England 1868. Ein Dieb versucht eine verunglückte Kutsche zu plündern, bemerkt dabei jedoch zwei Überlebende, einen Mann und seinen jungen Sohn. Der Mann namens George Joestar steht für immer in der Schuld seines Retters. Bei dem Retter handelt es sich um Dario Brando.

Im Jahr 1888 kommen JoJo und Dio auf den ersten Blick gut miteinander zurecht, obwohl sich JoJo wegen den Ereignissen der letzten Jahre immer noch vor Dio fürchtet. Allmählich übernimmt Dio die Familie Joestar.

Nachdem JoJo ein Gegengift für seinen Vater George gefunden und ihm dieses verabreicht hat, will er Dio der Polizei ausliefern. Dio versucht JoJo aus seiner Deckung zu locken, indem er sich angeblich selber der Polizei stellen will. Speedwagon, der JoJo aus London folgte, erkennt Dios Lüge.

Drei Tage nach dem Vorfall, erwacht JoJo im Krankenhaus und wird von Erina wieder gesund gepflegt. Während die beiden sich wieder näherkomment, begegnen sie einem unbekannten Mann namens Will A. Zeppeli.

Bei ihrer Ankunft in Windknights Lot, wird JoJos Gruppe von einem talentierten Jungen namens Poco bestohlen, welchen JoJo und Zeppeli jedoch mit Hilfe ihres Hamon einfangen können.

Bruford schafft es gerade noch so, dem Angriff von JoJo zu entkommen und JoJo verfängt sich wieder in dessen Haaren. Dennoch gelingt es JoJo, die Angriffe Brufords abzuwehren ...

Zeppeli erinnert sich wieder wie Tonpetty den Ort seines Todes vorhergesehen hatte: genau an diesem Ort, an dem er sich gerade befindet. Obwohl er dies weiß, kämpft Zeppeli gegen Tarkus und versucht dabei einen Weg zu finden, JoJo zu befreien.

Nachdem Poco erfahren hat, dass Peggy rausgegangen ist, um ihn zu suchen, sendet Dio einen Zombie namens Doobie aus, der Peggy angreifen soll, weil sie Dios Legion nicht beitreten will.

Dio fällt im Kampf gegen JoJo, schafft es jedoch noch seinen eigenen Kopf vom Körper zu trennen, bevor die Welle seinen Kopf erreicht, nur um kurz darauf vom Zombie-Diener Wang Chung geborgen zu werden.

Im Jahr 1938, 49 Jahre nach dem Tod von Jonathan Joestar, reisen Speedwagon und Straizo nach Mexiko, wo sie einen unterirdischen Raum entdecken. Dieser ist gefüllt mit sich ähnelnden Masken und einem versteinerten Körper, welcher wahrscheinlich der Schöpfer dieser Masken war.

Wie erwartet erholt sich Straizo von Josephs Angriff und nutzt den Laseraugen-Angriff von Dio, um durch JoJos Kopf und Nacken zu schneiden. Es stellt sich jedoch heraus, dass dies nur ein cleverer Trick von Joseph war.

Joseph muss Donovan, einen von Stroheims Männern, konfrontieren, schafft es aber, ihn zu überwältigen und erfährt, dass Speedwagon immer noch am Leben ist.

Im Kampf gegen Santana bemerkt Joseph, dass seine Wellenkraft keine Auswirkung auf seinen Gegner hat, ihn aber dennoch vor den Angriffen des Säulenmanns schützen. Nach einem mächtigen Schlag scheint Joseph das Bewusstsein verloren zu haben.

Speedwagon transportiert die versteinerten Überreste von Santana ins Hauptquartier seiner Stiftung in Washington, D.C., wo sich herausstellt, dass Santana immer noch lebt. Seine Wissenschaftler können ihn jedoch mit ultraviolettem Licht im Zaum halten.

Caesar, aufgebracht durch Marks Tod, greift Wamuu, indem er seine Bubble-Launcher-Technik anwendet, um den Säulenmann mit aus Blasen bestehenden Wellen zu umzingeln.

Um JoJo die Kontrolle über seine Wellenkraft zu lehren, bringt Caesar ihn nach Venedig zu seiner Meisterin Lisa Lisa.

Lisa Lisa erzählt JoJo und Caesar wie der Erschaffer der Steinmasken, Kars, nach dem roten Stein von Aja, auch Super Aja genannt, sucht, um damit seine Steinmaske zu verstärken und so die ultimative Lebensform zu werden.

Stroheim verwendet seinen neuen mechanischen Körper, welcher speziell gegen Santana entwickelt wurde, und kämpft gegen Kars. Jedoch ist dieser nutzlos gegen Kars.

Stroheim starts using his new mechanical body, which was designed to surpass Santana, to fight against Kars. However, it proves futile against Kars' Light Mode.

Lisa Lisa erzählt JoJo von Caesars Kindheit, in der er wegen seines verschuldeten Vaters Mario früh in die Kriminalität geriet.

Während JoJo und Lisa Lisa der Blutspur von Wamuu folgen, treffen sie auf einen weiteren Vampir namens Wired Beck.

Mit seinem letzten großen Angriff, Gathering Gale, welcher den eigenen Körper zerfetzt, feuert Wamuu einen zerstörerischen Strahl aus Wind gegen JoJo ab.

JoJo ist gezwungen, sich an einem Seil festzuhalten, um Lisa Lisa vorm tödlichen Sturz zu retten und befindet sich dadurch im Nachteil gegen Kars.

Kars demonstriert seine neuen Kräfte, indem er seine Hand in ein fleischfressendes Eichhörnchen verwandelt und damit Stroheim angreift. Die Sonne geht langsam auf und enthüllt einen schockierenden Fund.

JoJos Sieg sowie sein Arm scheiden dahin als Kars den Vulkan durch einen Schild aus Luftblasen überlebt, der ihn vor der tödlichen Lava schützte.