"Fraulein D." überzeugt den galaktischen Rat, dass Yuna gefährlich ist, woraufhin dieser den Sonderermittler Klasse-A, Saline Misaki, zur Beobachtung von Yuna auf die Erde schickt. Außerdem schickt Fraulein D. ihre Gehilfinnen Lucia und Lica. Diese sollen Yuna aus der Stadt locken, damit Fraulein D. sich als Yuna ausgeben und mit einem falschen El-line in der Stadt herumwüten kann.

In dem Spiel wurde wohl Yuna als eine Kämpferin des Lichts ausgewählt und muss gegen die Mächte der Finsternis kämpfen. Unterstützt wird sie dabei von weiteren "Galaxy Frauleins". Außerdem kann sie den Kampfroboter El-line benutzen. Normalerweise besucht sie zusammen mit ihrer ewig hungrigen, aber unglaublich starken, Freundin Yuri eine ganz gewöhnliche Schule auf der Erde. Yuri ist ein Androide, den sie auf dem Mond in einem Grab fand. Sie hat aber alle Erinnerungen daran verloren, wann und warum sie erschaffen wurde.