Кіріто разом зі своїм другом дитинства Юджіо отримав завдання зрубати величезне дерево під назвою Кедр Гігас. Вони махають сокирою, коли їхня подруга Аліса приходить з обідом. Під час обіду троє друзів вирішують піти до печери.

Кіріто прокидається та опиняється в таємничому світі. Його пам'ять нечітка, він намагається вийти з системи, але не може повернутися в реальний світ. Після безцільного блукання він опиняється під величезним деревом.

Кіріто вирішує подорожувати до Центорії. Оскільки йому знадобиться допомога Юджіо, він також вирішує зрубати Гігантський Кедр. Тим часом молодша сестра Аліси, Селька, хвилюється за Юджіо та розповідає Кіріто про свої проблеми.

Кіріто та Юджіо розуміють, що Селька пішла до Прикордонного хребта сама, і вирішують погнатися за нею. Увійшовши в печеру, вони стикаються з гоблінами, імовірно з Темної території, і повинні вступити в бій.

У реальному світі Кадзуто Кірігая лежить без свідомості. На прохання Кікуоки Кадзуто переміщують до добре обладнаної лікарні, але коли Асуна та Суґуха намагаються відвідати його, їм відмовляють. З підозрою Асуна та інші розходяться, щоб дізнатися більше про Рас.

Асуна проникає в Рас, дослідницьку лабораторію в Океанській Черепасі, де вона невпинно допитує Кікуоку про місцеперебування Кадзуто. Кікуока розповідає, що за розробкою Транслятора Душі стоїть приголомшлива мета епічного масштабу.

Минуло два роки з тих пір, як Кіріто та Юджіо покинули село Рулід. У столиці, Центорії, обидва хлопці досягли своєї мети — вступили до Імперської академії мечників Північної Центорії.

Кіріто опиняється на дуелі проти елітного студента Воло Левантейна, використовуючи справжні мечі. Поки зацікавлений натовп дивиться на це, Сортілієна підбрадьорює Кіріто, і починається двобій.

Юджіо роздумує про те, що йому слід додати до свого меча, щоб стати сильнішим. Коли над ним глузують елітні студенти Райос і Гумберт, Юджіо вирішує прийняти пропозицію Гумберта про дуель.

Роні та Тізе запізнюються в гуртожиток. Кіріто кидається на їх пошуки, але не встиг він піти, як з’являється Френіка. Вона розповідає Юджіо про те, як вона постраждала від рук Гумберта, і що Тізе та Роні пішли до нього.

Зараз Кіріто та Юджіо вважаються злочинцями за порушення Індексу заборон і їх кидають у підземну в'язницю в Центральному соборі. Тим часом на Океанській Черепасі в реальному світі Асуна спостерігає за Кадзуто, поки він проходить лікування.

Кіріто та Юджіо втікають зі своєї камери, але шлях їм блокує Елдрі Синтезис Тридцять Один, якого попередила Аліса про можливу втечу. Кіріто та Юджіо борються проти нього, поки Юджіо не розуміє, що десь бачив Елдрі.

Кіріто та Юджіо були врятовані молодою дівчиною Кардиналом, яка усамітнилася у Великій бібліотеці Центрального собору. Кардинал пояснює Кіріто, як виникли Церква Аксіом і Індекс заборон.

Після того як Кардинал довірила їм долю світу, Кіріто та Юджіо прямують на верхній поверх Центрального собору. По дорозі вони знаходять свої конфісковані мечі серед величезної купи зброї в арсеналі. Їх зустрічає Лицар Єдності Деусолберт Синтезис Сім.

Незважаючи на всі рани, Кіріто вдається активувати своє мистецтво Абсолютного керування зброєю. Продовжуючи свій шлях до верхнього поверху Центрального собору, Кіріто та Юджіо опиняються перед дивною на вигляд плавучою платформою.

Коли Кіріто та Аліса активують мистецтво Абсолютного керування зброєю, удар прориває дірку в, здавалося б, неприступній стіні Центрального собору, і вони обидва вилітають назовні.

Юджіо досягає дев'яностого поверху Центрального собору, який виявляється величезною зоною для купання. Збентежений Юджіо стикається з Беркулі Синтезис Один, який замочується у ванні. Тим часом Кіріто та Аліса все ще піднімаються на стіну Центрального собору.

Побачивши реакцію Аліси, коли вона згадала ім’я Сельки, Кіріто вирішив розповісти їй правду про Лицарів Єдності. Тим часом, втративши свідомість під час битви з Беркулі, Юджіо прокидається на верхньому поверсі собору.

Кіріто та Аліса доходять до лазні на дев'яностому поверсі. Там вони знаходять командира Лицаря Єдності Беркулі, якого Чуделкін перетворив на камінь. Аліса розплакалася, побачивши трагічне становище свого наставника.

На шляху Кіріто й Аліси стоїть Юджіо, який пройшов Ритуал Синтезу та став лицарем єдності. Кіріто приголомшений, доки Аліса не закликає його битися з Юджіо всіма силами.

На верхньому поверсі Центрального собору Кіріто, Юджіо та Аліса нарешті стикаються з Адміністратором. Але Чуделкін використовує сакральне мистецтво, щоб перетворитися на гігантського клоуна і атакує.

Кардинал з'являється на верхньому поверсі Центрального собору для розборки зі своїм запеклим ворогом останніх двохсот років. Вона намагається досягти своєї мети — видалити Адміністратора.

Носячи в серці надії Кардинала, Юджіо й Аліси, Кіріто знову підводиться й уявляє Чорного Мечника, найкращого гравця, який переміг в САО. Заради всіх, кого він зустрів у цьому світі, Кіріто зіткнувся з Адміністратором.