〈空間震〉という未曾有の大災害を起こすほどの力を秘めた〈精霊〉と呼ばれる少女たち。そんな彼女たちの霊力を封印し、戦闘に明け暮れる運命から解放し続けてきた高校生、五河士道。並行時空すらも超えて、世界を大惨事から救うという偉業を果たした士道は、夜刀神十香を始めとする精霊たちと賑やかな日々を過ごしていた。そんな日常の中、士道は人気漫画家である本条二亜と出会い、何故か原稿制作の手伝いをすることに――

狂三から告げられたのは、〈精霊〉への転身の過程、そして親友を自らの手で殺めたこと―― 言葉を失うほどの衝撃を受ける士道に、更なる事実が突きつけられる―― それは、この数日で起きていた士道が知り得ない衝撃の内容だった……