Seis meses se passaram desde a feroz batalha contra o Administrador. Alice trouxe Kirito para sua casa de infância, Rulid Village, onde eles vivem em paz. Olhando para o mundo que ela salvou com Kirito, Alice reflete sobre tudo o que aconteceu.

Uma força do Território Sombrio está atacando Rulid Village. Embora ela tenha perdido o objetivo em batalha, para lutar por sua família e pelas pessoas que Kirito e Eugeo tentaram proteger, Alice pega a Lâmina de Osmanthus mais uma vez!

O misterioso grupo que atacou a tartaruga oceânica acaba sendo uma unidade secreta sob ordens da Agência de Segurança Nacional dos EUA. E seu líder, Gabriel, já enfrentou Kirito e Sinon.

Shasta, comandante dos cavaleiros das trevas do Território das Trevas, pretendia usar a morte do administrador como uma chance de paz com o Império Humano. Mas seus planos são frustrados pelo retorno do imperador Vecta à terra das trevas.

Resolvida a lutar pela humanidade, Alice une as forças do Império Humano, trazendo Kirito com ela. Mas enquanto as forças das trevas ostentam números impressionantes, apenas treze Cavaleiros da Integridade estão disponíveis para lutar pelo Império Humano.

O Teste de Carga Final começou e o Portão Oriental entrou em colapso. Instigado por Gabriel, agora imperador Vecta, o enorme exército da terra das trevas segue em direção ao Império Humano.

A poderosa arte formal desencadeada pelo Cavaleiro da Integridade, Alice, inflige severas baixas às forças das trevas. Alice encontra um sobrevivente inimigo e descobre que o objetivo do Imperador Vecta é encontrar a "Sacerdotisa da Luz".

Ao ver Alice, Gabriel ordena que todo o seu exército a capture. A guilda dos pugilistas corre à frente da força principal. Enquanto Alice e Bercouli tentam propor uma estratégia para combatê-los, o silencioso Cavaleiro da Integridade Sheyta Synthesis Twelve dá um passo à frente.

Asuna entrou no Underworld usando a conta admin de Stacia, a Deusa da Criação. Depois que ela desce, ela se reúne com Kirito, graças a Ronie e Tiese. Mas logo Alice chega, levando a uma situação precária!

Asuna criou um abismo sem fundo. Os cavaleiros das trevas e os pugilistas tentam atravessar para o outro lado, onde o Exército do Império Humano espera. Enquanto isso, Critter lança um anúncio sobre um teste beta por tempo limitado para um novo VRMMO bizarro.

Devido ao esquema de Gabriel, os jogadores dos EUA receberam contas de cavaleiros negros e agora estão continuamente entrando no submundo. Eles começam a matar impiedosamente soldados do Exército do Império Humano e do Exército do Território das Trevas.

Sinon loga com a super conta de Solus, a Deusa do Sol, e salva Asuna e os outros na última hora. Enquanto isso, Leafa loga com a super conta de Terraria, a Deusa da Terra, e visitar o Underworld.

Dentro do Underworld, o exército humano continua tendo baixas, uma atrás da outra. Enquanto isso, no mundo real, um plano começa a ser criado para despertar a consciência de Kirito.

A maré guerra finalmente parece estar se virando a favor do império dos humanos, mas uma nova complicação surge, deixando Asuna e seus companheiros em desespero.

Os jogadores japoneses continuam sob o ataque impiedoso dos americanos e coreanos, sem sinal de que a situação vai melhorar - e no mundo real, o destino de Kirito parece que também está sendo selado.

O responsável pela invasão ao Underworld é o ex-líder da guilda Laughing Coffing de SAO, e ele parece ter total controle da situação. Ele também tem um motivo pessoal para odiar os jogadores japoneses.

O massacre no Underworld continua. Asuna fica como a última linha de defesa enquanto, no mundo real, tentam desesperadamente despertar Kirito.

Kirito finalmente acorda de seu sono profundo para salvar tanto os habitantes de Underworld quanto os visitantes do mundo real. Mas do lado de fora do jogo, as coisas não parecem estar melhorando.

Alice e Asuna vão para o Altar do Fim do Mundo enquanto Kirito enfrenta Gabriel. A menos que ele possa derrotar Gabriel e retornar ao mundo real antes que a fase de aceleração máxima comece, Kirito terá que passar os próximos 200 anos no Submundo.

Alice consegue escapar do Underworld antes que comece a fase de aceleração máximas, mas Kirito e Asuna ficam para trás. Na Ocean Turtle, as forças terroristas tentam uma última medida desesperada antes de se retirarem.

A guerra do Underworld acaba, e Alice é apresentada como uma nova espécie dentro da sociedade humana. Mas Higa comete um erro que pode comprometer a paz para sempre.

Alice se esforça para se encaixar dentro de sua nova vida, mas uma mensagem misteriosa chega pela internet e deixa tudo mais complicado para ela e Kirito.