Kilka miesięcy minęło od upadku Administratora. Po wydarzeniach z pierwszego sezonu, przypływ energii w Ocean Żółw został uszkodzony Kirito za Fluctlight, powodując, że stają się katatonii, ledwo reaguje na bodźce zewnętrzne. Obawiając się o bezpieczeństwo i życie Kirito, tak jak on jest znany jako jeden z ludzi, którzy pokonali administrator, Alice podjęła go z powrotem do Rulid Wsi jeżdżąc Amayori smoka, jej towarzysz. Alicja w międzyczasie zbudowano drewniany domek i rozliczane w Kirito z zewnątrz Rulid, gdzie opiekuje się nim na co dzień. Bo ona jest nadal uważany za przestępcę, ona nie może żyć w obrębie wsi. Pomimo tego, że jest regularnie odwiedzane przez Selka, jej młodsza siostra, a często stosowane do zmniejszania szczególnie trudnych drzew przez Barbossa, egocentrycznego ziemianina, który wraz ze swymi cięcia drzew, patrzy w dół na Alice.

Z Rulid pod atakiem goblinów i orków, Alice szybko wyposaża swoją zbroję, ale ukrywa IT pod jej ubrania i leci do wsi na Amayori. Dowiaduje niewielką grupę mieszkańców próbujących walczyć z goblinami natomiast pozostałe mieszkańcy odsunąć przygotowanie do montażu obrony.Z odkrytą determinacją jej oko regeneruje siłą woli, a ona szybko pokonuje inwazję. Tymczasem w świecie rzeczywistym, Gabriel Miller i jego zespół podejście Rath na łodzi podwodnej. On i jego siła inwazja przejęli kontrolę nad głównym pomieszczeniu kontrolnym Ocean Żółw ale są obecnie zablokowane. Asuna, Kikuoka, a pozostały personel Rath dostać odczyt na ich obecną sytuację i zdecydować ich następny przebieg działania jest odzyskać kontrolę nad Ocean Żółw i zapobiec ALICE przed wpadnięciem w ręce wroga.

Z GlowGen Obronnych Systemów teraz pod kontrolą głównego pomieszczenia kontrolnego, to okaże się, że system komputerowy jest zablokowana szczelne i że zmuszanie ich drogę do pokoju kontrolnego sub lub klastra Lightcube nie jest realną opcją. miga dowódca Gabriel Miller z powrotem do swojej sesji logowania w GGO gdzie jego drużyna walczyła przeciwko Kirito. Gabriel loguje się z jego sesji, aby znaleźć się z powrotem w swoim biurze przy Glowgen Defence Systems, gdzie służy jako CTO. W celu realizacji swojej misji lokalizowania Alice, postanawia się zalogować jako Mroczny cesarza VECTA ze swoim porucznikiem, Vassago, logując się jako ciemny rycerza. Tymczasem Asuna decyduje się zalogować do Underworld w próbie ratowania Kirito i odprowadzić Alice z zaświatów.

Podczas nurkowania w Underworld, Gabriel Miller miga krótko z powrotem do swojego dzieciństwa obsesji dusz. Po zalogowaniu się na koncie super reprezentującego Dark Emperor VECTA, szybko zyskuje kontrolę nad armią terytorium ciemno. Ogólne Shasta, będąc mniej niż zadowolony z planów cesarza, zwierza się swoim górnym żołnierza i kochanka, Lipia, że ​​cesarz musi być zabity, aby zachować spokój. VECTA komunikuje się ze swoich żołnierzy w realnym świecie i odchodzi do swojej sypialni, witany przez Lipia. Przekonany, jej dusza musi być ukryte głęboko pod jej materii mózgu, on zablokował długą igłę w ucho. Kiedy umarł, widział błyskot- Glow opuścić ciało i wznosi się do nieba. W Underworld, VECTA rozwiązuje swój legion żołnierzy i przedstawia głowę Lipia za zamrożone w lodzie jako ostrzeżenie dla każdego, kto by go zakwestionować. Szoku po śmierci swojego kochanka, Shasta próbuje zabić VECTA i rozpętuje burzę wcieleniu, prawie ocierając się liderów każdej odpowiedniej armii.

Alicja i Kirito dotarły do ​​obozu wojskowego zewnątrz wschodniego korytarza, z Alice jest ostrożny bezpieczeństwa Kirito jest. Alicja i inne prace Integrity Knights wymyślić plan walki z armią terytorium ciemno. Tymczasem Ronie i Tiese dowiedzieć się o losie Eugeo i stanu Kirito, a zostały powierzone do opieki nad nim. Przy bramie prawie do upadku, każdy przygotowuje się do bitwy.

