April 1999. Jotaro Kujo arrives to Morioh City in search of someone named Higashikata, and ends up running into a young man surrounded by delinquents. Jotaro then finds out that his name is Josuke Higashikata, and was exactly the person he was looking for.

Josuke spots the terrible and violent villain Angelo's Stand, and tells Jotaro about that incident. Jotaro figures it's a Stand that can somehow enter people, so he warns Josuke to not eat or drink anything until he can get to him. Right when he's told that, Josuke witnesses the Stand go into his mother, and then does the unthinkable.

Angelo's Stand ability was brought forth by the mysterious bow and arrow, and apparently they're also connected to Dio. After defeating Angelo, Jotaro thought that the danger had left the city, and tries to find the whereabouts of the bow and arrow. A few days later, Koichi is walking home with Josuke, and they pass a house that should be empty...

In order to save Koichi, Josuke goes further into the Nijimura household. Suddenly, he's attacked from many tiny beams of light. Josuke manages to dodge the attack, but it hits Okuyasu right in the face. Josuke tells Okuyasu that he'll heal his wounds if he tells him what the identity of his brother's Stand is. Okuyasu says he has no itention of telling him, and Josuke does something surprising...

Josuke and Koichi defeat Keicho. They go further into the Nijimura house, in order to destroy the bow and arrow to make sure there will be no more victims. However, they end up hearing strange noises in the dark room they happen upon. As soon as Josuke tries to jump into the room, a monster-like hand grabs Koichi's leg...

Riding his bike to school, Koichi accidentally runs over a bag that was in the road that had a cat inside. Koichi is instantly overwhelmed by what happend. Then suddenly, a man named Tamami Kobayashi appears. Despite it being an accident, he demands money from Koichi, saying that he'll use it to bury the cat. Koichi can't process what's going on, but Tamami keeps pushing that he can't just leave after what happened. Koichi is filled with guilt, and then suddenly, a giant lock pops out of his chest...

Josuke and Koichi hear from Tamami that a high school student named Hazamada might also be a Stand user, so the two go to the school and investigate. Josuke checks inside Hazamada's locker, and finds a strange wooden doll inside, but nothing else out of the ordinary. However, as Josuke is inspecting the doll, it suddenly turns into Josuke, and attacks him and Koichi...

Koichi is asked out by another student in his grade named Yukako Yamagishi. At first, he couldn't hide his joy from being asked out, but quickly has second thoughts when she suddenly loses her temper with him. The next day, she knitted him a sweater, made him lunch, and did other things for him that makes Koichi start to wonder about her. Yukako obssession worsens, and she does the unthinkable.

Koichi can't handle living in captivity any longer and tries to plan his escape. While talking to Yukako, Koichi finds out that there's a payphone nearby, and has Echoes go find it. He tries to contact Josuke and Okuyasu, but Yukako already figured out what he was planning. Koichi loses hope. Yukako then goes to the phone to order some ingredients but then something unexpected happens...

Josuke and Okuyasu visit a brand new Italian restaurant in Morioh. Rather than customers choosing items from a menu, the chef, Tonio, decides what the customer will eat after he looks at them. Tonio wants Okuyasu to feel better, and first, offers him water. Okuyasu is moved at how wonderful it tastes. He's actually moved to tears at how delicious the water is, but then starts showing even weirder symptoms...

Red Hot Chili Pepper shows himself in front of Josuke. He seems to be more powerful than Jotaro, and is able to travel anywhere where electricity flows. Jotaro summons Josuke, Okuyasu, and Koichi and tells them that a certain someone is heading toward Morioh...

In order to defeat Red Hot Chili Pepper, who intends on killing Joseph Joestar, Josuke and the others head to the harbor. Jotaro believes that Red Hot Chili Pepper will try to get to Joseph's boat with something that requires a battery, so he leaves Josuke and Koichi at the harbor, telling them to attack the user if he shows himself. As Josuke is dealing with his conflicting feelings towards Joseph, the very confident user of Red Hot Chili Pepper shows himself.

Josuke and the others successfully capture Akira Otoishi and safely retrieve the bow and arrow. Peace is back in Morioh, but Josuke still faces a big problem... He still can't seem to get closer to his father he just met, Joseph. He agrees to let Joseph look upon his mother from a distance and they head toward his house, but Joseph accidentally gets onto the wrong bus. He manages to catch up to Joseph, but then Joseph tells him that there's a Stand user nearby...

Koichi and Hazamada find out that the famous comic artist, Rohan Kishibe, who draws "Pink Dark Boy," lives in Morioh and they go to his house to get an autograph. Not only did Rohan promise them autographs, but invited them inside to see his work space, and the boys are thrilled. Though Koichi gradually becomes frightened when he sees just how far Rohan will go to achieve reality...

