Dopo il lavoro di routine per l'abbattimento del Gigas Cedar, Kirito ed Eugeo si ritrovano coinvolti con Alice in un viaggio decisivo dentro una vicina caverna.

Kirito si risveglia in un luogo sconosciuto e, anche se sospetta di essere in un gioco virtuale, non è capace di uscirne. Dopo poco incontra Eugeo, un suo coetaneo.

Kirito deve abbattere l'albero demoniaco per poter andare nella capitale insieme a Eugeo. Una spada che ha trovato potrebbe fare al caso suo.

Kirito combatte contro i goblin ma non riesce ad avere la meglio sul loro capo. Eugeo deve superare la paura e aiutarlo prima che sia troppo tardi.

Le condizioni di Kirito non sembrano buone e Kikuoka lo trasferisce in un'altra clinica. Quando però Asuna e Suguha vanno a visitarlo, non le lasciano entrare.

Asuna e Rinko premono per avere risposte da Kikuoka, che rivela il vero scopo dell'esperimento di Underworld e i motivi del coinvolgimento di Kirito.

Sono passati due anni. Kirito ed Eugeo sono diventati cadetti dell'accademia di scherma e devono vedersela con alcuni problematici allievi anziani.

Senpai Liena avverte Kirito che la richiesta di duello da parte di Volo nasconde un secondo fine. Più tardi, Kirito scopre che i suoi fiori sono stati distrutti.

Dopo la promozione Eugeo continua a cercare un modo per essere più forte. L'occasione si presenta nelle vesti di Humbert, uno dei migliori allievi.

Mentre Kirito va a cercare Ronie e Tiese, Eugeo riceve da Frenica una notizia allarmante e decide di prendere in mano la situazione.

Eugeo sa chi è il cavaliere donna che lo prende in custodia, ma lei sembra non riconoscerlo. Intanto nel mondo reale compare uno strano robot.

Eugeo e Kirito affrontano il Cavaliere Integratore Eldrie, un nome che suona familiare. Eugeo approfitta di una sua conoscenza del mondo reale.

La salvatrice di Kirito racconta la storia tra lei e l'Administrator e spiega come, aiutandola nel suo piano, lui ed Eugeo possono far recuperare la memoria ad Alice.

Nel magazzino degli armamenti Kirito ed Eugeo ritrovano le spade rubate. Ma non c'è tempo per festeggiare: infatti il Cavaliere Integratore Deusolbert piomba su di loro.

Dopo lo scontro, Kirito si preoccupa immediatamente per Fanatio e fa tutto il possibile per salvarla.

Kirito si ritrova con Alice in una situazione precaria e cerca di convincerla a collaborare almeno temporaneamente. Lei però lo considera sempre un criminale.

Bercoulli Synthesis One dichiara che non ucciderà Eugeo appena incroceranno le spade, ma quando Eugeo attacca di nuovo la promessa non è più valida.

Alice decide di ascoltare Kirito, ma credere alla sua verità non è una scelta facile. Nel frattempo, Eugeo si risveglia al centesimo piano dell'edificio.

Ora che ha ripreso conoscenza, Alice accenna a una deviazione fino al novantesimo piano. Subito lei e Kirito ritrovano Bercoulli, che però è stato trasformato in pietra.

Alice assiste al duello tra i suoi amici d'infanzia. Kirito cerca di arrivare al vero Eugeo ma lo scontro ha un finale inatteso.

La battaglia contro il gigante di fiamme non procede bene e Kirito decide di cambiare tattica. L'Administrator viene a conoscenza di qualcosa di importante su Kirito.

Dopo centinaia di anni, Cardinal ritorna per sistemare le cose una volta per tutte. L'Administrator rivela una scioccante verità sul golem di spade.

Eugeo e Alice sono fuori combattimento e Kirito deve affrontare da solo la potente Administrator che ha ancora qualche sorpresa in serbo per lui.