2114 年，在西比拉系統運用之下的東京繁華街道發生了連續爆炸事件。 公安局刑事課一系的監視官·常守朱，通過對事件發生後色相惡化的人物的掃描記錄進行追踪而鎖定了其所在地，和第一分隊、第二分隊的刑警前往現場。 面對企圖逃亡的潛在犯·喜汰澤旭，朱並沒有立即對其進行執行，而是賭上了某個可能性。

第二分隊的監視官失踪，同時也有一把 Dominator 去向不明。唯一的線索只有殘留在現場的神祕訊息「WC？」。如果真有能夠在西比拉系統的運用下還能隱藏一切痕跡行動的人物，那隻有可能是透明人。此時，拘留中的連續爆炸犯的犯罪係數居然下降到了執行對像外的水準。

逃亡的潛在犯在被消除模式執行前不停念著的人物的名字是鹿矛圍。這個人物騙過了掃描系統，似乎也能讓他人的心理指數變得清澈。追尋真相的監視官·常守朱前往潛在犯隔離設施，並與某個男人見面了。朱堅持追尋本不該存在的存在·鹿矛圍，第一分隊的刑警因為她的決定而陷入混亂。

自稱救世主的人物佔領了心理保健設施，並挾持患者為人質。犯人呼喊著鹿矛圍的名字。在去向不明的監視官引導下來到這所心理保健設施的二系監視官·青柳璃彩，使用 Dominator 突擊犯人。但，這名犯人的犯罪係數卻在執行對像外。打算阻止犯人的青柳，手中緊握著玻璃碎片。

第三分隊奉了局長的命令展開作戰，結果是和犯人在一起的人質們的心理指數也惡化，心理保健設施成為了屠殺的現場。事件結束後，朱為了確認鹿矛圍的存在，前往被國防省用作軍事多隆研究開發部門的舊港倉庫地帶。在搜查過程中，軍事多隆突然啟動並開始了殺戮。操作這些多隆的人的真面目是？

軍事多隆毫不留情地追殺著刑警。持有 Dominator 的人物現身，向犯罪係數惡化的刑警們射擊。常守朱注意到鹿矛圍的目的，命令執行官們退後，而改由監視官站到前線。之後朱親自追逐鹿矛圍的行蹤。同時，街市上多隆的暴走逐漸擴大，產生了大混亂。

在偽裝成遊戲讓一般人操作軍事多隆進行的虐殺事件當中，多數的 Dominator 被奪走了。鹿矛圍得到的這些 Dominator 打算交給誰來使用，以及為何這些 Dominator 沒有被實施停止措施。常守朱向西比拉系統提出這些質問。就在這時，曾經是全息設計師的雛河翔，從鹿矛圍所使用的全息投影中發現了意想不到的線索。

鹿矛圍桐鬥究竟是何人？鹿矛圍驅使著以前死去人們的全息投影，潛藏在各個角落。朱等人從中感覺到了周詳的計劃性。另一方面，美佳在調查經營製藥公司的東金財團的過程中，發現他們取得了與鹿矛圍有關的專利。逼近鹿矛圍真實身分的美佳，向公安局局長禾生壤宗提交了報告書。

禾生將西比拉系統的真相告訴了美佳。接受了真相的美佳讚美這個社會，對於自稱西比拉神子的東金朔夜不再有任何違抗。與此同時，鹿矛圍利用從公安局奪走的多數 Dominator 向政府官員們露出了獠牙。確認到 Dominator 的使用，朱與第一分隊的成員迅速趕到現場。在那裡，鹿矛圍留給朱的訊息是？

透明人終於現形了，開​​始了行動。在地鐵設置了炸彈並將 700 人以上的乘客作為人質的鹿矛圍，開始使用 Dominator 對人質進行無差別攻擊。注意到鹿矛圍目標的朱與局長禾生會面。在那裡，她接受了將鹿矛圍抹殺的命令，但她並沒有遵從這項命令，而是決定賭上一把。朱向鹿矛圍所在的地方前進，但阻擋在那裡的卻是意想不到的人物。