21世紀、超能力者（エスパー）は増え続けていた。彼らは軍事、外交、経済等あらゆる分野で活躍し、国際競争の鍵を握っていた。しかし、最高ランクである超度7のエスパーは日本国内に三人しか確認されていなかった。その三人とは明石薫、野上葵、三宮紫穂で、いずれも10歳（物語開始時点）の少女であり、内務省特務機関超能力支援研究局・通称「B.A.B.E.L.（バベル）」においてチーム「ザ・チルドレン」として働いていた。

優秀な超能力研究者である皆本光一は、能力を見こまれてザ・チルドレンの現場運用主任となり、指揮官として数々のミッションを共に解決していく中で、チルドレンの信頼を得る。彼らに見守られながらチルドレンたちは成長していく。