来禅高校の二年生に進級した五河士道。

一緒に住む妹・琴里とのやりとりや、平凡な学校生活を過ごす中、"空間震"の警報が突如鳴り響く。慣れたはずの避難行動だったはずが、今回の空間震は、ひとりの美しい"精霊"との出会いを士道にもたらした――

「お前も、私を殺しに来たのか？」

士道は空間震の中心で出会った"精霊"の少女を救うため、

秘密組織＜ラタトスク＞のサポートによる特訓を受けることに。

琴里から指示を受けたその内容は、"先生を口説くこと"!? いきなりの"実践"に戸惑う士道。

そしてまた、空間震の警報が鳴り響く……。

「お前から誘ったのだろう？ デェトとやらに」

突然現れた"精霊"十香に士道は戸惑いながらも、

＜ラタトスク＞のサポートを受けながら、天宮市街を歩いて回る二人。

現界するたびにASTに命を狙われていた十香にとって、

それは初めて触れる"世界"の姿だった。

天気予報を裏切る雨の神社、士道は水たまりで遊ぶひとりの少女と出合った。

どこか儚げで、何かに怯えているような様子の少女。

そこから数日、空間震と共に現れた、識別名"ハーミット"と呼ばれた精霊は、

神社で士道が会ったあの少女だった。

行方不明になってしまった,四糸乃の大事なパペット"よしのん"。

四糸乃の精霊の力を封印し、彼女を救うために、士道はまず"よしのん"を探し出すことに。

しかし琴里たち＜ラタトスク＞が突き止めた"よしのん"の居場所は、鳶一折紙の自宅だった！？

十香と四糸乃にせがまれ、温泉に行くことになった士道たち。

一方で、AST天宮駐屯地の隊員たちも、隊長・日下部遼子のために温泉での慰労会を計画していた。

さらに精霊とASTの接触を避けるために＜ラタトスク＞が動き出したことで、

温泉をめぐる熱き戦いの火蓋が切って落とされた！

「わたくし、精霊ですのよ」転校生・時崎狂三は、こともなげにそう語った。

時を同じくして、AST天宮駐屯地では陸上自衛隊のトップエース・崇宮真那が配属となる。

新たな精霊の登場と、士道を"にーさま"と呼ぶ真那に、士道や琴里は混乱必至！？

間一髪、狂三の凶行から士道を救った真那。

そのまま「慣れていやがりますから」と言い放ち、狂三を手にかける真那の姿に士道はショックを隠せない。

憤怒、悔恨、そして士道の心に去来する……虚脱。

やがて、気力を喪失しきった士道の瞳に……夜刀神十香が映り込む。

暗く閉ざされた士道の心に、再び希望の光は届くのか！？

為す術なく狂三に追い詰められた士道を救うべく現れたのは……五河琴里だった。

人間離れした力、"天使"まで顕現させる琴里の姿は、紛れもなく――。

明らかになる五河兄妹の過去。

そして、ひとつの真実は……新たな謎を呼び寄せる。

琴里に残された時間、琴里が琴里でいられる時間はあと2日……。

幼き頃から連れ添った妹に対して士道の取るべき行動は『デートしてデレさせろ！』

士道は琴里を、最愛の妹を救えるのか！？

華やぐ街中、色とりどりの水着、その更衣室で士道は究極の選択を迫られる！

士道は琴里のためにプールデートの真っ最中。

だが、そんな時間さえも無慈悲に吹き飛ばす轟音と衝撃。

そこにいたのは、復讐の炎を瞳に湛えた鳶一折紙だった。