tier krank.