Als Otonashi auf dem Gelände einer ihm unbekannten Schule erwacht, weiß er zunächst nicht, was vor sich geht. Weder das Mädchen mit der Feuerwaffe in der Hand, das ihn in Empfang nimmt, noch die Tatsache, dass er sich an kein Detail seines bisherigen Lebens erinnern kann, wecken in ihm Begeisterung. Das Mädchen, Yuri, erklärt Otonashi, dass er gestorben sei, und dass es sich bei dem Schulgelände, auf dem sie sich befinden, um eine Welt zwischen Leben und Tod handle. Sie erzählt ihm von der Shinda Sekai Sensen, einer Art Untergrundorganisation, der sie und einige andere Bewohner dieser Welt angehören. Die Mitglieder der SSS sind allesamt "tote" Jugendliche, die sich weigern, sich dem System der Schule anzupassen. Denn sobald man sich den Schulregeln beugt, verschwindet man auf mysteriöse Weise aus der Zwischenwelt.