Nach Jordans peinlicher Enthüllung sämtlicher 'Vergehen' der Belegschaft stehen sich die Kollegen im Krankenhaus etwas distanziert gegenüber. Keiner kann vergessen, was die anderen getan haben - allen voran Dr. Cox, der es J.D. offensichtlich übel nimmt, dass er mit seiner Ex geschlafen hat.

Zum ersten Mal in ihrer Karriere als Mediziner absolvieren J.D., Turk und Elliott eine gemeinsame Nachtschicht, in der keiner der Oberärzte anwesend ist. Zunächst freuen sich die drei Freunde darüber, endlich einmal allein das Sagen zu haben, doch schnell stellen sie fest, dass dies auch Nachteile hat.

Der gehässige Dr. Kelso hat sich wieder einmal etwas einfallen lassen, um unter den jungen Ärzten Zwietracht zu säen: Der Mediziner, der ihm den interessantesten Fall präsentiert, darf ihn zum Medizinerkongress in Reno begleiten. Obwohl J.D. mit seinem Patienten mit Penisbruch ganz gut im Rennen liegt, hält er sich im Kampf um das Ticket nach Reno eher zurück.

Da die Beziehung zwischen Turk und Carla richtig ernst zu sein scheint, setzt J.D. alles daran, um mit Carla Freundschaft zu schließen. Nachdem er sie in ein Geheimnis eingeweiht hat, taut Carla endlich auf und erzählt ihm ihrerseits einiges Persönliches - so auch, dass sie auf Bonnie eifersüchtig ist, die eine besondere Beziehung zu Turk hat.

Weil sich J.D. bereits als vollwertiger Arzt fühlt und glaubt, seinen Job im Griff zu haben, zieht er erstmals bei der Arbeit einen weißen Kittel an. Als Dr. Cox ihn in dieser Aufmachung sieht, hagelt es Kritik. Fast unerträglich wird der Tag für J.D. aber erst, als ihm bei der Behandlung von Mr. Blair ein Fehler unterläuft, der den Patienten seinen Geruchssinn kostet.

Völlig unerwartet stattet Dan seinem Bruder J.D. einen Besuch ab und ärgert das Klinikpersonal mit seinen Blödeleien. J.D.s Wut über das alberne Verhalten seines Bruders verraucht erst, als er hinter die Gründe seines Benehmens kommt: Dan fühlt sich neben seinem erfolgreichen Bruder minderwertig, weil er es selbst nur zum Barkeeper gebracht hat und noch immer bei seiner Mutter wohnt.

Elliott steht vor einer schwierigen Entscheidung: Einer ihrer Patienten, eine ältere Dame, schwebt in Lebensgefahr. Elliott muss nun entscheiden, ob diese Patientin operiert wird oder nicht. J.D. rät ihr, weiter abzuwarten, doch Elliott reagiert und lässt die Dame operieren.

Während J.D. und Turk ihren finanziellen Engpass dadurch kompensieren, dass sie das Krankenhaus um Dinge wie Klopapier und Pudding erleichtern, kommt ihnen der Hausmeister auf die Schliche. Aber statt einzuschreiten, zeigt er auch 'Nehmerqualitäten' - und nimmt einen Computer mit nach Hause.

Als ein neuer Patient in die Klinik eingeliefert wird, ist J.D. ganz aus dem Häuschen: Der Mann scheint unter einer äußerst seltenen Krankheit zu leiden, von der der junge Arzt erst tags zuvor im Fernsehen gehört hat. Als sich herausstellt, dass J.D. mit seiner Vermutung Recht hat, bekommt der Jungmediziner einen wahren Höhenflug und glaubt, seinen Mentor Dr. Cox nicht mehr nötig zu haben.

Der Stress setzt J.D. ziemlich zu, sodass er in der Klinik ein Ärzte verschlingendes Monster sieht. Entspannung ist jetzt angesagt. Deshalb ist J.D.s Vorfreude groß, als es ihm gelingt, seine attraktive Kollegin Lisa für ein Date zu gewinnen. Doch als die beiden intim werden wollen, versagt sein Sexualtrieb . Dafür meldet sich in J.D. der Helferinstinkt.

