Um ano se passou desde que o SAO foi liberado. Convocado por Kikuoka da Divisão Virtual do Ministério de Assuntos Internos e Comunicações, Kazuto descobre uma série de assassinatos bizarros ligados ao popular jogo de realidade virtual, Gun Gale Online (GGO), o único jogo no Japão jogado por profissionais.

Armado com um grande rifle sniper, Hecate II, a jovem Sinon está fazendo um nome para si mesma como a melhor atiradora do GGO. Quando o seu esquadrão embosca outro esquadrão, ela consegue atirar em seu primeiro alvo. Mas quando ela mira em seu segundo alvo, um "Behemoth" robusto, ele se esquiva da bala.

Na vida real, o jogador Sinon é uma estudante do ensino médio chamada Shino Asada. No caminho da escola para casa, ela é arrastada para um beco por garotas delinqüentes. Seu líder, Endo, tenta extorquir dinheiro de Shino, mas ela se recusa bravamente.

Kikuoka recruta Kirito para investigar Gun Gale Online. Com o objetivo de atrair a atenção do Death Gun, Kirito quer entrar no torneio Bullet of Bullets (BoB), mas primeiro ele precisa entender melhor esse jogo. Totalmente perdido em meio a jogadores que pensam que seu personagem é feminino, Kirito encontra Sinon e se aproxima dela.

Para se inscrever no BoB, Kirito precisa dar informações como seu nome e endereço reais ou não vai ter direito ao grande prêmio. Meio confuso, ele ainda precisa enfrentar grandes jogadores no torneio de um jogo em que ainda é iniciante.

Um homem vestindo uma capa preta observa Kirito em sua primeira batalha e o questiona: Você é o verdadeiro? Não apenas isso, o homem misterioso tem o emblema do grupo de assassinos de SAO, o Caixão Sorridente, e jura matar Kirito.

Kirito está totalmente consumido pelas lembranças de SAO, quando ele matou 3 pessoas, e Suguha parece muito preocupada. Mas a hora do BoB está próxima e tanto Kirito quanto Sinon precisam se concentrar para alcançar seus objetivos.

Durante o Bullet of Bullets, Kirito e Sinon veem com os próprios olhos alguém ser morto pelo Death Gun. Mas ambos são habilidosos jogadores e eles não pretendem deixar que Death Gun faça o que bem entender.

Na mira do Death Gun, Sinon parece não ter mais esperanças, principalmente ao ver com seus próprios olhos a arma chamada Death Gun. Por que a morte a está perseguindo dessa forma?

Escondidos na caverna, Kirito e Sinon tentam entender como o Death Gun age para poder enfrentá-lo. Enquanto isso, Asuna e os outros querem a verdade sobre o que está acontecendo no GGO.

Kirito e Sinon pensam muito sobre como o Death Gun joga e decidem armar uma emboscada para vencê-lo. Mas Kirito percebe que algo está errado, o número de jogadores no Bullet of Bullets não bate.

Chega a hora da batalha final entre os dois mais habilidosos jogadores do GGO: Kirito e Death Gun. Enquanto isso, Asuna e Yui aguardam ansiosas pelo final do torneio.

Death Gun se revela para Sino e a ataca, mas o socorro vem de forma inesperada. Agora cabe a Sino superar seus traumas e seguir em frente.

É descoberta a localização da Espada Sagrada Excalibur em ALO. Ao saber dessa incrível novidade, Kirito reúne seus amigos e parte em busca do item raro. No entanto, um evento de proporções gigantescas aguarda nosso grupo de fadas.

Kirito e o pessoal têm que derrotar o Rei de Gelo, Thrym, numa missão para recuperar a espada lendária, Excalibur. No entanto, a Yui especula que a missão não foi planejada pelos administradores do jogo, mas sim gerada automaticamente pelo sistema. E se essa hipótese for verdadeira...

Kirito e o pessoal estão lutando contra o Thrym, o último Chefão da Masmorra Thrymheim. No entanto, ao ver que o tempo se esgota e o HP do Thrym está longe de chegar a zero, a esperança do pessoal começa a enfraquecer. Nesse momento, a nova aliada, Freyja, oferece a sua ajuda...

Numa das próximas atualizações de ALO, os andares do 21 ao 30 do Novo Aincrad serão desbloqueados. Asuna, Kirito e Yui cumprem o sonho que achavam outrora perdido, que é viver novamente juntos na cabana de madeira no 22º Andar.

Após ouvir os rumores sobre o incrível jogador conhecido como Zekken, Asuna decide desafiá-lo. Mas os desafios da vida real de Asuna são bem mais intensos com sua fria mãe tomando decisões que podem mudar sua vida.

Após duelar contra a Asuna, Yuuki tem um pedido: que Asuna ajude a sua aliança de seis membros a vencer o Chefão do andar. Por que uma aliança tão pequena tem uma ambição tão grande?

O objetivo de Yuuki e seu grupo é derrotar o Chefão do andar e ter o nome de todos gravado no Memorial dos Guerreiros. No entanto, um grupo enorme se reúne para os impedir.

Já se passaram alguns dias desde que a Yuuki desapareceu subitamente frente à Asuna e ela ainda não entrou novamente no jogo. Pouco tempo depois, Asuna se encontra com o Kazuto na cobertura da escola, onde ele dá a ela uma nota e lhe diz que a Yuuki talvez possa ser encontrada no endereço escrito nela.

Sendo a primeira paciente a usar o Medicuboid, o primeiro dispositivo de imersão total usado na área médica, a Yuuki tem visitado inúmeros mundos virtuais desde o hospital. Sem poder sair do quarto em que se encontra, ela almeja poder ir à escola mais uma vez. Para realizar esse desejo, Asuna pede ajuda ao Kazuto...

Ao conhecer o mundo real, os dias de Yuuki são muito mais satisfatórios que nunca. Em Alfheim Online, os jogadores fazem um churrasco que acaba numa missão. De volta ao mundo real, Asuna e as garotas visitam Kyoto. No entanto, tudo muda depois da Asuna receber uma mensagem...