עונה שנייה למותחן עוצר הנשימה. שנה לאחר סיום המרדף, נראה שחייו של ראיין חזרו אליו לחלוטין, אלא שמתחת לפני השטח האובססיה שלו כלפי גו קרול גדלה, וסדרת רציחות ביום השנה למותו של קרול מזעזעת את כולם.

ריאן מקבל שיחת טלפון מסתורית שמביאה למפגש מסוכן; גילויים חדשים נחשפים על חייו החדשים של ג'ו.

האף-בי-איי מתחיל לחשוד שראיין אינו נמצא מחוץ לתמונה כפי שהוא טוען לאחר שהם מגלים שהוא חקר את אמה ושאר חברי הכת שנותרו. בינתיים, גו נאלץ להפעיל תכנית חדשה.

ראיין ומקס צוללים עמוק יותר אל תוך חזרתו המפתיעה של גו קרול ומנסים להישאר צעד אחד לפני חוקרי האף-בי-איי.

ראיין ומקס מצליחים לתפוס חשוד, אך סיבוכים שונים מובילים למשחק מסוכן של חתול ועכבר. בינתיים, ג'ו מתרגל לסביבתו החדשה והוגה תכנית משל עצמו, ואילו אמה מבינה שהיא נמצאת בחברה מסוכנת.

ראיין ומקס מזעיקים את האף-בי-איי כאשר הם זקוקים לתגבורת, אך לווסטון יש רעיונות אחרים המובילים למאבק בין טוב ורע. בינתיים, מערכת היחסים החדשה של גו מגיעה למחוזות חדשים, ואילו לוק מוצא את עצמו במצב בעייתי.

ראיין ואנשי האף-בי-איי ממשיכים במרדף אחר לילי גריי, אך נאלצים לשנות כיוון כאשר איום חדש נכנס לחייה של מקס. בינתיים, ג'ו, אמה ומאנדי מגיעים למקום המחבוא החדש שלהם ומבינים שהדברים אינם כפי שהם נראים.

ראיין, מקס ו-ווסטון מגלים מידע שמקרב אותם לחשיפת זהותו של החפרפרת באף-בי-איי, דבר המוביל לסיבוכים אחרים. בינתיים, ג'ו ומיכה מוציאים לפועל תכנית המסכנת את הכת במטרה להעביר הודעה לראיין ושאר העולם.

בעוד כוחו על הכת הולך וגדל, ג'ו מוציא לפועל תכנית קטלנית חדשה בעזרת עוזרים חדשים הנושאים את דרישותיו. בינתיים, ראיין ומקס הוגים תכנית ליצירת קשר עם ג'ו בכדי לאתר אותו, ואילו ווסטון פוגש אדם מעברו.

רצח המוני שנחשב לרעיון של ג'ו, מוביל את ראיין ומייק אל טריטוריה מסוכנת, אלא שככל שהפרטים נחשפים השניים מבינים שיכול להיות שיש מנהיג חדש שמרים את ראשו. בינתיים, ג'ו ממשיך לאמן את הכת ומאשר את תכניותיו החדשות עם אמה.

לאחר שורת גינויים פומביים כנגד ג'ו וחסידיו, ג'ו מסמן את בנו של האיש העומד נגדו כמטרה. בינתיים, ראיין עומד בפני חדשות מרעישות במיוחד, ומנדי מקבלת החלטה שמעמידה אותה בפני פנים מוכרות שיכולות להרוס את כל מה שג'ו עבד בשבילו.

ראיין מאתר את מיקומה של הכת ומקווה שיוכל להצליח לחדור לתוכך המתחם על מנת לתפוס את ג'ו. בינתיים, קלייר מבקשת מקארי להעביר הודעה לג'ו, ואילו ווטסון מקבל החלטה שתשנה את מסלול חייו לעולמים.

בעוד קלייר טומנת מלכודת לג'ו, היא אינה מודעת שג'ו שלח את אמה ורוברט להטמין לה מלכודת משלו. בינתיים, ראיין ומייק מגלים את התכנית של ג'ו.

בפרק האחרון לעונה, מרק ולוק הופכים את היוצרות בעבור ראיין וג'ו כאשר הם מאלצים את השניים לחבור יחדיו על מנת להציל את האישה ששניהם אוהבים.