Not schweißt zusammen, so auch J.D. und Elliott: Die beiden landen wieder im Bett. Um einem möglichen Beziehungsstress vorzubeugen, vereinbaren sie unverbindlichen Sex in aller Freundschaft. J.D. ist stolz, denn er hat damit erreicht, wovon andere Männer nur träumen: Spaß ohne Verpflichtungen.

Seitdem J.D. von Elliott nur noch als 'guter Freund' akzeptiert wird, ist er am Boden zerstört. Um sich von seinem Liebeskummer ein wenig abzulenken und Elliott eifersüchtig zu machen, fängt der Arzt ein Verhältnis mit der Kiosk-Mitarbeiterin Lisa an. Der Plan geht allerdings daneben: Elliott scheint seine neue Affäre ganz gelassen zur Kenntnis zu nehmen.

Im Krankenhaus herrscht ein Gleichgewicht zwischen Leben und Tod, so J.D.s schlaue Theorie, die besagt, dass für jeden geretteten Patienten ein anderer sterben muss. Genau das passiert, als Mrs. Larkin, der eine komplizierte Entbindung bevorsteht, und die herzkranke Elaine gleichzeitig eingeliefert werden: Während das Baby gesund zur Welt kommt, stirbt Elaine an Herzversagen.

Dr. Townsend ist beim gesamten Klinikpersonal - einschließlich Dr. Kelso - sehr beliebt. Als J.D. die Gelegenheit bekommt, mit Townsend zusammenzuarbeiten, ist er bestürzt über dessen veraltete Behandlungsmethoden. Townsend erklärt, dass er sich mittlerweile zu alt fühlt, um mit der modernen Medizin Schritt zu halten, und Dr. Kelso sieht sich gezwungen, seinen Kollegen zu entlassen.

Ohne psychologische Hilfe geht für Dr. Cox gar nichts mehr: Täglich besucht er Dr. Gross, um seine Probleme bei ihm abzuladen. Doch der Therapeut wünscht sich nichts sehnlicher, als den ungemütlichen Patienten los zu werden. Auch J.D. hat Cox' ständige Beleidigungen satt, und distanziert sich von ihm.

Neuerdings verbringen J.D. und Turk ihre Mittagspausen auf dem Dach und feilen an ihrer Golfschlagtechnik. Einer ihrer verschlagenen Bälle verursacht auf der darunter liegenden Straße einen Verkehrsunfall. Nachdem die beiden schnell vom Dach geflüchtet sind, schwören sie sich absolutes Stillschweigen über den Vorfall.

Dr. Fisher, der in der Stadt eine eigene Praxis betreibt, will sich exklusiv um eine seiner Patientinnen im 'Sacred Heart' kümmern - sehr zum Ärger der Belegschaft. Als J.D. ihn kennenlernt, ist er jedoch angenehm überrascht: Dr. Fisher ist nicht nur sehr umgänglich, er kann ihm sogar Tipps für den Umgang mit Dr. Cox geben.

Im Krankenhaus lernt J.D. die attraktive Jamie kennen. Ihr Mann liegt bereits seit zwei Jahren im Koma und die Aussichten auf Besserung stehen schlecht. Bei ihren wöchentlichen Besuchen am Klinikbett kommen sich Jamie und J.D. unweigerlich näher. Doch während Jamie wie wild flirtet, plagt J.D. das schlechte Gewissen.

Ein Praktikum in der Chirurgie gibt J.D. endlich die Chance, auch einmal zu den coolen Typen des Krankenhauses zu gehören. Um von den Chirurgen als einer der ihren anerkannt zu werden, gibt sich J.D. betont lässig. Doch was ihm zum Erfolg verhilft, sind nicht etwa seinen coolen Sprüche, sondern die Tatsache, dass er der gesamten Belegschaft peinliche Details aus Turks Vergangenheit erzählt.

Bei der Beerdigung von Jamies Ehemann will auch J.D. dem Toten die letzte Ehre erweisen. Doch die trauernde Witwe hat nichts Besseres zu tun, als J.D. im Nebenraum des Bestattungsinstituts zu verführen. J.D. ist geschockt und versucht, sich das Geschehen psychologisch zu erklären. Er führt ihr Verhalten auf einen Zustand geistiger Verwirrung zurück.

Nach einer gemeinsamen Sauftour mit Spence, einem ehemaligen College-Kumpel, rutscht J.D. ein Geheimnis heraus: Dr. Cox ist der leibliche Vater von Jordans Baby.