Benton, Weaver, Carter et Greene ont tous un point de vue différent en ce qui concerne la tentative de suicide d'une patiente. Mark Greene, accusé d'avoir volontairement laissé mourir un malade, fait l'objet d'une enquête officielle. Sa carrière pourrait connaître un sérieux coup d'arrêt si sa culpabilité était avérée. Carter, pour sa part, se rend aux funérailles de son grand-père en compagnie d'Abby. Benton, empêtré dans des problèmes familiaux, continue de garder un oeil sur Cleo, qui a peut-être été infectée par le virus du SIDA. Pour Weaver, c'est le premier jour de travail après un congé de trois semaines...

Le docteur Greene, en plein travail, ne comprend pas ce que peut bien lui vouloir sa fille, Rachel, en visite imprévue à l'hôpital. Il réalise bientôt que la jeune fille s'est échappée du domicile de sa mère et qu'elle n'a guère l'intention de rentrer à la maison. Pris entre son emploi du temps chargé et ses devoirs familiaux, le médecin tente de la raisonner. Malucci, de son côté, doit venir en aide à un patient alors que tous deux se sont retrouvés coincés dans un ascenseur. Carter et Abby, loin de ces préoccupations, se rapprochent. Chen, quant à elle, doit sauver un bébé abandonné...

Le docteur Susan Lewis revient à Chicago après plusieurs années passées en Arizona. Comme elle cherche un poste, Mark Greene la met en contact avec plusieurs hôpitaux, puis la convainc de revenir au Cook County Hospital. Susan retrouve avec plaisir ses anciens collègues du service des urgences. Seule Elizabeth voit la situation d'un tout autre oeil. Elle n'apprécie pas, en effet, de constater que la complicité entre son époux et Lewis est toujours aussi forte. Par ailleurs, Kerry Weaver retrouve avec beaucoup d'agacement sa rivale d'autrefois. Imperturbable, Mark campe sur ses positions et insiste pour que Susan soit bien accueillie...

Susan commence sa première journée aux urgences, après une interruption de cinq ans. D'emblée, elle a affaire à un patient récalcitrant qui refuse de se déshabiller. Un homme simulant un coma et une jeune fille cherchant à cacher sa grossesse à sa famille suivent. Le docteur Greene, pour sa part, ne chôme pas : il doit s'occuper d'un homme qui vient d'être écrasé par la voiture de sa propre fille. Carter apprend de bien mauvaises nouvelles : sa grand-mère vient d'être hospitalisée. Elizabeth Corday voit, quant à elle, mourir son troisième patient en quelques jours. Un virus dont elle serait porteuse pourrait être à l'origine des décès. Une enquête est ouverte par la direction de l'hôpital...

Convoquée dans le bureau de Romano après avoir perdu une nouvelle patiente, Elizabeth apprend qu'elle va faire l'objet d'une enquête criminelle, motivée par des soupçons d'euthanasie. Abby soigne un jeune homme qui a voulu se circoncire lui-même, tandis que Susan s'occupe d'une adolescente atteinte de méningite. Laura semble en développer tous les symptômes. De son côté, Luka apporte son aide à Nicole, une serveuse qui vient juste de perdre son emploi, et lui trouve un poste aux urgences. Il s'occupe également d'un toxicomane atteint de troubles de la coagulation...

Afin de dissiper le moindre doute, Benton se soumet à un test de paternité. Les résultats confirmeront ou non s'il est bien le père de Reese. Corday cherche désespérément l'identité de l'individu qui essaie de lui nuire, en assassinant ses patients les plus âgés. Greene tente de la calmer, mais il a de son côté fort à faire avec sa fille, de plus en plus indisciplinée. Abby s'emploie à rassurer Nicole, nouvelle venue au Cook County Hospital. Celle-ci vient de vivre une expérience plus que traumatisante. Carter veille sur sa grand-mère, souffrante mais déterminée à vivre comme si de rien n'était. Michael Gallant, le nouvel étudiant en quatrième année, épate quant à lui tout le monde...

Une forte pluie s'abat sur la région, perturbant la circulation routière. Les appels ne tardent pas à affluer au service des urgences. Weaver et Gallant se rendent sur les lieux d'un accident, non loin d'une ligne à haute tension. Tandis que Gallant parvient à sauver un pompier de l'électrocution, Weaver décide de pratiquer une césarienne sur une femme enceinte, coincée sous un véhicule. Greene, de son côté, prend en charge un garçon dont le frère vient de disparaître dans une rivière en crue. Peu de temps après, la grand-mère de Carter arrive à l'hôpital. Elle a eu un accident et pense avoir renversé un chien...

