２２歳、ニートでネットゲーム「ＢＴＯＯＯＭ！」の世界ランカーである坂本竜太は、目覚めると南海の孤島に連れ去られ、本物の爆弾を手に、見知らぬ他人との爆殺ゲーム、リアルＢＴＯＯＯＭ！に参加させられていた！戸惑う坂本に、容赦ない攻撃が襲い掛かる！

ヒミコ。青い瞳に金髪の女子校生である彼女は、友人たちと普通の学生生活を送っていた。そんな彼女も、ある出来事をきっかけに島に送られてきてしまう。その出来ごとを悔やむ彼女を他所に、島でも魔の手が彼女に襲いかかる――。

吉良康介、１４歳。家出の末に猟奇事件を起こし逮捕。「ＢＴＯＯＯＭ！」プレイヤーでもあるこの危険な少年も、誰かの手で島に送られ、同様に島に送られた暴力的な父・義久との関係に終止符を打つ。現場に遭遇した坂本との間に緊張が走る！

吉良少年との激闘を辛くも制し、平と食事をとる坂本。川を流れてきた死体（明智）を見てその殺人者を探しに川を上るが、見つけたのは滝壺で出会ったあの少女（ヒミコ）だった。坂本に襲いかかるヒミコ。「殺さずに島を出る」ことを考え始めた坂本は、どうする――。

無人島の夜。火を囲んでいた坂本達を襲ったのは、大トカゲの群れだった。気を失ったヒミコを庇い、平が脚を噛まれる。追いすがったトカゲが襲いかかり、ヒミコを背負った坂本は、先を行く平とはぐれる。トカゲに囲まれ絶体絶命のピンチを救ったのは・・・！？

トカゲを退けた坂本達だが、平の脚の負傷は重症の様子。しかし、安堵の間もなく次なる敵が現れる。ヒミコが最初に出会った一人、宮本だ。元傭兵の前に坂本は易々と退けられ、平は更なる深手を負い、ヒミコは攫われてしまう。意識を取り戻した坂本は――？

宮本は強敵だった。坂本とヒミコは、宮本達のアジトだった巨大廃墟で夜を過ごすことにする。ヒミコは、坂本に明かさなかった自分の正体を夢に見る。しかし、長閑な夢はを一条の光に破られる。眩い光の向こう、乱髪の合間に爛々と光る目の主は！？

自分達以前のゲームの生き残り、村崎志紀と出会い、情報を得た坂本とヒミコは、朝を待って平の待つ隠れ家に戻った。そこには見慣れぬ男、伊達の姿が。医師であるといい、平を治療した伊達を信じた坂本達は、飛行機から落とされる物資の調達に向かう。

飛行機から落とされたトランクを巡り、繰り広げられた争いの中で出会ったサングラスの男は、去り際に自分の名を呼んだ。その男は坂本の高校時代の親友、織田。坂本は思い出を振り払い、平の治療薬を探しに村崎のいる巨大廃墟へ戻ることを提案するが・・・。

裏切り。伊達は、村崎を利用した挙げ句、隻腕で島に取り残した男だった。坂本の死に打ち拉がれ、動けないヒミコ。襲いかかる伊達の背後に、復讐の鎌が忍び寄る！村崎は伊達への復讐を果たし、ヒミコを守るため、伊達との決戦に臨むが・・・。

平清。大阪で不動産業を営む５０歳。仕事では法律の狭間でギリギリのこともやった。それも全て、愛する家族のためや。妻子に会いたい。坂本はんには世話になったけど、しゃあないんや。お父ちゃん、柚彦と昭子のとこに帰るためやったら何でもするで！