Z brama upadłszy, Terytorium armia Mroczny przystąpić do burzy w Imperium Ludzi, z różnych taktyk. Stały z przodu są Deuselbert Synteza 7, Fanatio Synteza 2 i Eldrie Synteza 31. Stały dalej wstecz jest Bercouli Synteza 1 z jego czasów rozdzierające mieczem w stanie gotowości, a tchórzliwe Renly Synteza 27. jako wrogowie i sojusznicy są zabijane, a wśród nich członkiem Four Wirującego Blades, Alice, ukrywając się w cieniu, jest zbieranie świętą moc zwolnieniu z trupami zbudować bombę laserową wykonany sztuki sakralnej. W międzyczasie, w panice, Renly ucieka i ukrywa pozostawiając jeden z tylnych linii bez dowódcy.

Z wojną Kontynuując, Alice kontynuuje zbudować bombę laserową przy użyciu zasobów przestrzennych ulatniać przez zwłok. Tymczasem Renly ukrywa się w namiocie dostaw, można znaleźć tylko przez Ronie i Tiese. Wkrótce potem okazuje się, że Gobliny górskie zostały przełamane linie i atakują linie zasilające. Z Linel i Fizel szybkiego zabijania gobliny inwazji, Renly znajdzie odwagę walczyć i aktywuje doskonałą kontrolę broni swego dwukrotnie skrzydlaty Ostrza. Dee oczu Ill, kanclerz magów ciemnego, wysyła w każdym minion ona atakować z nieba, tylko na czas Bercouli rozdzierające mieczem wziąć je wszystkie naraz. Z znaczna liczba Dark Territory żołnierzy zginęło, magowie ciemne przygotować rozpętać Sztuki Sakralnej zaatakować tylne linie, tylko dla magii aby spalić na panewce. Alicja następnie uwalnia bomba była budowlany i ociera się znaczący kawałek Dark Territory żołnierzy, co powoduje pęd do zmiany w kierunku żołnierzy imperium ludzi.

Po, że uwolniona bombę laserową, Alice stwierdza szef ogry, Furgr, wciąż żyje i jest atakowany. Alicja szybko pokonuje Furgr. Po zorientowali się, że VECTA jest po Alicji, armia ludzka tworzyć siłę wabika, składający się z Renly, Bercouli, Alice Sheyta, Kirito, Ronie, Tiese, 1000 ochotnika żołnierzy, 200 kapłanów i 4 smoki, i udać się do ciemne Terytorium zwrócić armię ciemną od korytarza ludzkiego imperium. Z magowie ciemne że zorientowali się, dlaczego ich sztuka nie powiodła się, orkowie Dee Eye chory ofiary generować więcej zasobów przestrzennych i pozwolić im oddać ciemną sztukę, za zgodą cesarza VECTA użytkownika. Jako siła maniak wyprowadzić, magowie ciemne rzucić sztukę stworzyć rój śmiercionośnych owadów i wysłać je do ludzkiego imperium. W żaden sposób bronić, Eldrie poświęca się i używa się żeby osłonić wszystkich z tej dziedziny. Zemsta napędzany Alice następnie wyjmuje całą jednostkę Mage na własną rękę.

Z pozycji siły wabika przez ciemny obszar w kierunku krańcu świata Ołtarza, rozkazy cesarza VECTA się Pugilists i ciemnym Knights realizować. Sheyta Synteza 12, który zwie się Sheyta niemego, uważa się być przeklęty ze zdolnością do cięcia czegokolwiek dotknie, nie ważne jak bardzo obiekt jest. Iskahn, lider pięściarz Gildii, uważa się za uncuttable przez dowolny obiekt można sobie wyobrazić. Podczas pościgu na Pugilists dogonić siły wabika i pobyty Sheyta kopii ich zatrzymać. Ona idzie w górę przed Iskahn a kowadłem Ensues bojowych z Sheyta raniąc Iskahn z jej cienkie mieczem. Z opracowanego się impasu, obaj wojownicy zyskują wzajemny szacunek dla siebie, a ona wycofuje się z powrotem do siły wabika. Pod koniec pierwszego dnia metę, obóz setup siła wabik na odpoczynek. Nieznane im Vassago został czai i potajemnie wyjmuje kilku mężczyzn w obozie.

Po Stacia (Asuna) utworzona 3 wąwozy pochłonąć Vassago i jego rycerzy, a także odciąć Pugilists i pozostałych Mrocznych Rycerzy z siły wabika, że ​​zstępuje i przedstawia się jako Asuna do nieco zastraszani życie. Ze względu na jej fluctlight jest przeciążony ze zmiany terenu, Asuna doświadcza bólu głowy i pamięta, że ​​wielokrotne wykorzystanie zdolności może spowodować uszkodzenie jej fluctlight. Po formalnościach, ona przechodzi do odwiedzenia namiotu Kirito jest. Po obejrzeniu go, że jest wypełnione łzami radości. Słysząc głos Asuna, w Kirito jest wyraźnie wstrząśnięty. Nawet w stanie katatonii, próbuje dotrzeć do niej, z twarzą pełną łez, Asuna reaguje długo oczekiwany uścisku. Niedługo potem pojawia się Alice i zakłóca ich łączenia. Oni Meetup, aby omówić to, co wróg jest po. Później w nocy, historie Ronie, Alice, Asuna i Sortiliena akcji Kirito ze sobą.

