五河士道只是一名普通的高校二年生，然而在四月十日，随着一场奇怪的大爆炸（空间震），意外的与一名身穿盔甲手持大剑的神秘少女相遇。这名少女的正是所谓的“精灵”，是会给世界带来灾难的存在，因此这名少女也正遭到对“精灵部队·AST”的攻击。于是，有着会去帮助有困难、有悲伤的人的温柔性格的士道，主动提出要与精灵进行交涉的任务，随后，士道发现了自己拥有的特殊体质，那就是可以通过接吻，来封印（吸收）精灵力量的能力，并且将精灵受到致命伤恢复再生的能力。

평범한 남자 고등학생인 이츠카 시도와 지구에 갑자기 나타난 정령과의 만남으로 겪게 되는 이야기를 담은 애니메이션

Itsuka Shido est un jeune lycéen vivant une vie paisible jusqu'à ce qu'une explosion détruise la ville et qu'une jeune fille en armure apparaisse devant lui.

Quelques instants après, sa sœur adoptive Kotori, qui est en réalité commandante de l'organisation militaire Ratatoskr, lui apprend que la fille en question est un esprit qui déstabilise l'espace-temps.

Le seul moyen d'arrêter cette menace est que Shido utilise son mystérieux pouvoir lui permettant de sceller les pouvoirs d'un esprit dans son corps. Cependant, cette méthode ne fonctionne que si l'esprit l'affectionne et a confiance en lui.

Ainsi, l'organisation Ratatoskr va lui proposer sortir avec cet esprit pour gagner sa confiance et son affection.

Thirty years ago a strange phenomenon called a "spacequake" devastated the center of Eurasia, claiming the lives of at least 150 million people. Since then, smaller spacequakes plague the world on an irregular basis. Shido Itsuka, a seemingly ordinary high schooler comes across a mysterious girl at the ground zero of a spacequake and learns from his sister Kotori she is one of the "Spirits" who are the real cause of the spacequakes that occur when they manifest themselves in the world. He also learns that Kotori is the commander of the airship Fraxinus, crewed by the organization Ratatoskr, and is recruited to make use of his mysterious ability to seal the Spirits' powers thus stopping them from being a threat to mankind. However, there is a catch: to seal a Spirit's power, he must make her fall in love with him and kiss him.

四月一〇日。昨日で春休みが終わり、今日から学校という朝。可愛い妹に起こされ、五河士道は今日もいつも通りの日常が始まると思っていた。精霊と呼ばれる少女と出会うまでは―。突然の衝撃波とともに、跡形もなく、無くなった街並み。クレーターになった街の一角の、中心にその少女はいた。「―おまえも、私を殺しに来たんだろう?」世界を殺す災厄、正体不明の怪物と、世界から否定される少女を止める方法は二つ。殱滅か、対話。軍服に身を包んだ妹・琴里は士道に言う。「というわけでデートして、精霊をデレさせなさい!」「は、はあ…ッ!?」新世代ボーイ・ミーツ・ガール、登場。