Минуло півроку після запеклої битви з Адміністратором. Аліса привезла Кіріто в дім її дитинства, село Рулід, де вони живуть мирно. Дивлячись на світ, який вона врятувала разом з Кіріто, Аліса розмірковує про все, що сталося.

Сила з Темної території атакує село Рулід. Хоча вона втратила свою мету в битві, щоб боротися за свою сім’ю та людей, яких Кіріто та Юджіо намагалися захистити, Аліса знову бере в руки Клинок Османтуса!

Таємнича група, яка напала на Океанську Черепаху, виявилася секретним підрозділом за наказом Агентства національної безпеки США. А його лідер, Габріель, раніше бився з Кіріто та Сінон.

Шаста, командир темних лицарів Темної території, мав намір використати смерть Адміністратора як шанс на мир з Імперією людей. Але його планам заважає повернення імператора Вектора в країну темряви.

Сповнена рішучості боротися за людство, Аліса приєднується до сил Імперії людей, взявши з собою Кіріто. Але хоча сили темряви можуть похвалитися величезною чисельністю, лише тринадцять Лицарів Єдності доступні для боротьби за Імперію людей.

Випробування остаточного навантаження почалося, і Східні ворота зруйнувалися. Підбурювана Габріелем, нині імператором Вектором, величезна армія країни темряви сунеться до Імперії людей.

Потужне формальне мистецтво, випущене Лицарем єдності Алісою, завдає серйозних втрат силам темряви. Аліса зустрічає ворога, який вижив, і дізнається, що мета імператора Вектора — знайти «Жрицю Світла».

Побачивши Алісу, Габріель наказує всій своїй армії схопити її. Гільдія борців мчить попереду основної сили. Поки Аліса та Беркулі намагаються придумати стратегію протидії їм, мовчазний Лицар єдності Шейта Синтезис Дванадцять крокує вперед.

Асуна увійшла в Підсвіт за допомогою облікового запису суперкористувача Стейсії, богині творіння. Після того, як вона спускається, вона возз’єднується з Кіріто завдяки Роні та Тізе. Але незабаром з’являється Аліса, що призводить до небезпечної ситуації!

Асуна створила бездонну прірву. Темні лицарі та борці намагаються переправитися на інший берег, де чекає Армія Імперії Людей. Тим часом Кріттер публікує оголошення про бета-тест для нового VRMMO.

Завдяки схемі Габріеля американські гравці отримали облікові записи темних лицарів, і тепер вони постійно входять у Підсвіт. Вони починають безжально вбивати солдат як з Армії Імперії Людей, так і з Армії Темної Території.

Сінон увійшла в систему за допомогою облікового запису Солус, Богині Сонця, і в останню хвилину рятує Асуну та інших. Тим часом Ліфа входить у систему за допомогою облікового запису Террарії, Богині Землі.

Незважаючи на свій скромний розмір, Армія Імперії Людей і Асуна відважно борються з хвилею американських гравців, що напливає до них. Але їх безнадійно менше, і солдати Імперії Людей починають падати один за одним.

Беркулі переслідує Вектора, який викрав Алісу. Після довгої жорстокої битви Беркулі використовує свій секретний навик меча, Урагірі, і нарешті перемагає Вектора, незважаючи на те, що сам отримав важкі поранення.

Зрадником всередині Рас виявляється дослідник на ім'я Янай. Коли Хіга намагається відновити Кіріто, Янаї намагається перешкодити операції, тримаючи його під прицілом. Тим часом у підсвіті Сінон стикається з Габріелем, який знову увійшов у систему.

Асуна та інші поступаються Вассаґо та китайським/корейським гравцям. Виявивши Кіріто, Вассаґо перекидає його візок. Розлючений Кляйн кидається на Вассаґо, але його затискають ворожі гравці. І тут з’являється хтось несподіваний.

Сінон вдається серйозно пошкодити Габріеля. Ліфа витрачає учі сили на знищення американських гравців. А Асуна, її ситуація тепер безнадійна, дивиться на Кіріто. Але Чорний Мечник продовжує блукати своїми снами.

Рятуючись від кошмарів, Кіріто нарешті приходить до тями. З Мечем Нічного неба в правій руці та зламаним Мечем Блакитної троянди в лівій він протистоїть Вассаґо.

Аліса та Асуна прямують до вівтаря кінця світу, коли Кіріто протистоїть Габріелю. Якщо він не зможе перемогти Габріеля і повернутися в реальний світ до початку фази максимального прискорення, Кіріто доведеться провести наступні 200 років у Підсвіті.

Почалася фаза максимального прискорення. Аліса успішно виходить із Підсвіту, але Кіріто не встигає. У реальному світі Хіга та Кікуока поспішають вимкнути Транслятор душі, щоб вимкнути фазу максимального прискорення.

«Інцидент з нападом на Рас», організований американським Агентством національної безпеки, закінчився. Нині очолюючи нещодавно створений Інститут дослідження та пошуку океанічних ресурсів, Рінко відкриває світові Алісу як справжній штучний інтелект.

Рінко повідомляє Кадзуто, що Аліса зникла. Він збирається кинутися до відділення Рас Роппонгі, коли в двері дзвонять. У паніці Кадзуто відчиняє двері, але знаходить там кур'єра з величезною картонною коробкою.