Młody chłopiec imieniem Kirito, dorastający w wiosce Ruild, współdzieli ze swym przyjacielem Eugeo powołanie rębacza Wielkiego Cedru. Ich przyjaciółka i córka sołtysa, Alice, codziennie przynosi im do pracy drugie śniadanie. Pewnego dnia dzieciaki postanawiają udać się do jaskini w Górach Ostatnich, by zaradzić problemowi szybkiego psucia się jedzenia. Początkowo sceptycznie nastawiony do pomysłu Eugeo, w końcu ulega namowom przyjaciół, mimo że istnieje ryzyko naruszenia Rejestru Tabu...

Demony przeszłości powracają. Kirito zostaje zaatakowany przez towarzysza XaXy, który po incydencie z Death Gunem zdołał zbiec policji - Kanamoto. Zabójcza trucizna zaczyna rozchodzić się po ciele. Wydaje się, że jest już za późno... Czy lekarze zdołają uratować chłopaka zrozpaczonej Asuny? Kto tak naprawdę stoi za tajemniczą firmą RATH, rzekomo pracującą dla japońskiego rządu?

Kirito w tajemniczych okolicznościach, tuż po ataku nożownika, przenosi się do znanego mu z testów w ośrodku RATH wirtualnego świata. Nie wie, po co się tam znalazł, ani jak się stamtąd wydostać. Próbuje zatem stopniowo, krok po kroku poznawać nową rzeczywistość. Trafia do ośrodka dla sierot siostry Azariyi, gdzie poznaje dziwnie znajomą dziewczynkę, Selkę. Jednakże...

Gdy Kirito mówi Selce, dlaczego jej siostra została zabrana przez Rycerza Integralności, dziewczynka postanawia pójść w ślady siostry i udać się do Krainy Ciemności. Jednakże w Górach Ostatnich spotyka ją jeszcze straszniejszy los niż Alice - zostaje zaatakowana i porwana dla okupu przez gobliny! Czy chłopcy zdołają ocalić przyjaciółkę z rąk krwiożerczych bestii?

Po tym, jak Selka przy pomocy tajemniczego światła ratuje życie Eugeo, cała trójka bezpiecznie wraca do wioski. Nieco później, dzięki zdobytemu doświadczeniu, chłopcom udaje się ściąć Diabelskie Drzewo, a Eugeo dodatkowo wybiera sobie nowe powołanie. Kirito w końcu może wyruszyć w podróż do stolicy, jednakże...

Asuna w poszukiwaniu Kirita dociera do dziwnej jednostki badawczej, gdzie prowadzone są badania nad Translatorem Dusz. Czym tak naprawdę jest tajemniczy Projekt Alicyzacja? Czy Kirito uda się opuścić Podziemie i odzyskać zdrowie? Jak zakończy się jego podróż do stolicy?

By dostać się na szczyt Centralnej Wieży stolicy, gdzie rzekomo przetrzymywana jest Alice, dwaj przyjaciele i aktualnie giermkowie w Akademii Miecza muszą ukończyć szkołę i zostać Rycerzami Integralności. Jednak zanim to nastąpi, Kirito, który naruszył etykietę i przypadkowo obrzucił starszego szermierza błotem, będzie zmuszony stoczyć walkę z niepokonanym dotąd Uolo...

Minęły dwa lata, od kiedy Kirito trafił do tajemniczego świata zwanego Podziemiem. On i jego przyjaciel, Eugeo, po tym, jak zdali pierwszy rok akademii i zostali starszymi szermierzami, całe dnie spędzali na treningach, by zostać najsilniejszymi strażnikami świata ludzi – Rycerzami Integralności. Młodzi adepci sztuki miecza otrzymali również do pomocy giermków - dwie urocze dziewczyny - pod skrzydła Kirita trafiła Ronya, a przyboczną Eugeo została Tieze. Po pewnym czasie całą czwórkę połączyły więzy przyjaźni. Jednakże...

