Itsuka Shido est un lycéen. Le dernier jour des vacances de printemps, une explosion détruit la ville et une fille en armure apparaît en face de lui. Kotori, la belle soeur de Shido mais également commandant de l’organisation militaire Ratatosk, lui apprend que la fille est un esprit qui déstabilise l’espace-temps. La seule manière d’arrêter cette catastrophe c’est qu’elle rencontre enfin l’amour. Une mission que Shido aura du mal à relever.

L'histoire se déroule le 7 juillet. "Au milieu des célébrations du festival Tanabata, Shidou rencontre Kurumi, le pire esprit. Et la destination du couple est... une salle de cérémonie de mariage ?!"

Une énorme sphère vient soudainement de se former en émettant de mystérieuses vagues spirituelles. Suite à ces vagues, une mystérieuses femme apparait. Son but serait Shido et son groupe..

C'est l'histoire de Tokisaki Kurumi qui n'aurait pas dû être racontée. La jeune fille amnésique, Empty, qui s'est réveillée dans le monde voisin, rencontre Tokisaki Kurumi. Dirigée par elle, l'endroit où elle est arrivée était la salle de classe de l'école. Afin de s'entretuer, les filles connues sous le nom de semi-Esprits se sont rassemblées. Maintenant, commençons notre bataille.