七年前因皋月驱的姐姐自杀，驱无法接受现实，一直封闭自己的心，但和一起在孤儿院长大的由佳，以及同班同学香央里和匡非常要好。一天放学，驱和由佳受到香央里和匡的邀请去“阿亚纳斯”，驱以不想挤人堆为由拒绝，由佳也随着驱婉拒。驱送由佳来到水奈濑家门口时，驱又决定和由佳一起去“阿亚纳斯”，在中途的桥上，驱牵住由佳的手的一瞬间，赤夜降临了……

赤夜里，驱和由佳被草壁美铃相救。为了弄清楚这个世界的真相，驱、由佳和美铃前往了水晶塔。在水晶塔里，驱等人遇到了在水晶里求救的女孩莉泽特，就在此时，三人受到了袭击，在驱被袭击的一瞬间，三人回到了现实世界。第二天，驱在学校图书馆里再次看到了姐姐的身影，寻找姐姐的同时，在地上发现了一张纸片，上面写着……

“唤醒恶魔的人是你”，驱把责任都归咎于自己，为了保护由佳，驱拜托美铃教他战斗，并想以战斗为契机使自己的力量觉醒。晚上，驱在美铃的指导下学习，中途驱、由佳和美铃被卷入赤夜，黑骑士随之来袭击驱等人，在美铃的阻挡下，驱和由佳先行逃走，但随后又被敌人追上，三人的命运……

除驱、由佳和美铃之外，雪子和贤久也可以生存在赤夜里。几人在考现学部里，赤夜降临了，随后驱等人遭到黑骑士ira的攻击，美铃不敌，此时雪子摘下眼镜展现出另一种人格，表现出极强的战斗力，但被随后来的黑骑士invidia击败。贤久出现在高处向ira和invidia进攻。赤夜即将结束，两名黑骑士才放弃战斗。赤夜结束后，大家也知道了雪子的不死性质，并接受了她。

美铃终于将另一位能生存在赤夜的人带来，那就是三年级的橘菊理，名字以及长相和驱的姐姐一模一样，但驱和由佳被告知菊理和驱的姐姐不是同一个人，而且菊理不会说话。随后赤夜降临，黑骑士ira追击驱和由佳，驱领悟到美铃所传授的话，力量在此刻觉醒，将ira击杀，然而赤夜结束后，驱出现了奇怪的症状……

美铃用阴阳的力量救活了驱，但这一幕被由佳误会，驱追着逃走的由佳来到了学校，赤夜降临下来，美铃打算阻挡黑骑士acedia，让驱寻找由佳，但并未成功，本打算使用劫之眼的驱也发挥不出力量，在驱即将受到攻击时，菊理的守护天使阿布拉库萨斯击败了acedia。

大家分头寻找由佳的时候，驱和贤久被invidia和superbia拦截，驱再次使用劫之眼重伤invidia，但驱和贤久已经到了极限，这时美铃、雪子和菊理出现将invidia打入绝境，invidia创造了封印结界，并打算自爆与驱等人同归于尽，由佳突然出现在高处，觉醒的力量使其他的力量无效化，打破了结界。

由佳因发动了力量过度劳累倒下，美铃则将草壁操的事告诉了驱，并让驱喝下了自己的血，以提高驱的力量，不妙让由佳看见，由佳趁机舔了美铃额头的伤口。事后，为寻找雪子，美铃和菊理离开，剩下由佳和驱听到了二楼传来的动静，驱上去查看情况，却发现是……

彩子遇害，贤久的魔力因此暴走，在迷失自己之前，贤久希望雪子将自己杀死。另一方面，superbia来到美铃家，并用自己的力量将美铃吸引过来，对战中，美铃完全不敌superbia，赤夜结束后，美铃已失去了战胜superbia的信心，大家的羁绊也逐渐断裂。

告知了驱和由佳等人是虚无魔石的碎片，存在于不同的平行世界，当七个碎片聚集到一起时，就会实现魔女莉泽萝忒的愿望——地狱之坠，而黑骑士的目的是通过杀死“碎片”，防止世界毁灭。另一方面，雪子被迫杀死暴走的贤久，为了复仇，一个人来到了水晶塔前……

由佳夺得魔石碎片，释放了魔女，获得重生的魔女又得到了结花的魔石碎片，为了不让魔女得到劫之眼，黑骑士avaritia将驱和美铃送出赤夜，而自己则在战败，栞也自杀了。另外，驱和美铃为了获得力量结为夫妻，由此打开了赤夜，但此时的魔女变成了由佳的样子，骗取了驱的信任，夺得了劫之眼，一切都掌握在魔女手中……