Tieze i Ronye, których koleżanka jest napastowana przez starszego szermierza, proszą swoich opiekunów o pomoc. Kirito i Eugeo napominają butnych szlachciców, licząc, że postawiony na szali honor da im do myślenia. Aż pewnego dnia sama poszkodowana, Frenika Szeski, niespodziewanie zgłasza się do przyjaciela Czarnego Szermierza...

Gdy Kirito oraz jego kompan, Eugeo, by ratować swoich giermków przed gwałtem, łamią Rejestr Tabu, ich los staje się jasny - marzenia o ukończeniu Akademii Miecza i zostaniu Rycerzami Integralności nigdy się nie spełnią. Jednakże ich głównym celem od początku było co innego - uwolnienie z Centralnej Katedry przyjaciółki z dzieciństwa, Alice Schuberg. Gdy Rycerz Integralności, który ma ich aresztować i zabrać na przesłuchanie, przedstawia się jako Alice Synthesis Thirty, wydaje się, że realizacja głównego założenia jest już bardzo blisko. Niestety z jakiegoś powodu złotowłosa dziewczyna nie rozpoznaje Eugeo...

Po tym, jak Kirito i Eugeo wydostają się z więzienia, kierują swoje kroki na szczyt Centralnej Katedry, gdzie rzekomo ma na nich czekać Alice Schuberg, przyjaciółka z dzieciństwa chłopców, jednakże na ich drodze staje wojownik. I to nie byle jaki, bo jeden z najpotężniejszych ludzi na świecie, należący do Zakonu Rycerzy Integralności, Eldrie Synthesis Thrity One! Czy dwójka przyjaciół zdoła wybrnąć z tej śmiertelnie niebezpiecznej sytuacji? I dlaczego tajemniczy mężczyzna do złudzenia przypomina Eugeo pewną znaną mu personę?

Kirito i Eugeo zostają ocaleni przez tajemniczą dziewczynkę pełniącą pieczę nad Wielką Biblioteką. Urocza istota okazuje się być jednak potężnym systemem nadzorującym świat, Cardinalem, znanym również z zabójczej gry, Sword Art Online. Kim tak naprawdę jest dla Quinelli mała bibliotekarka w okularach i jaką misję chce powierzyć dwóm świeżo wydalonym z Akademii Miecza chłopcom?

Kirito wraz ze swoim wiernym druhem, Eugeo, postanawiają połączyć siły z podrzędnym programem systemu Cardinal i pomóc jej pokonać Administratora, przy okazji ratując przyjaciółkę z dzieciństwa, Alice. Jednakże by zrealizować plan małej okularnicy, muszą najpierw przedrzeć się przez potężnych Rycerzy Integralności. Czy wystarczy im umiejętności i woli walki, by zaliczyć tę próbę?

Gdy po odzyskaniu mieczy i pokonaniu Deusolberta Synthesis Seventeen Kirito wraz z Eugeo wspinają się na pięćdziesiąte piętro, by zmierzyć się z grupą potężnych Rycerzy Integralności, na ich drodze stają dwie dziewczynki w wieku Selki ubrane jak ona w habity. Niewinne istoty z zaciekawieniem wypytują dwóch intruzów o ich pochodzenie, więc dwójka chłopaków zamierza zagospodarować ich zainteresowanie, wypytując o szczegóły niezbędne podczas szturmu na Administrator...

Trzeźwość umysłu Kirito ratuje chłopaków z opresji i po dotarciu na pięćdziesiąte piętro Centralnej Katedry rozpoczyna się zacięta walka z drugim najsilniejszym Rycerzem Integralności, tajemniczym Fanatio! Gdy następnie okazuje się, że wicedowódca Zakonu jest kobietą i wysłannicy Cardinal zostają zepchnięci do głębokiej defensywy, ten, który przetrwał incydent z SAO, wyciąga asa z rękawa...