Koichi suddenly arrives at Rohan's house. Koichi carefully goes inside and finds Rohan drawing manga at an incredible speed. Apparently he can't stop himself from drawing after reading about Koichi's experiences. Rohan attempts to tear another page from Koichi by using Heaven's Door, when someone unexpected shows up at his door...

Josuke suddenly gets invited to go hunting by Jotaro. The purpose of this hunting trip was to hunt down the rat that gained Stand abilities after Akira Otoishi shot it with the bow and arrow. As they trace the rat to a drainage canal, they see a clump of fourteen rat corpses fused together. They realize it's probably the work of the rat that they're after and follow it to a farm, and...

Koichi and Rohan discover a bizarre sight. Before them lies an alley that's not listed on any map. They decide to go down the alley and find only empty houses that are also not listed on the map. While wandering they realize that no matter which way they turn, they keep ending back where they started. Rohan believes that they're under a Stand's attack, but...

As Josuke was worrying about not having any money, a tiny little Stand holding a 1-yen coin appeared in front of him. A surprised Josuke follows it and encounters a new Stand user name Shigekiyo Yangyu (Shigechi)! Josuke is moved by the fact that Shigechi uses his Stand, Harvest, to pick up all of the forgotten coins around the town and figures out an even better idea using Harvest...

Josuke and the others head to the bank with their lottery ticket, but the bank is suspicious if that ticket really belongs to them. Josuke insists that they bought the ticket, but they find out that someone else's name and phone number are written on the back of the ticket, and the bank clerk decides to call the number. Seeing that they can't get out of this situation, Josuke takes action...

Yukako, who was depressed because Koichi wouldn't look her way, sees a mysterious shop one day called Salon Cinderella. Unlike other salons, apparently this was a salon that created faces to bring people fortune. The esthetician, Aya Tsuji, gives Yukako a face that allows her to encounter love. Yukako goes out and immediately runs into Koichi, and he seems different than usual. Yukako had never felt happier in her life, but the effects only lasted 30 minutes...

Окуясу и Дзёскэ просят у Сигэти деньги в долг, чтобы пообедать в закусочной. Тем временем Ёшикагэ Кира, серийный убийца пряча отрубленную руку жертвы, кладёт её в упаковку для фастфуда. По случайности еду с такой же упаковкой раннее купил Сигэти и когда еду крадёт собака в парке, он случайно забирает упаковку Киры и присоединяется к Дзэскэ и Окуясу. Кира начинает тайно преследовать главных героев, чтобы в удобный момент украсть упаковку. Дзёскэ и Окуясу расходятся с Сигэти. В конце концов Кира крадёт обратно упаковку, но её обратно отбирает Сигэти и к своему ужасу находит в ней отрубленную руку. Кира намеревается убить Сигэки.

Кира жестоко расправляется с Сигэти и уничтожает тело. Остатки его стенда перед исчезновением успевают принести Дзёскэ пуговицу Киры. Главные герои в смятении и печали; Дзётаро решает провести собственное расследование и с Коичи случайно находит швейную мастерскую, куда Кира сдал свой пиджак с оторванной пуговицей. Перед тем, как портной называет Дзётаро имя клиента, стенд Киры уничтожает его.

Кира после убийства портного намеревается уничтожить и Коичи с Дзётаро с помощью бомбы своего стенда — Sheer Heart Attack, а сам сбегает. Дзётаро и Коичи оказываются в ловушке, так как вынуждены защищаться от непрекращающихся взрывов. Дзётаро замечает, что бомба целится не в людей, а самые тёплые объекты, бомба успевает смертельно ранить Дзётаро и затем преследует Коичи, который пытается отвлечь бомбу включённой электроникой. Загнанный в угол, Коичи пробуждает новую форму своего стенда Echoes ACT3, и делает бомбу тяжёлой и не подвижной. Кира, понимая, что что-то не в порядке, решает вернуться в ателье.

Кира нападает на Коичи и почти убивает его, но парня спасает Дзётаро, который использует последние силы, чтобы победить Киру. Вскоре прибывает Дзёскэ с Окясу и излечивает героев, но Кире удаётся сбежать. Герои, следуя горячим следам прибегают к косметологии Айи Цудзи, где Айа оказывается убитой и становится ясно, что Кира воспользовался силой её стенда и скопировал внешность последнего клиента Айи, прежде чем тоже убить его и окончательно скрылся. Герои теряют след.

Главные герои отправляются в поместье Киры, но там на них нападает дух покойного отца Киры — Ёсихиро с помощью своего стенда Atom Heart Father, который способен запирать жертву в измерении фотографии. Хотя дух терпит поражение, ему удаётся сбежать и захватить с собой лук и стрелу. Тем временем Кира с изменённой внешностью, скопированной из Косаку Кавадзири, убитого им клиента Айи начинает притворятся им и жить в его доме с его женой Синобу и сыном Хаято. Жена замечает подозрительное поведение «Косаку», но ей скорее это нравится.

