Setelah rutinitas biasa mereka menebang di Gigas Cedar, Kirito dan Eugeo bergabung dengan teman mereka, Alice, dalam perjalanan yang mengubah takdir ke gua terdekat.

Kirito terbangun di lingkungan yang asing. Namun, meski ia curiga berada dalam sebuah permainan, ia tak bisa keluar. Ia lalu bertemu bocah seusianya bernama Eugeo.

Kirito harus menebang habis Pohon Iblis agar ia dan Eugeo dapat menuju ke kota besar bersama-sama. Pedang yang ia temukan mungkin dapat membantunya.

Kirito melawan para goblin, tetapi pemimpin mereka terlalu kuat baginya. Eugeo harus menaklukkan ketakutannya dan membantu Kirito sebelum terlambat.

Kondisi Kirito terlihat tidak baik dan Kikuoka memindahkannya ke rumah sakit lain. Namun, ketika Asuna dan Suguha menjenguknya, mereka ditolak masuk.

Asuna dan Rinko mendesak jawaban dari Kikuoka. Ia mengungkapkan tujuan sebenarnya dari percobaan Dunia Bawah dan alasan keterlibatan Kirito.

Dua tahun berlalu, dan Kirito serta Eugeo kini adalah murid di akademi ilmu pedang, tempat mereka harus menghadapi beberapa siswa senior yang sulit.

Sortiliena memperingatkan Kirito bahwa permintaan Uolo untuk duel langsung terkait dengan motif tersembunyi. Kemudian, Kirito menemukan bunga-bunganya telah dihancurkan.

Bahkan setelah kenaikan tingkatnya, Eugeo masih mencari cara untuk menjadi lebih kuat. Sebuah peluang muncul dengan sendirinya dalam wujud siswa terbaik, Humbert.

Sementara Kirito pergi mencari Ronye dan Tiese yang hilang, Eugeo mendengar sesuatu yang meresahkan dari Frenica dan memutuskan untuk menghadapi masalahnya sendirian.

Eugeo mengenali kesatria yang menahannya, tetapi sang kesatria tampaknya tidak mengenalinya. Sementara itu di dunia nyata, sebuah robot aneh muncul.

Eugeo dan Kirito melawan Kesatria Integritas Eldrie, yang sepertinya mirip seseorang. Eugeo menggunakan pengetahuannya soal dunia nyata demi kepentingannya.

Penyelamatnya Kirito menceritakan kisah masa lalu antara ia dan Administrator, dan mengatakan Kirito & Eugeo bisa mengembalikan ingatan Alice dengan membantu rencananya.

Kirito dan Eugeo menemukan pedang mereka yang dicuri, di gudang senjata. Namun, ini bukan waktunya merayakan, karena Kesatria Integritas, Deusolbert, menyergap mereka.

Eugeo dan Kirito lanjut menyusuri Katedral Pusat dan bertemu dua gadis kecil yang tampaknya tidak berbahaya. Namun faktanya, mereka tidak seperti yang terlihat.

Setelah pertarungan berakhir, Kirito seketika lebih mengkhawatirkan Fanatio daripada dirinya sendiri, dan melakukan segala upaya untuk menyelamatkan Fanatio.

Kirito dan Alice berada dalam situasi genting. Kirito mencoba meyakinkannya untuk bekerja sama saat ini, tetapi Alice masih melihatnya sebagai penjahat.

Alice memutuskan untuk mendengarkan Kirito, tetapi memilih untuk mempercayai kebenaran ucapan Kirito bukanlah perkara mudah. Sementara itu, Eugeo terbangun di lantai 100.

Setelah terbangun, Alice menyebut jalan lain ke pemandian di lantai 90. Ia dan Kirito segera bertemu kembali dengan Bercouli, yang telah berubah menjadi batu.

Alice menyaksikan dua sobat masa kecilnya saling bertarung. Kirito berusaha sekuat tenaga memunculkan Eugeo yang asli, tetapi pertarungan berakhir secara tak terduga.

Pertempuran melawan Raksasa Api tidak berjalan baik dan Kirito memutuskan mengubah taktik. Administrator mempelajari sesuatu yang penting tentang Kirito.

Setelah ratusan tahun, sang Kardinal kembali untuk menyelesaikan semuanya selamanya. Administrator mengungkap kebenaran yang mengejutkan tentang Golem.

Eugeo dan Alice keluar dari komisi, dan Kirito harus menghadapi Administrator yang sangat kuat sendirian. Administrator punya beberapa kejutan untuknya.