Aidé d'un avocat, Benton met tout en oeuvre pour obtenir la garde de Reese, son fils, pour le moment accordée à Roger. Alors que Benton est souvent de garde aux urgences, Roger se vante d'être toujours disponible. De son côté, le docteur Corday recherche sans relâche un mari introuvable, afin d'obtenir son autorisation pour le prélèvement des organes de sa femme. Weaver revoit Sandy Lopez, la femme pompier rencontrée lors de l'accident de l'ambulance. Les deux femmes se plaisent beaucoup. Nicole est renvoyée de l'hôpital. Le docteur Greene, quant à lui, se montre inquiet lorsqu'il apprend que le petit ami de sa fille fume de la marijuana...

Noël approche. Le procès concernant la garde de Reese atteint un point critique. Benton doit choisir entre sa carrière et son fils, à moins que le docteur Romano ne se décide à réorganiser son temps de travail. Mais ce dernier, qui semble prendre un malin plaisir à lui mettre des bâtons dans les roues, ne lui facilite pas la tâche. Benton décide finalement de quitter les urgences. Il se fait embaucher dans une clinique, espérant avoir plus de temps à consacrer à Reese. En pleine idylle amoureuse, Carter reçoit la visite impromptue de Jack, son père. Abby épie sans gêne aucune la petite amie française de Kovac...

Le jour de son anniversaire, Abby reçoit en guise de cadeau des nouvelles déstabilisantes, qui la plongent dans un abîme de tristesse. Non seulement Kovac lui annonce qu'il s'en va en Bosnie dans le cadre d'une mission caritative, mais en plus, son ex-mari envisage de se remarier. Paul Sobriki, qui avait poignardé Carter et Lucy, est admis aux urgences. Susan insiste pour l'examiner, et Abby tente d'épargner à Carter la mauvaise surprise d'une rencontre inopinée. La relation de Kerry et de Sandy Lopez part sur de bonnes bases jusqu'à ce que Sandy découvre que Weaver cache son homosexualité à ses collègues et à ses proches...

Un meurtrier, condamné à la peine capitale, se retrouve aux urgences où il fait part de son désir de mourir sur place afin d'échapper à son exécution. Lewis s'oppose à Weaver sur le traitement qu'il faut lui donner. Carter, déchiré entre ses parents, sur le point de divorcer, est contraint de supporter leur conflit permanent. Enfin Weaver doit, contre son gré, réembaucher Chen, qui affirme disposer de preuves accablantes contre elle. Sandy Lopez révèle sa liaison avec Weaver en l'embrassant devant la plupart des membres de l'équipe réunis...

Ella, la petite fille de Mark et Elizabeth, arrive aux urgences : elle a fait une overdose en ingérant accidentellement un cachet d'ecstasy de Rachel. S'il n'a pas de responsabilité directe dans l'affaire, Greene n'en remet pas moins en question son rôle de père, s'interrogeant sur ses défaillances. Susan Lewis, quant à elle, soigne un père et son fils, victimes d'une lettre piégée. Une adolescente de 13 ans vient d'avoir un accident de voiture, alors qu'elle tentait de ramener sa mère ivre à la maison. Weaver est furieuse lorsque Romano confie l'une de ses nombreuses tâches à Lewis. Pendant ce temps, Michael Gallant sympathise avec un SDF malade...

Greene et Corday s'entretiennent au sujet de la présence de Rachel au domicile conjugal. Elizabeth souhaite en effet que la fille de Mark les quitte et s'en retourne chez sa mère. Pendant ce temps, la voisine d'Abby refuse de suivre ses conseils et ne dépose pas plainte contre son mari. C'est alors qu'une stripteaseuse fait son entrée aux urgences. Elle a malencontreusement avalé l'alliance d'un client...

De nouveaux problèmes de santé affectent Mark Greene. Sa tumeur est inopérable, et les médecins ne lui donnent plus que quatre ou cinq mois à vivre. En outre, la situation ne s'arrange guère avec Elizabeth qui, ignorant tout de sa rechute, s'installe à l'hôtel avec Ella pour fuir la présence de Rachel, avec qui elle refuse de continuer à vivre après l'incident qui a failli coûter la vie au bébé. Elle envisage même de quitter Mark. Ce dernier n'en continue pas moins d'honorer ses gardes aux urgences. Le cas d'un homme sévèrement brûlé au visage retient toute son attention. Celui-ci refuse que son épouse le voie dans le terrible état qui est le sien...

