El incidente de Death Gun en GGO ya es historia, pero Kirito sigue experimentando con una empresa tecnológica sobre un nuevo sistema de inmersión total.

Kirito despierta en un mundo que no reconoce y del que no guarda recuerdos, pero es claramente consciente de que no es su mundo, puesto que sí recuerda que estuvo con Shinon y con Asuna por la noche.

Todavía está intentando amoldarse al nuevo mundo en el que se encuentra, así que aún hay muchas cosas que Kirito desconoce. Por ejemplo, descubre casi sin darse cuenta que Alice tenía una hermana.

Selka está en un grave aprieto en la cueva, así que si quieren rescatarla, Kirito y Eugeo deberán luchar, aunque Kirito se percata de una sensación muy extraña mientras combate.

La acción vuelve al mundo real. Tras el ataque en la calle, Kirito se encuentra en coma y está ingresado en el hospital, aunque parece que ningún familiar ni ser querido puede ir a verlo

Asuna tiene acorralado a Kikuoka, al que le exige que le explique dónde tiene a Kirito en realidad y por qué le ha estado mintiendo acerca de la situación de su amado.

Han pasado dos años desde que Kirito y Eugeo dejaron Rulid para irse de aventuras y conocer más mundo. Ahora viven en Zakkaria y se han matriculado en una escuela de esgrima para mejorar.

Kirito finalmente accede a batirse en duelo empleando espadas reales contra Uolo Levanteinn, uno de los mejores espadachines de la academia.

Eugeo aún está intentando averiguar qué carga es la que puede hacer que él se vuelva más fuerte, igual que ocurre con Uolo o Kirito.

Aunque Eugeo así lo creyera, la situación de Frenica no parece que haya cambiado, es más, ha ido a peor. Enojadas, Tieze y Ronye van a ver a Humbert y Raios para mostrar su descontento.

El destino ha querido que tras los incidentes ocurridos, Eugeo vuelva a reencontrarse con Alice... aunque no parece ser la misma de siempre y no reconoce a su amigo de la infancia.

Kirito y Eugeo se enfrentarán a Eldrie para poder escapar de la prisión de la Catedral Central, pero resulta ser un enemigo formidable en todos los aspectos.

Cardinal habla con Kirito sobre la historia e intenciones de Administrator, además de compartirle su visión de las cosas y cómo planea hacerle frente.

Mientras ascienden por la torre, Kirito y Eugeo deberán enfrentarse a un misterioso caballero con una armadura de color carmesí y una fuerza desmesurada.

Mientras suben los pisos aparecen dos niñas aparentemente inocentes. Pero tal vez detrás de esa falsa imagen de inocencia se oculte algo terrible.

Kirito y Alice se encuentran en el exterior de la Catedral y están a punto de precipitarse hasta el suelo. Son conscientes de que si no evitan las hostilidades, no sobrevivirán.

Mientras Alice y Kirito trepan por la pared exterior, se enfrentan a criaturas no humanas causando duda en Alice con respecto a su origen. Mientras tanto Eugeu se encuentra con el Jefe de los caballeros y se desata una pelea entre ellos.

Al ver la reacción de Alice al mencionar el nombre Selka, Kirito decide contarle la verdad sobre los Caballeros de la Integridad. Mientras tanto, después de quedar inconsciente durante su batalla con Bercouli, Eugeo se despierta en el último piso de la catedral.

Kirito y Alice alcanzan el piso 95 de la torre, pero no hay rastro de Eugeo, así que tendrán que empezar a buscarlo para asegurarse de que se encuentra a salvo.

Interponiéndose en el camino de Kirito y Alice está Eugeo, quien se sometió al Ritual de Síntesis y se convirtió en un Caballero de la Integridad. Kirito está confundido, hasta que Alice lo exhorta a luchar contra Eugeo con todo lo que tiene.

En la última planta de la Catedral Central, Kirito, Eugeo y Alice finalmente se enfrentan con Administrador. Pero Chudelkin emplea las artes sagradas para transformarse en un bufón gigante y les ataca.

Cardinal aparece en el último piso de la Catedral Central para enfrentarse con su acérrima enemiga de los últimos doscientos años. Ella intenta borrar a Administrador, sólo para ver al caído golem de la espada levantarse nuevamente.

Portando las esperanzas de Cardinal, Eugeo y Alice en su corazón, Kirito se levanta una vez más y visualiza al Espadachín Negro, el mejor jugador que ganó SAO. Por el bien de todos los que ha encontrado en este mundo, Kirito se enfrenta al Administrador