21世紀後半。欲望を追い続けたことにより滅亡寸前まで追い込まれた人類は、滅びを回避するために遺伝子操作で自ら強制的に進化する方法をとった。この選択によって、人為的に人口のバランスは理想的な男女比1：9に保たれ、人々が恋愛感情や支配欲を無くすことによって社会は安定していった。こうして23世紀、完全なる遺伝子操作社会は完成した。そんな中、遺伝子の適性からパイロットとして軍事訓練を受けていたミカ・セイドウは、Sミッションと呼ばれる特殊任務のための召集がかけられた。その途中に立ち寄った宇宙ステーションで、ミカはかつての親友の仇、ヒロト・アマギワに出会い…。