Circa un anno dopo l'incidente di SAO, un nuovo gioco, Gun Gale Online, spopola in Giappone. E' principalmente frequentato da giocatori professionisti e un giorno uno di essi sembra essere ucciso nel mondo reale da un giocatore online attraverso un'arma che lui chiama "Death Gun". Kazuto Kirigaya viane quindi contattato da Kikuoka Seijiro della Divisione Virtuale del Ministero degli Affari Interni che gli chiede di iscriversi a GGO per investigare.

Tempo addiatro Sinon, all'interno di un dungeon, sconfiggendo il mostro posto a guardia di esso, ottiene una Ultima Ratio Hecate II, che oggi utilizza in una missione che la vede battersi con un osso duro di nome Behemoth, che mette a dura prova le sue abilità di cecchino.

Viene svelato il passato di Sinon e del perché abbia fobia delle armi da fuoco nella vita reale. Intanto Kirito si prepara per la prima visita a GGO.

Kazuto si collega per la prima volta e fa subito conoscenza di Sinon, che lo accompagna all'armeria dandogli consigli circa le armi che dovrebbe acquistare per potersi iscrivere al BoB.

Kirito e Sinon si iscrivono al Torneo BoB e Kirito deve affrontare i primi scontri di GGO.

Le qualifiche per il Bullet of Bullets proseguono. Alla fine Kirito e Sinon finiranno per essere nemici?

Il passato di SAO torna a galla e i ricordi perseguitano Kirito, specialmente quelli relativi all'agguato alla gilda delle Bare Sorridenti, che si era concluso con l'uccisione di alcuni giocatori avversari, anche per mano sua.

Il BoB ha finalmente inizio e i trenta giocatori sparsi per il campo di gioco si affrontano fra inseguimenti ed agguati. Mentre Kirito e Sinon si appostano per vedere come si concluderà uno scontro, fa improvvisamente la sua comparsa colui che Kirito sta cercando: Death Gun.

Kirito e Shinon e lavorano insieme per sconfiggere Death Gun. Il primo ostacolo sta nel fatto che non conoscendone il vero nome non possono individuarlo sulla mappa. Nel frattempo, Asuna scopre il rischio a cui Kirito è esposto.

Sinon e Kirito devono nascondersi da Death Gun che si trova sulle loro tracce. Sinon ha un crollo psicologico e Kirito tenta di consolarla, raccontandole del suo passato a Sword Art Online.

Lo scontro finale fra con Death Gun ha inizio, mentre Asuna si reca in ospedale da Kirito.

Kirito affronta Death Gun e proprio quando è sul punto di soccombere riesce a ricordarne il nome e a sconfiggerlo. Così il BOB si conclude vedendo per la seconda volta nella storia due vincitori. Ma come predetto da Death Gun, non è ancora finita e i pericoli si celano ancora nel mondo reale.

Tornata al mondo reale, le cose non sono così facili per Shinon, perché dovrà affrontare la sua più grande paura. Più tardi, lei e Kirito si incontrano con Kikuoka Seijirou, che fa un rapporto approfondito di tutto ciò che è accaduto, rivelando loro nuovi dettagli.

In ALO viene comunicata la scoperta della spada "Excalibur" e Kirito non può ovviamente lasciarsela portar via. Così organizza una missione per recuperarla. Ma la situazione è più intricata del previsto.

La squadra si addentra nel dungeon con lo scopo di sconfiggere il Re dei Giganti che minaccia tutta ALO. Non senza difficoltà riescono a farsi largo fra i nemici e durante il percorso incontrano una fata di nome Freyja imprigionata in una gabbia di ghiaccio, la quale chiede di poterli accompagnare nella loro missione.

Kirito e gli altri affrontano il gigante malvagio Thrym. Non sarà per nulla facile, ma nel mezzo della battaglia qualcuno correrà in loro aiuto.

In un prossimo aggiornamento di ALO, i livelli dal 21 al 30 stanno per essere sbloccati. Asuna, Kirito e Yui sognano di poter vivere ancora una volta nella loro casa al livello 22.

Asuna sente delle voci su un giocatore molto dotato, Zekken, e decide di sfidarlo a duello. Ma quando fa log out, la madre le comunica che dovrà cambiare scuola in modo da garantirsi un futuro certo e una carriera brillante.

Dopo averci pensato per un po', Asuna finalmente si unisce ad un gruppo chiamato Sleeping Knights. Con loro partecipa a diverse avventure, anche se ne mondo reale, sua madre non sarà contenta del tempo che trascorre in quello virtuale.

Grazie all'aiuto di Kirito e Klein, Asuna e gli altri riescono ad entrare nella stanza del boss del 27° livello, per tentare di sconfiggerlo e vedere i propri nomi incisi sul Memoriale dello Spadaccino.

Asuna incomincia a cercare Yuuki nel mondo reale e fa una scoperta che la lascia di pietra.

Kirito costruisce un apparecchio che consente a Yuuki di andare a scuola insieme ad Asuna. Alla fine Asuna trova anche il coraggio di confrontarsi con la propria madre.

Le condizioni di Yuuki si aggravano improvvisamente e Asuna deve correre in ospedale prima che sia troppo tardi.