Les ambulanciers amènent aux urgences un couple sado-masochiste des plus flamboyants. Lorsque la femme, moulée dans un costume de dominatrice en cuir noir, oublie son sac d'accessoires dans un coin, Abby et Susan, intriguées, ne peuvent pas s'empêcher d'y jeter un coup d'oeil, sous le regard complice et amusé de Carter, Kovac et Gallant. Kerry Weaver les surprend et les tance vertement pour leur indélicatesse et leur indiscrétion. Peu après, lorsque cette dernière découvre, en bonne place dans son casier, l'un des accessoires érotiques de la patiente, la coupe déborde. Elle les envoie tous les cinq suivre un séminaire sur le harcèlement sexuel....

Mark et Elizabeth vivent séparément. Travailler côte à côte n'a rien d'évident pour eux, et les sujets de dispute sont nombreux. En outre, Elizabeth soupçonne Mark d'avoir une liaison avec Susan. Si elle contient dans un premier temps sa jalousie, ses sentiments tourmentés deviennent bientôt une évidence pour tout le monde. Mais lorsqu'elle apprend la rechute de Mark, elle décide de revenir à ses côtés pour le soutenir dans cette ultime épreuve. Kerry, quant à elle, vole au secours de personnes victimes d'un grave incendie. Ignorant si Sandy a survécu à cet enfer, elle exécute de façon automatique les gestes de premier secours et interroge toutes les victimes sur le sort des pompiers venus à leur rescousse, sans succès...

Un jeune interne, Gregory Pratt, débarque au Cook County Hospital, plein de morgue et d'agressivité. Il tape rapidement sur les nerfs des plus endurcis. Mark, qui ne veut pas admettre que ses capacités ont décliné avec la maladie, travaille avec acharnement. Les patients se succédant, il réalise pourtant qu'il n'est plus totalement apte à exercer. Mesurant d'un côté les désagréments occasionnés par sa chimiothérapie et d'un autre côté le peu de temps qu'il lui reste à vivre de toute façon, il décide de stopper là son traitement. Enfin décidé à profiter de ses dernières semaines, il quitte définitivement le service des urgences...

Suzy, la jeune nièce de Susan Lewis, lui lance un au secours par téléphone. Susan se rend aussitôt à New York, à la recherche de la jeune fille. Mais la ville est grande, et Susan peine à mettre la main sur la gamine. C'est alors qu'elle rencontre Faith Yokas, Bosco, Kim et Alex, les protagonistes de « New York 911 ». La fine équipe se joint à elle et Susan finit par retrouver la trace de sa soeur, Chloe. Pendant ce temps, Elizabeth Corday reçoit un coup de téléphone de Rachel, qui passe quelques jours de vacances à Hawaï avec son père. Pratt, quant à lui, se met toute l'équipe des urgences à dos après avoir tenté une procédure non autorisée et dangereuse sur un patient mourant...

Le docteur Greene a faxé une lettre à toute l'équipe médicale. C'est le docteur Carter qui lit la missive à l'ensemble des médecins et infirmières réunis. Lorsqu'il atteint la dernière page, sa voix se brise : Elizabeth Corday a ajouté de sa main la date et l'heure de la mort de Mark. Tout le personnel des urgences est sous le choc. La vie doit suivre son cours, mais tous sont ébranlés, particulièrement Kerry, qui réalise, en discutant avec Sandy, qu'elle a perdu l'un de ses rares amis. Un sentiment de vide envahit Carter lorsque Al Ervin, un pauvre sans-abri en phase terminale, sollicite l'aide de Mark. Carter tente en outre de convaincre Abby d'assister à une réunion des alcooliques anonymes en sa compagnie...

Mark Greene souhaite vivre ses derniers jours à Hawaii, où il a passé les plus belles années de sa jeunesse. Il s'y rend en compagnie de sa fille Rachel, qui traverse la difficile période de l'adolescence, afin de lui transmettre les valeurs essentielles auxquelles il croit, ainsi que l'histoire de sa famille. Le temps passant, père et fille parviennent à dépasser le conflit qui les opposait jusque-là. L'émotion est grande, d'autant que le temps leur est compté. Mark sent ses forces le quitter progressivement tandis qu'il goûte à ses derniers instants en compagnie de Rachel et d'Elizabeth, qui a fini par les rejoindre avec la petite Ella...

Carter et Abby prennent en charge deux enfants qui présentent d'étranges symptômes. Ils émettent plusieurs hypothèses, doutent de leur diagnostic et finissent par penser que leurs petits patients sont atteints de la variole. Carter prend la décision de mettre le service des urgences en quarantaine, le personnel comme les malades. Pendant ce temps, un bus transportant des personnes âgées est victime d'un accident. Tous les passagers sont conduits à l'hôpital, certains plus mal en point que d'autres. Les blessés, excédés par l'attente qui leur est imposée, se montrent désagréables avec l'équipe soignante, dépassée par la situation...