W następnego dnia rano, siła maniak odkryć, że VECTA nakazał armii przemierzać ogromny wąwóz przez indeksowania ponad 10 zawieszonych lin, a następnie zaplanować kontr-strategii. Tymczasem w Ocean żółwia, Critter pomyślnie wyłączył fluctlight przyspieszenie i wdrożył program poprawki zaprosić użytkowników AmuSphere w Ameryce „test beta” PVP uboju VRMMO, oszukując ich do myślenia, że ​​to była gra. Jednocześnie, Yui widzi swoją strategię i ostrzega Kirito i Asuna przyjaciół, z Leafa i Sinon zamiar STL do bazy Roppongi Rath po autoryzacji i Lisbeth wchodząc ALO, aby spróbować przekonać japońskich graczy do podziemia przeciw amerykańskiej gracze. W końcu, z 20.000 amerykańskich graczy gotowych do przyłączenia, Critter wdraża je na drugiej stronie ogromnego wąwozu.

Z 30.000 amerykańskich graczy po zanurkował Underworld, zaczynają bezlitośnie zabijać każdego z obu armii. Asuna, Alice Bercouli, Renly i Sheyta praca do walki amerykańskich graczy. VECTA spoty Alice i rekwiruje smoka Mrocznego Rycerza i leci w jej stronę. Tymczasem Iskahn jest wściekły z oczu swego cechu jest bezlitośnie ubite jak najszybciej skończyli przeszukiwania całej wąwozu. Z uszczelka w jego prawe oko jest wyzwalany, łapie oko, rozrywa go i niszczy go. Przy przypływie wściekłości spalenizny i determinacji, skacze po drugiej stronie wąwozu. Iskahn sprawia, że ​​zajmują się Asuna walczyć z ludźmi, jeśli ona buduje pomost dla swojej gildii krzyż. Jak Alice ciągnie przed resztą rycerstwa, nagle znalazła się w ciemnej pustce i traci przytomność. smok VECTA chwyta Alice i odlatuje w kierunku na krańcu świata Ołtarza z Bercouli dając pościg.

Sinon has logged in with the super-account of Solus, the Sun Goddess and rescues Asuna and the others at the last minute. Meanwhile, Leafa logs in with the super-account of Terraria, the Earth Goddess, and descends to the Underworld.

Despite its modest size, the Human Empire Army and Asuna valiantly battle the wave of American players surging towards them. But they’re hopelessly outnumbered, and the Human Empire soldiers start to fall one after another.

Bercouli pursues Vecta, who’s abducted Alice. After a long, vicious battle, Bercouli unleashes his secret sword skill, Uragiri, and finally defeats Vecta, despite having sustained severe injuries himself.

The traitor inside Rath turns out to be a researcher named Yanai. When Higa attempts to restore Kirito, Yanai tries to thwart the operation by holding him at gunpoint. Meanwhile, in the Underworld, Sinon confronts Gabriel, who has logged back in.

Asuna and the others succumb to Vassago and the Chinese/Korean players. Discovering the catatonic Kirito, Vassago kicks his wheelchair over. Enraged, Klein lunges at Vassago, only to be pinned down by enemy players. Just then, someone unexpected appears.

Sinon manages to severely damage Gabriel, but her strength has been sapped. Leafa collapses after wiping out the American players. And Asuna, her situation now hopeless, gazes at Kirito. But the Black Swordsman continues to wander through his dreams.

Escaping his nightmares, Kirito regains consciousness at last. With the Night-Sky Blade in his right hand and the broken Blue Rose Sword in his left, he faces off against Vassago, armed with the Mate-Chopper, now enormous in size.

Alice and Asuna head to the World’s End Altar as Kirito confronts Gabriel. Unless he can defeat Gabriel and return to the real world before the maximum-acceleration phase begins, Kirito will have to spend the next 200 years in the Underworld.

The maximum-acceleration phase has begun. Alice successfully logs out of the Underworld, but Kirito doesn’t make it in time. In the real world, Higa and Kikuoka rush to shut down the STL, in order to disable the maximum-acceleration phase, but…

The “Rath Attack Incident,” masterminded by the American National Security Agency, is over. Now head of the newly formed Oceanic Resource Exploration & Research Institution, Rinko unveils Alice to the world as an authentic artificial general intelligence.