หลังตัดต้นกิกาสซีดาร์เสร็จตามกิจวัตร คิริโตะกับยูจิโอก็ตามอลิซ เพื่อนของพวกเขาเข้าไปในถ้ำใกล้ๆ เพื่อการผจญภัยครั้งใหญ่ที่จะเปลี่ยนแปลงโชคชะตา

คิริโตะตื่นขึ้นมาพบว่าตัวเองอยู่ในสถานที่ไม่คุ้นเคยแห่งหนึ่ง ถึงจะสงสัยว่าตัวเองอยู่ในเกมแต่เขากลับล็อกเอาต์ไม่ได้ และไม่ช้าเขาก็ได้พบเด็กชายรุ่นราวคราวเดียวกันชื่อยูจิโอ

คิริโตะต้องจัดการกับต้นไม้ปีศาจให้สิ้นซากเพื่อให้เขากับยูจิโอเดินทางไปเมืองใหญ่ด้วยกันได้ และบางทีดาบที่เขาเจออาจช่วยให้เขาทำภารกิจนี้ได้สำเร็จ

เมื่อสถานการณ์ของคิริโตะไม่ค่อยสู้ดี คิคุโอกะจึงย้ายเขาไปอยู่อีกโรงพยาบาลหนึ่ง แต่เมื่ออาซุนะกับซุกุฮะเดินทางไปเยี่ยม พวกเธอกลับถูกห้ามไม่ให้เข้า

อาซุนะกับริงโกะคาดคั้นคำตอบจากคิคุโอกะ และเขาได้เปิดเผยจุดมุ่งหมายที่แท้จริงของงานวิจัยโลกเสมือน และเหตุผลที่คิริโตะเข้าไปมีส่วนเกี่ยวข้อง

เวลาผ่านไปสองปี ตอนนี้คิริโตะกับยูจิโอได้เข้ามาเป็นนักดาบฝึกหัดที่โรงเรียนสอนวิชาดาบ และพวกเขาต้องหาทางรับมือกับรุ่นพี่สุดโหดบางคน

ซอร์ติลีน่าเตือนคิริโตะว่าโวโล่ขอท้าดวลเพราะมีเหตุผลบางอย่างแอบซ่อนอยู่เบื้องหลัง ต่อมาคิริโตะพบว่าดอกไม้ของเขาถูกทำลาย

หลังจากได้เลื่อนขั้น ยูจิโอยังคงค้นหาวิธีที่จะทำให้ตัวเองแข็งแกร่งขึ้น และอุมเบิร์ต นักดาบฝึกหัดยอดฝีมือก็ทำให้เขาได้พบกับโอกาสนั้น

ระหว่างที่คิริโตะออกตามหาโรเนียและทีเซ่ที่หายตัวไป ยูจิโอได้ยินเรื่องชวนวิตกจากเฟรนิก้าจึงตัดสินใจลงมือจัดการบางอย่างด้วยตัวเอง

ยูจิโอจำอัศวินที่จับตัวเขาได้ แต่ดูเหมือนว่าเธอจะจำเขาไม่ได้ ขณะเดียวกันหุ่นยนต์ประหลาดได้ปรากฏตัวขึ้นในโลกแห่งความจริง

ยูจิโอกับคิริโตะเผชิญหน้ากับอัศวินบูรณภาพเอลดรีเอ้ ซึ่งดูคล้ายกับใครคนหนึ่ง และยูจิโอได้ใช้ความรู้จากโลกแห่งความจริงเพื่อให้เป็นฝ่ายได้เปรียบ

ผู้ที่ช่วยชีวิตคิริโตะได้เปิดเผยเรื่องราวที่เกิดขึ้นระหว่างเธอกับแอดมินิสเตรเตอร์ และวิธีที่เขากับยูจิโอสามารถฟื้นความทรงจำของอลิซให้กลับคืนมาได้โดยช่วยเธอทำตามแผน

คิริโตะกับยูจิโอพบดาบที่ถูกขโมยไปในโกดังเก็บอาวุธ แต่ทั้งคู่ไม่มีเวลาที่จะดีใจได้นานนัก เพราะอัศวินบูรณภาพดยูโซลเบิร์ตได้เข้ามาขัดขวาง

ยูจิโอกับคิริโตะได้เข้าไปในเซ็นทรัลคาทีดรัลและพบกับเด็กผู้หญิงสองคนที่ดูเหมือนจะไม่มีพิษสงอะไร แต่มีบางสิ่งแอบซ่อนอยู่มากกว่าที่ตาเห็น

ทันทีที่การต่อสู้สิ้นสุดลง คิริโตะรู้สึกเป็นห่วงฟานาติโอมากกว่าตัวเขาเอง และพยายามช่วยเธอทุกวิถีทางที่ทำได้

คิริโตะกับอลิซต้องตกที่นั่งลำบาก และคิริโตะพยายามโน้มน้าวให้เธอร่วมมือกับเขาไปก่อน แต่อลิซยังคงเห็นเขาเป็นอาชญากร

เบอร์คูลี ซินเธซิส วัน ประกาศว่าเขาจะไม่ฆ่ายูจิโอในครั้งแรกที่ประดาบกัน แต่จะไม่มีการรักษาสัญญานั้นซ้ำสองเมื่อยูจิโอเข้าโจมตีอีกครั้ง

อลิซตัดสินใจยอมรับฟังคิริโตะ แต่การเชื่อคำพูดของเขากลับไม่ใช่เรื่องง่าย ขณะเดียวกันยูจิโอตื่นขึ้นมาพบว่าตัวเองอยู่บนชั้น 100

อลิซซึ่งเพิ่งตื่นขึ้นมาพูดถึงทางลัดไปห้องอาบน้ำบนชั้น 90 และไม่ช้าเธอกับคิริโตะก็ได้พบกับเบอร์คูลีอีกคั้ง แต่เขาถูกทำให้กลายเป็นหิน

อลิซมองดูเพื่อนวัยเด็กสองคนของเธอต่อสู้กัน ส่วนคิริโตะพยายามเข้าถึงตัวตนที่แท้จริงของยูจิโอ แต่การต่อสู้กลับสิ้นสุดลงโดยไม่คาดคิด

เมื่อการต่อสู้กับจีนนี่ไม่เป็นไปตามแผน คิริโตะจึงตัดสินใจเปลี่ยนกลวิธี ส่วนแอดมินิสเตรเตอร์ได้รู้ข้อมูลสำคัญบางอย่างเกี่ยวกับตัวเขา

หลังจากเวลาผ่านไปหลายร้อยไป คาร์ดินาลได้กลับมาเพื่อสะสางทุกอย่างให้จบสิ้น ส่วนแอดมินิสเตรเตอร์ได้เปิดเผยความจริงที่น่าตกใจเกี่ยวกับโกเลม

เมื่อยูจิโอกับอลิซไม่สามารถสู้ต่อไปได้ คิริโตะจะต้องเผชิญหน้ากับแอดมินิสเตรเตอร์ทรงพลังตามลำพัง และเธอก็มีท่าต่อสู้ร้ายกาจสุดคาดคิดรอรับมือเขาอยู่