Ёсихиро с помощью лука решает создать новых владельцев стендов и его выбор падает на мальчика по имени Кэн Оянаги. Он приобретает стенд, способный поглощать чужой стенд при условии, что его владелец при пяти попытках в игре "Камень-ножницы-бумага" проиграет Кэну три раза. Так Кэн решает преследовать Рохана Кишибэ и выигрывает с третей попытки. Рохану удаётся сохранить стенд и смухлевать с помощью силы Сидзуки Джостар.

Рохан подозревает что-то не ладное и понимает, что Дзёскэ жульничает и предлагает сделку, что отдаст 2 миллиона йен, если найдёт, как Дзёскэ обманывает его. Себе в помощь Рохан зовёт Тамами. Однако игры обрывается из-за пожара, возникшего в доме Рохана. На следующий день Дзёскэ и Рохан случайно встречаются в автобусе и проезжают через тоннель, где Рохан видит таинственную комнату. Она возвращается к ней и попадает в ловушку к стенду Highway Star, на помощь прибывает Дзёсукэ, но Рохан своим стендом спасает его, выкидывая из тоннеля.

Дзёскэ должен найти владельца стенда, однако Highway Star преследует его и парень не может останавливаться. Через телефон он узнаёт от Коичи, что владелец стенда — Юя Фунгами лежит в больнице и сам должен как можно быстрее добраться туда. Однако оказывается, что Юя осознанно преследовал Рохана и Дзёскэ и угрожает расправится с ним. Но Дзёскэ сам расправяется с Юей.

Кира, притворяясь Косаку Кавадзири, живёт с его женой Синобу и сыном Хаято. Синобу обнаруживает в подвале кошку и пытается её выгнуть, та смертельно ранится об стекло и умирает. Кира хоронит её в саду, однако она перерождает в кошкоподобное растение. Оно пытается убить всех, от кого чувствует потенциальную угрозу и нападает на Синобу и Киру. Но Кире удаётся усмирить растение и спрятать его на чердаке. Если Синобу только нравится странное поведение Киры, то Хаято подозревает о подмене и внимательно следит за «отцом». Он видит и кошкорастение на чердаке и разговоры Киры с собой, что он лишь притворяется Косаку и при необходимости убьёт Хаято.

Дзёскэ, Окуясу и Микитака обнаруживают, что на старой вышке живёт таинственный незнакомец по имени Тоёхиро Кадэнати, он заманивает в неё Дзёскэ, не подозревающего, что вышка является самостоятельным стендом Super Fly, и удерживает одного человека внутри, таким образом Тоёхиро становится свободным. Однако ему не даёт сбежать Микитака, но сам оказывается запертым в вышке, освобождая Дзёсукэ.

Дзёсукэ решает сразится с Тоёхиро и побеждает, освобождая Михитаку. От Тоёхиро он узнаёт, что новые носители стендов организовали сговор и уже похитили Коити и мать Дзёсукэ. Тем временем к Рохану Кисибэ приходит оценщик по имени Хаято, чтобы оценить урон от пожара в здании. Хотя Хаято не владелец стенда, он ведёт себя странно и боится показать свою спину. Тем временем Дзёсукэ просит помощи у Юя Фунгами в обмен на полное излечение. Юя приводит Дзёсукэ к Тэруносукэ Миямото, владельцу стенда; Дзёсукэ бросается в его сторону, но Миямото заменяет себя обессиленной Томоко. Дзёсукэ охватил страх, что на руку стенду Миямото — Enigma.

Миямото, воспользовавшись страхом Дзэскэ, заточил с помощью стенда его в клочке бумаги. В бой решает вступить Юя, преследуя своим стендом убегающего Миямото. Хотя Моямото удаётся тоже заточить Юю, он успевает открыть лист с Дзёскэ и Коити, освободив их и Дзёске расправляется с Миямото. Тем временем Рохан пытается увидеть спину Хаято и заманивает его в ловушку. Из Хаято выходит стенд Cheap Trick, который выходит из спины Хаято, мгновенно убивая его и переселяется в спину Рохана, став его собственным стендом. Таким образом Рохан не может навредить Cheap Trick и сам может погибнуть, если покажет кому то свою спину.

Рохан пытается найти помощь, выйдя на улицу, где ему всячески приходится прятать спину. Для помощи он отправился на границу потустороннего мира, где обитает дух Рэми Сугимото. Когда Рохан хочет вернуться обратно в наш мир, стенд Cheap Trick неосмысленно нарушает правило — не оборачиваться при выходе из потустороннего мира, и его затягивает в мир мёртвых. Так Рохан избавляется от стенда. Тем временем Кира примечает себе новую жертву и добравшись до её квартиры, убивает девушку, оставляя себе её руку. Однако Киру тайно снимал Хаято из-за входной двери и сбежал, но Кира это понял и решил убить мальчика дома. Однако Хаято предупредил, что снимал его долгое время и оставил улики повсюду, которые рано или поздно кто-то найдёт, так Кира оказывается в затруднительном положении.

