2114年、シビュラシステム運用下にある東京の繁華街で連続爆破事件が起きた。公安局刑事課一係の監視官・常守朱は、事件直後に色相が悪化した人物のサイマスティックスキャンのログをトレースすることで居場所を特定。一係と二係の刑事と現場へ向かう。朱は逃亡を図る潜在犯・喜汰沢旭をすぐに執行しようとせず、ある可能性に賭けようとしていた――。

二係の監視官が失踪し、ドミネーターが一挺行方不明に。手がかりは現場に残された謎のメッセージ「WC？」のみ。シビュラシステム運用下において一切の痕跡を残さず行動ができる人物がいるとしたら、それは透明人間でしかない。そのころ拘留中の連続爆破犯の犯罪係数が執行対象外に下がるという事態が起きた――。

逃亡する潜在犯がエリミネーターで執行される直前につぶやいた人物の名前は……カムイ。その人物はサイマティックスキャンを欺き、他人のサイコパスをクリアにすることができるらしい。真実を追う監視官・常守朱は潜在犯隔離施設に向かい、ある男に面会する。いないはずの存在・カムイを追う朱に一係の刑事たちは混乱するが――。

救世主を名乗る人物がメンタルケア施設を占拠し、患者を人質にとる事件が起きた。犯人はカムイの名を叫ぶ。行方不明になった監視官に導かれて、このメンタルケア施設にいた二係の監視官・青柳璃彩はドミネーターを犯人に突きつける。だが、その犯人の犯罪係数は執行対象外だった。犯人を止めようとする青柳はガラス片を握り締め――。

局長に命じられた三係の作戦の結果、犯人とともに人質のサイコパスも悪化しメンタルケア施設は虐殺の場となってしまった。事件後、朱はカムイの存在を確認するために国防省の軍事ドローン研究開発部門が使用している旧港の倉庫地帯へ足を運ぶ。すると捜査中に軍事ドローンが起動し、殺戮をはじめた。そのドローンを操作している者の正体は――。

軍事ドローンは容赦なく刑事たちを追いつめる。そこにドミネーターを持った人物が現れ、犯罪係数が悪化した刑事たちを撃っていく。常守朱はカムイの目的に気づき、執行官を下がらせ、監視官が前線に出るように切り替える。そして朱自らカムイの足取りを追うのだが・・・・・・。そのころ市街では、ドローンの暴走が拡大し大混乱が起きていた――。

ゲームに見せかけ一般人に軍事ドローンを操作させた虐殺事件の中、複数のドミネーターが奪われた。鹿矛囲は手に入れたドミネーターを誰に向けようとしているのか。そしてそれらのドミネーターはなぜ停止措置がとられないのか――。シビュラシステムに常守朱は問いかける。そのころホロデザイナーだった雛河翔は、鹿矛囲が使うホロから思わぬ手がかりを見つける――。

鹿矛囲桐斗とは何者なのか――。鹿矛囲は過去に死んだ人間の成長ホロを駆使してあらゆるところに潜んでいた。朱たちはそこに綿密な計画性を感じ取る。一方、美佳は製薬会社を経営する東金財団を調査し、鹿矛囲に関係する特許を取得していたことを発見する。鹿矛囲の正体に迫る美佳は、公安局局長の禾生壌宗に報告書を提出するが――。

シビュラシステムの真実を禾生から告げられる美佳。真実を受け入れ社会を賛美する彼女は、シビュラの申し子を称する東金朔夜に逆らえなくなっていく。その頃、鹿矛囲は公安局から奪った複数のドミネーターを手に政府の役人たちに牙をむいていた。ドミネーターの使用が確認され、朱と一係のメンバーは現場に急行。そこに鹿矛囲が残した朱へのメッセージとは――。

透明人間が姿を見せながら行動を起こした。地下鉄に爆弾を仕掛け、700人以上の乗客を人質にとった鹿矛囲は、人質に向かってドミネーターによる無差別攻撃を開始する。鹿矛囲の目標に気づいた朱は局長の禾生と面会。そこで鹿矛囲抹殺の命を受けるも従わず、大きな賭けにでる決断をする。鹿矛囲のもとへ向かう朱。そこに立ちはだかったのは予想外の人物だった――。