Kirito, ein Beta-Tester des Online-Rollenspiels Sword Art Online, logt sich zum Release in das Spiel ein und lernt den Neuling Klein kennen. Kirito hilft Klein, die grundlegenden Kampftechniken des Spiels zu erlernen. Doch als die beiden sich ausloggen wollen, stellen sie fest, dass der Auslog-Button deaktiviert ist …

Kirito schließt sich einer Gruppe Kämpfer an, die Illfang den Koboldkönig besiegen und somit den Zugang zur 2. Ebene freischalten wollen. Dort trifft er auch auf die Kämpferin Asuna, die ihm gesteht, sie kämpfe nur, um nicht tatenlos zuzusehen, wie immer mehr Spieler sterben.

Kirito schließt sich einer neuen Gilde an, verbirgt jedoch sein Level, welches doppelt so hoch ist, wie das der restlichen Mitglieder. Er freundet sich mit der kindlichen Sachi an, doch dann wird die Gruppe bei einer Mission in eine Falle gelockt und Kirito muss alles daran setzen, um seine neuen Freunde zu retten.

Silica, eine Tierbändigerin, verlässt ihre Gruppe nach einem Streit mit der Anführerin Rosalia. Als sie sich die folgende Nacht durch einen Wald schlägt, wird sie von Monstern angegriffen und ihr Drache Pina wirft sich todesmutig zwischen Silica und ihre Angreifer …

Kirito und Asuna müssen zusammenarbeiten, um einen mysteriösen Mord in einer Safe-Zone aufzuklären. Leider haben sie nur eine Spur: Den Speer, der das Opfer tötete.

Weiterhin auf der Mission, Kains und Yurukos Mörder zu finden, stößt Kirito auf die Möglichkeit, einen Teleportkristall über das Inventarsystem gemeinsam zu nutzen. An Griseldas Grab kommt es zum großen Showdown!

Auf der Suche nach einer stärkeren Waffe sucht Kirito Liz auf, eine Schwertschmiedin und Freundin von Asuna. Gemeinsam brechen sie zum westlichen Gebirge auf, um einen kristallfressenden Drachen zu besiegen und so an ein seltenes Mineral für Kiritos neues Schwert zu gelangen.

Kirito erlegt einen Ragout Hasen, bekannt für sein zartes, wohlschmeckendes Fleisch. Da er jedoch kein besonders guter Koch ist, entschließt er sich dazu, das erlegte Wild zu verkaufen. Doch dann taucht Asuna auf und beteuert, ihre Kochkünste hätten sich ungemein verbessert.

Kirito und Asuna flüchten vor dem Boss der 74. Ebene, um sich auf den Kampf vorzubereiten. Als sie auf Klein treffen, taucht zudem der Kommandant der Aincrad Armee samt seiner Kompanie auf. Sie wollen den Boss entgegen Kiritos Rat herausfordern.

Nachdem Heathcliff Kirito herausgefordert hat, kommt es zwischen den beiden zum Duell. Ein großes Publikum findet sich für den Kampf zusammen, in dem es um Asunas und Kiritos Zukunft geht.

Kirito und Asuna wollen Zeit alleine und fernab der Kämpfe verbringen und reisen in ein abgelegenes Dorf auf der 22. Ebene. Auf dem Weg treffen sie im Wald auf ein Mädchen namens Yui und stellen fest, dass kein Cursor über ihrem Kopf schwebt. Sie machen sich daran, das Geheimnis um Yui zu lüften.

Kirito, Asuna und Yui treffen auf Yulier, einen hochrangingen Armeekommandanten, der Kirito und Asuna für eine Rettungsmission um Hilfe bittet. Auf der ersten Ebene angelangt, werden sie jedoch von einem mächtigen Boss attackiert.

Kirito trifft einen alten Freund wieder und hilft ihm einen Fisch zu fangen. Doch bald werden Kirito und Asuna von den Knights of Blood auf eine Mission geschickt, die allen das Leben kosten könnte.

Finale des ersten Arcs: Nach dem verheerenden Kampf gegen den Skull Reaper erfährt Kirito, wer Heathcliff wirklich ist und fordert ihn erneut zu einem Duell heraus, welches über das Schicksal aller Spieler entscheiden wird.

Zwei Monate sind vergangen, seitdem sich Kazuto aus Sword Art Online befreien konnte. Doch das Leben in der realen Welt ist schwerer, als erwartet. Im Krankenhaus besucht er Asuna, die zusammen mit 300 anderen Spielern immer noch nicht aus dem Koma erwacht ist. Dann taucht Sugou, ein Kollege von Asunas Vater auf …

Kazuto sucht Agil auf, von dem er ein Photo erhalten hat, auf dem Asuna als Elfe zu sehen ist. Agil erklärt, dass der Screenshot aus einem Online-Rollenspiel namens Alfheim Online stammt. Kurz entschlossen setzt Kazuto erneut seinen Nervegear-Helm auf!

Leafa bringt Kirito richtig fliegen bei und erklärt ihm, wie er zur Spitze des Weltenbaumes gelangen kann. Als sie sich abmeldet, wird ihre wahre Identiät gelüftet.

Leafa verkündet, dass sie ihre Gruppe verlassen möchte, um Kirito zu helfen, zur Spitze des Weltenbaumes zu gelangen. Das gefällt ihrer Gruppe gar nicht. Die beiden treffen alle Vorkehrungen für ihre Reise, merken jedoch nicht, dass sie bei ihrem Aufbruch verfolgt werden.

Als Kirito und Leafa eine tiefe Höhle durchqueren, werden sie von einer Gruppe Salamander angegriffen. Sie kämpfen erbittert, scheinen jedoch die Gruppe nicht besiegen zu können. Bis Yui die rettende Idee hat.

Kirito und Leafa überraschen die Salamander gerade in dem Moment, als diese die Sylphs und Cait Siths angreifen wollen. Kirito gibt sich als Botschafter der Spriggans-Undines-Allianz aus doch der Salamander-General Eugene durchschaut ihn und fordert ihn zum Duell heraus.

Kirito und Leafa erreichen Alfheims Haupstadt Arun, direkt am Fuße des Weltenbaums. Bevor sie sich jedoch den Anstieg beginnen können, werden sie dazu gezwungen, sich abzumelden. Zurück in der realen Welt, entschließt sich Kazuto dazu, Asuna zusammen mit Suguha im Krankenhaus aufzusuchen.

Zurück in Alfheim macht sich Kirito auf den Weg zum Wipfel des Weltenbaumes, um Asuna zu befreien. Als er von einer Barriere zurückgehalten wird, müssen er, Yui und Leafa ihre Kräfte vereinen, um die „Grand Quest“ zu erfüllen.

Tief erschüttert über Suguhas Geständnis, beschließt Kazuto, sich mit seiner Familie wieder gut zu stellen. In Alfheim, kommt es zur großen Schlacht zwischen Kirito, Leafa und Recon und den Wächtern des Weltenbaumes. Dann setzt Kirito alles auf eine Karte, um zu Asuna zu gelangen.

An der Krone des Weltenbaums angekommen, gelangt er endlich zu Asuna. Doch dann taucht plötzlich Oberon auf, fesselt Asuna und verletzt Kirito. Doch mit Akihikos Hilfe kann Kirito Oberon zum letzten Duell herausfordern.