Кира в припадке ярости убивает Хаято, но получает новую способность — откатывать время, в том числе и смерть Хаято, на которого Кира "заклятие", которое убьёт любого в попытке спросить у Хаято правду о Кире. Так Хаято встречает Рохана Кишибэ, но избегает, однако Рохан, воспользовавшись своим стендом узнаёт правду о Кире и тут же оказывается убитым стендом Killer Queen, сам Хаято возвращается обратно в то же утро. Кира объясняет ему, что каждый раз, когда кто-то попытается узнать правду, помимо его смерти от стенда Killer Queen Bites the Dust (способность, полученая от повторного протыкания Киры стрелой), Хаято каждый раз будет возвращаться во времени в то же утро, не забывая о полученном опыте, а также Хаято не сможет быть кем то убитым или покончить с собой, так как его защитит Killer Queen. Таким образом Хаято никак и никакими способами не сможет никому рассказать о Кире.

Хаято снова попадает в утро и видит, как события повторяются, однако Рохан всё равно умирает в тот же момент без контакта с Хаято. Кира объясняет это неизбежностью судьбы и что это будет происходить снова и с каждым, кто узнает правду от Хаято, делая мальчика ходящей бомбой. Однако к Хаято подходят Дзёскэ, Дзётаро, Коичи и Окуясу, и узнают в нём того самого мальчика, который следил за Косаку Кавадзири; Хаято в отчаянии пытается покончить самоубийством, но его останавливает стенд Killer Queen, который видят главные герои и все погибают. Хаято снова попадает в исходное время утром. Он решает до наступления момента смерти Рохана и затем остальных героев, успеть убить Киру, для чего хочет использовать Stray Cat (которастение), которое, попав под свет, сразу же начинает атаковать; Хаято прячет растение в сумку и на улице, открывает растение в сторону Киры; растение стреляет в Киру, но тот выживает и в ответ атакует Хаято, но Хаято защищает сам стенд Киры.

Кира не заметил, что ещё дома Хаято через телефон позвал на место Дзёскэ, который вместе с Окуясу в результате сам услышал, что Косаку Кавадзири и есть Кира; так как он услышал это не от Хаято, не был убит стендом Killer Queen Bites the Dust. Дзёскэ и Окуясу нападают на Киру и тот для защиты вынужден был освободить Хаято от проклятья своего стенда, а значит Рохан и остальные не погибнут. Однако Кира смертельно ранит Окуясу и сильно ранит Дзёскэ; они вынуждены бежать.

Окуясу, несмотря на то, что его излечил Дзёскэ, выглядит мёртвым. Дзёскэ и Хаято прячутся в доме, но Кира атакует их с помощью воздушных бомб Stray Cat. Летучая бомба преследует Дзёскэ, хотя не понятно, как бомба это делает, так как Кира не видит ничего, что происходит внутри дома, сама бомба не реагирует на тепло, свет или звук. Так после двух подрывов Дзёскэ оказывается тяжело раненым. Дзёскэ обнаруживает, что в кармане Хаято прячется фотография Ёсихиры, отца Киры и телефон, который и давал указания Кире, куда направить бомбу. Дзёскэ берёт телефон и, имитируя голос Ёсихиро, обманывает Киру, заставив подорвать фотографию отца. Сам Дзёскэ, используя осколки стекла со своей кровью тяжело ранит Киру. Дзёскэ и Кира сталкиваются в последнем ближнем бою, но Crazy Diamond имеет явные преимущества над Killer Queen в кулачном бою, также Окуясу оказывается жив и отбирает у Киры Stray Cat. К героям поспевают Дзётаро, Коичи и Рохан, также приезжает полицейская и скорая бригада. Кира окружён.

К раненному Кире подходит медсестра и Кира делает её своим заложником и решает применить способность Killer Queen Bites the Dust, которая после применения возвращает человека на час назад. Однако Киру останавливает Дзётаро, остановивший время и нанёсший последний удар Кире, отбросив его под проезжавшую машину скорой помощи, которая переездает Киру, и он умирает, попадая на границу мира мёртвых, где встречает Рэми Сугимото, хотя сразу этого не осознаёт. Рэми заставляет его повернуться и Киру затягивает в мир мёртвых. Рэми теперь свободна и перед уходом в мир иной прощается с главными героями. Мать Хаято пока не осознала, что её «муж» мёртв. Дзётаро, Джозеф и Сидзука покидает Морио.