Dwójka chłopców po pokonaniu Fanatio dociera w końcu na osiemdziesiąte piętro i wchodzi do Ogrodu ponad chmurami, gdzie pod złotym bzem wypoczywa Alice. Rozpętuje się piekielna walka, której celem jest wbicie w przyjaciółkę Eugeo sztyletu Cardinal. Gdy już wydaje się, że cel jest na wyciągnięcie ręki, Techniki Pełnej Kontroli Kirito i Rycerza Integralności powodują potężną eksplozję, która robi dziurę w murze i ku przerażeniu Eugeo wyrzuca dwójkę jego przyjaciół na zewnątrz...

Osamotniony Eugeo rusza dalej w górę na szczyt Centralnej Katedry, by zmierzyć się z Najwyższym Kapłanem, jednakże na dziewięćdziesiątym piętrze natrafia na kolejnego z Rycerzy Integralności. Co więcej, imię kąpiącego się w łaźni wojownika przypomina mu poznaną w dzieciństwie legendę o pewnym bohaterze...

Gdy Eugeo posyła przeciwnika na deski i jest bliski zwycięstwa, do łaźni wkracza tajemniczy szef starszyzny i wykonuje na dowódcy Rycerzy Integralności komendę głębokiego zamrożenia, jakby ten był nic niewartym pionkiem! W tym samym czasie wspinający się po ścianie Centralnej Katedry Kirito przypadkowo zdradza Alice, że dziewczyna ma siostrę o imieniu Selka...

Gdy Alice ostatecznie postanawia rzucić wyzwanie bogom, Eugeo budzi się na szczycie Centralnej Katedry, przy łożu Najwyższego Kapłana. Podstępnie zwodzony i manipulowany wypowiada polecenie dające Administrator pełny dostęp do jego zmiennoświatła. Czy Kirito zdąży uratować przyjaciela, zanim ten zostanie przemieniony w Rycerza Integralności?

Po trudnej przeprawie na murze Kirito oraz Alice w końcu docierają do kwatery starszyzny, gdzie naprzeciw nich staje trzydziesty drugi Rycerz Integralności, Eugeo Synthesis Thirty Two. Czy nauczyciel Kirito zdoła pokonać swojego ucznia, któremu przekazał najlepiej jak umiał cały swój szermierski kunszt?

Gdy w końcu cała trójka przyjaciół z dzieciństwa, Kirito, Eugeo oraz Alice, staje przed Najwyższym Kapłanem, ta wysyła w bój swój podnóżek, Chuderkina. Gdy następnie w zamian za pokonanie rebeliantów obiecuje swojemu słudze całą siebie na jedną noc, klaun przemienia się w potężną, ognistą bestię i rusza na przeciwników! Czy Czarny Szermierz udowodni po raz kolejny, że we władaniu mieczem nie ma sobie równych?

Okrutnie poranieni przez Golema Mieczy Kirito, Eugeo oraz Alice, zostają w ostatniej chwili ocaleni przez Cardinal i jej chowańca, Charlottę. Jednak czy wzmocniony o siły Rycerza Integralności, chłopca z małej wioski Ruild, a także przybysza z drugiej strony Moduł Naprawczy zdoła naprostować błędy Programu Głównego? Czy może tak jak za pierwszym razem zostanie zmuszony do ucieczki i Administrator poprowadzi świat ku przepaści?

Walka na szczycie Centralnej Katedry wkracza w ostatnią fazę. Na placu boju zostaje już tylko przybysz z innego świata. Charlotte, Cardinal oraz Eugeo poświęcili swoje życia, by Kirito mógł ocalić Alice i stanąć do ostatecznej walki z Najwyższym Kapłanem. Jednak czy mimo braku Golema Mieczy Czarny Szermierz będzie miał jakiekolwiek szanse z władcą absolutnym Podziemia? I czy uda mu zrealizować swój pierwotny cel, czyli skontaktować się z drugą stroną i opuścić Underworld?