Kirito si ritrova con Alice in una situazione precaria e cerca di convincerla a collaborare almeno temporaneamente. Lei però lo considera sempre un criminale.

Bercoulli Synthesis One dichiara che non ucciderà Eugeo appena incroceranno le spade, ma quando Eugeo attacca di nuovo la promessa non è più valida.

Alice decide di ascoltare Kirito, ma credere alla sua verità non è una scelta facile. Nel frattempo, Eugeo si risveglia al centesimo piano dell'edificio.

Ora che ha ripreso conoscenza, Alice accenna a una deviazione fino al novantesimo piano. Subito lei e Kirito ritrovano Bercoulli, che però è stato trasformato in pietra.

Sono passati sei mesi dalla feroce battaglia contro l'Amministratore. Alice ha portato Kirito nel suo paese d'infanzia, il Villaggio di Rulid, dove vivono pacificamente. Guardando il mondo che ha salvato con Kirito, Alice riflette su tutto quello che è successo.

L'armata delle tenebre si sta avvicinando al grande portale ad Est, la barriera che separa il mondo umano dal Dark Territory. Alice, determinata a combattere per proteggere il popolo innocente, si unisce all'esercito di difesa del mondo umano insieme a Kirito.

Il Final Load Test ha inizio e il Grande Portale a Est è distrutto. L'esercito delle tenebre, guidato da Gabriel, diventato l’Imperatore Vecta, avanza verso il mondo umano. Le truppe di difesa del mondo umano si preparano allo scontro.

Il Cavaliere Integratore Renly Synthesis Twenty-seven è al comando delle truppe di supporto, ma terrorizzato dalla battaglia imminente, fugge via. Di conseguenza i goblin dell’esercito delle tenebre riescono a raggiungere la tenda dell’unità di rifornimento dove si trova Kirito.

Il potente attacco del Cavaliere Integratore Alice colpisce duramente l’esercito del Dark Territory, che scappa in ritirata. Mentre l’esercito degli umani si riorganizza per curare i feriti, il capo degli ogre riesce ad avvicinare Alice e le svela che lei è la sacerdotessa di luce.

L'imperatore Vecta è deciso a catturare la sacerdotessa di luce a tutti i costi. I pugilisti, combattenti resistenti alle armi da taglio, seguiti dagli adepti delle arti oscure e dalle truppe di supporto, dovranno catturare Alice senza farle alcun male.

Asuna entra in Underworld usando il super account della dea della creazione Stacia. Grazie alla sua arte sacra che si manifesta con un'aurora colorata, riesce a dominare il terreno e sembra veramente la manifestazione di una dea.

Asuna ha creato una gola senza fondo tra gli umani e l’esercito nemico. I cavalieri oscuri e i pugilisti tentano di raggiungere l’estremità opposta usando delle corde come ponti, Mm Bercolli guida i Cavalieri Integratori contro le truppe nemiche.

Dopo aver ricevuto un account da Gabriel, un gran numero di giocatori americani entra in Underworld. Questi iniziano ad uccidere una dopo l'altra le fluctlight artificiali, senza fare distinzione tra esercito umano e forze oscure. Asuna capisce che vengono dal mondo reale e cerca disperatamente di fermarli.

Sinon effettua il log-in in Underworld con il super account della dea del sole Solus. Dopo aver aiutato Asuna, ormai circondata dall'esercito di giocatori americani, si getta all'inseguimento del dio oscuro Vecta, grazie alla sua abilità "Volo illimitato".

Asuna e l'esercito del mondo umano combattono coraggiosamente contro le migliaia di giocatori americani che hanno fatto log-in in Underworld, ma la differenza numerica è troppo alta e gli umani cadono uno dopo l'altro. Quando Asuna, ormai ferita e completamente esausta, è in procinto di arrendersi, assiste improvvisamente all'arrivo di Lisbet e dei rinforzi giunti da ALO.

Asuna e Alice si stanno dirigendo verso il World End Altar per effettuare il log out da Underworld. Kirito affronta Gabriel, diventato l'incarnazione del male, per permettere alle due amiche di raggiungere il posto in tempo.