Sono passati sei mesi dalla feroce battaglia contro l'Amministratore. Alice ha portato Kirito nel suo paese d'infanzia, il Villaggio di Rulid, dove vivono pacificamente. Guardando il mondo che ha salvato con Kirito, Alice riflette su tutto quello che è successo.

Le armate del Dark Territory attaccano il villaggio di Rulid. Alice si precipita al villaggio sul suo drago volante, ma alcuni abitanti non possono fuggire dai Goblin perché costretti dal loro sacro Compito a difendere il villaggio.

La misteriosa organizzazione che ha attaccato la Ocean Turtle è in realtà un reparto speciale in missione segreta della National Security Agency americana. Il leader della squadra, Gabriel, che ha già combattuto in passato contro Kirito e Sinon, è intenzionato a mettere le mani a tutti i costi sull’anima creata dal Soul Translator, Alice.

Shaster, il capo dei cavalieri oscuri del Dark Territory, era intenzionato a portare la pace dopo la morte di Administrator. Tuttavia, i suoi sogni vengono infranti dal ritorno dell'imperatore Vecta nel mondo delle tenebre.

L'armata delle tenebre si sta avvicinando al grande portale ad Est, la barriera che separa il mondo umano dal Dark Territory. Alice, determinata a combattere per proteggere il popolo innocente, si unisce all'esercito di difesa del mondo umano insieme a Kirito.

Il Final Load Test ha inizio e il Grande Portale a Est è distrutto. L'esercito delle tenebre, guidato da Gabriel, diventato l’Imperatore Vecta, avanza verso il mondo umano. Le truppe di difesa del mondo umano si preparano allo scontro.

Il Cavaliere Integratore Renly Synthesis Twenty-seven è al comando delle truppe di supporto, ma terrorizzato dalla battaglia imminente, fugge via. Di conseguenza i goblin dell’esercito delle tenebre riescono a raggiungere la tenda dell’unità di rifornimento dove si trova Kirito.

Il potente attacco del Cavaliere Integratore Alice colpisce duramente l’esercito del Dark Territory, che scappa in ritirata. Mentre l’esercito degli umani si riorganizza per curare i feriti, il capo degli ogre riesce ad avvicinare Alice e le svela che lei è la sacerdotessa di luce.

Asuna entra in Underworld usando il super account della dea della creazione Stacia. Grazie alla sua arte sacra che si manifesta con un'aurora colorata, riesce a dominare il terreno e sembra veramente la manifestazione di una dea.

Asuna ha creato una gola senza fondo tra gli umani e l’esercito nemico. I cavalieri oscuri e i pugilisti tentano di raggiungere l’estremità opposta usando delle corde come ponti, Mm Bercolli guida i Cavalieri Integratori contro le truppe nemiche.

Dopo aver ricevuto un account da Gabriel, un gran numero di giocatori americani entra in Underworld. Questi iniziano ad uccidere una dopo l'altra le fluctlight artificiali, senza fare distinzione tra esercito umano e forze oscure. Asuna capisce che vengono dal mondo reale e cerca disperatamente di fermarli.

Sinon effettua il log-in in Underworld con il super account della dea del sole Solus. Dopo aver aiutato Asuna, ormai circondata dall'esercito di giocatori americani, si getta all'inseguimento del dio oscuro Vecta, grazie alla sua abilità "Volo illimitato".

Asuna e l'esercito del mondo umano combattono coraggiosamente contro le migliaia di giocatori americani che hanno fatto log-in in Underworld, ma la differenza numerica è troppo alta e gli umani cadono uno dopo l'altro. Quando Asuna, ormai ferita e completamente esausta, è in procinto di arrendersi, assiste improvvisamente all'arrivo di Lisbet e dei rinforzi giunti da ALO.

Bercoulli insegue Vecta, che ha portato via Alice. Dopo una lunga battaglia mortale, Bercoulli rilascia la sua tecnica segreta, la lama inversa, e sconfigge Vecta. Tuttavia Bercoulli stesso, ferito gravemente, muore fra le braccia di Alice. La ragazza è distrutta dalla morte del maestro, ma decide di dirigersi verso l'altare al confine.

La talpa all'interno della Rath è Yanai, uno dei ricercatori. Dopo aver lavorato in passato per Nobuyuki Sugo, l'uomo si è introdotto alla Rath e ha trasmesso informazioni sensibili all'agenzia di sicurezza nazionale statunitense. Nel frattempo, in Underworld, Sinon si scontra con Gabriel, che dopo aver perso Vecta ha effettuato nuovamente il log-in.

Asuna e gli altri vengono sconfitti da Vassago e dall'armata di giocatori sino-coreani. Vassago trova Kirito e lo scaraventa giù dalla sedia a rotelle per provocarlo, ma Kirito non riprende conoscenza. Klein, furioso, assale Vassago, ma il suo attacco viene fermato.

Eiji, un tempo nemico di Kirito, combatte contro Vassago, ma viene sconfitto. Nel sud di Underworld Sinon ferisce Gabriel, ma crolla esausta. Leafa, allo stremo delle forze, perde i sensi dopo aver sterminato i giocatori americani.

Kirito riesce finalmente a sfuggire dall'incubo che lo teneva bloccato ad Aincrad. Con la Spada della Rosa Blu in una mano e la Spada del Cielo Notturno nell'altra affronta Vassago, armato di un enorme coltello capace di assorbire l'energia vitale dei giocatori morti.

Asuna e Alice si stanno dirigendo verso il World End Altar per effettuare il log out da Underworld. Kirito affronta Gabriel, diventato l'incarnazione del male, per permettere alle due amiche di raggiungere il posto in tempo.

La fase di accelerazione critica è cominciata. Mentre Alice riesce ad effettuare il log out da Underworld, Kirito, che ha impiegato troppo tempo a sconfiggere Gabriel, viene lasciato indietro. Nel mondo reale intanto, Higa e Kikuoka scendono attraverso un condotto per tentare di arrestare l'STL e annullare la fase di accelerazione di emergenza.

L’Agenzia per la Sicurezza Nazionale statunitense, che dietro le quinte aveva orchestrato l’invasione dell’Ocean Turtle, insabbia il caso. Rinko annuncia al mondo Alice come la prima vera intelligenza artificiale, e Alice risponde senza scomporsi alle domande incalzanti dei giornalisti. Shinon e Leafa però non hanno ancora avuto nessuna notizia di Kirito e Asuna.

Kazuto, dopo aver saputo da Rinko che Alice è scomparsa, vuole recarsi immediatamente alla sede di Roppongi. Ma un attimo prima di uscire, un fattorino suona alla porta e gli consegna una grossa scatola di cartone.