在絕望和戰鬥的連鎖中，五河士道與救出的精靈們今天也吵吵鬧鬧地過著充實且和平的日子。但空間震警報將這平凡的日子劃上句點。在遊樂園廢墟中現界的是被稱為＜魔女＞的精靈七罪。有著成熟女性的魅力，也似乎對士道也有好感的樣子。正想著難得碰到簡單模式的約會……。與之前的精靈有著完全不同的個性，面對嫵媚且成熟的她賭上人類的存亡以及精靈的命運！五河士道的戰爭（約會），就此展開第三次的序幕！

在七罪出現之後，士道突然收到了十二張照片以及一封信。這是七罪發給士道的挑戰信。信中寫道：「這裡面有我，你猜得出來我是誰嗎？」如果猜不出來，士道身邊的「某個人」就會消失……七罪可能已經假扮成其中一人，而那個人也已經被七罪給藏了起來。在這情況之下，士道必須與照片中的十二個人約會，並且猜出到底誰是七罪假扮的！

八舞夕弦消失了。無法正確回答七罪的代價比想像中的還大。剩下這 11 張的照片，士道越來越感到焦躁。狀況不斷地惡化，於是士道決定提早約會的行程，在時間限制前盡可能地和更多人約會。但即使如此所有人都沒有可疑的地方。在沒有任何進展下，今晚又出現了新的犧牲者……。

才剛成功解答七罪出的難題，沒想到因為看見了她真正的樣子，結果精靈們被她變成了天真無邪的小孩子。因為這些天真可愛小精靈們純真且毫無惡意的言行舉止，在加上七罪贗造魔女的惡搞，讓士道在社會上的生命彷彿風中殘燭一般。此時，DEM 公司的艾蓮梅瑟斯出現在七罪面前……。

就算被七罪逼上絕境，即使知道了七罪的真面目。五河士道仍舊不改他對七罪的態度。但七罪對於士道和精靈們不但不憎恨自己，反而對自己非常地友善這件事感到十分地困惑。這或許是七罪第一次有著這樣的感情。在這之中，七罪疑心病很重的個性也慢慢地產生變化。但就在事情開始好轉時，七罪竟然逃出了佛拉克西納斯！雖然士道立即開始尋找七罪，此時另一個危機正向天宮市逼近中。

在成功封印後，七罪也漸漸地融入與其他精靈的生活中。正當大家鬆了一口氣時，士道聽到了一件令人不安的事……那就是鳶一折紙要轉學去英國。對折紙加入了 DEM 公司這件事，士道漸漸地感到不安。但學校也只有接到折紙的通知，去了她家也空無一人……當不好的預感開始成為成真時，士道也碰到了出乎意料的狀況……

與《佛拉克西納斯》的對手是世界最強的魔術師艾蓮‧梅瑟斯她的專用艦《蓋迪亞》。它的機動性及控制隨意領域的技術，比琴里的想像高出許多。另一方面折紙抱著必死的決心，與十香們展開決戰。在她視死如歸的猛攻之下，不願與折紙為敵的精靈們也被迫做出無情的決定。然而五河士道仍舊被折紙所監禁隔離無法動彈，只能眼睜睜地看著雙方開始廝殺……。

對自己感到絕望且渴望著力量……鳶一折紙最終變成了精靈。那是她的仇敵同時也是憎恨的對象。但這些對現在的折紙而言，不過都是些小事罷了。折紙在士道出現的同時，脫離了戰線。她的目的地是《夢魘》時崎狂三的據點。兩人在劍拔弩張的氣氛下，折紙說出了一句出乎意料的話：「希望妳能幫我」。

折紙為了拯救雙親，用了狂三《天使》的力量回到了過去。但沒想到殺了雙親的兇手竟然是成為天使的自己。陷入絕望的精靈折紙，最終變成了反轉體。在多重危機之中士道也藉著狂三的力量回到了過去。回到五年前琴里變成精靈，折紙殺了雙親的『那一天』。

士道被狂三的轉機所救，他視死如歸的行動拯救了折紙的爸媽。從過去回到現代醒來後，是發生過『天宮市被折紙破壞』這件事的隔天。士道看到街道上和平的樣子後，相信自己『已經改變了過去』。她既不在來禪高中也不在 AST，雖然士道對於這個世界非常滿意，但心中仍有些許的寂寞。平凡且精靈們嬉鬧的日子……但折紙卻不在那裡。但是士道從琴里口中聽到的事發覺，這個世界有著他所『不知道』的事實……。

封印了鳶一折紙的靈力後，世界終於恢復和平了。來禪高中也回到了平常的生活。但就在此時，和平的時光又被打破……。五河士道在測量體能時，出現了異常的紀錄，而這是發生異變前的徵兆……沒想到異變的原因竟然是……破裂的情誼、未曾交手過的對手，但是「與對方約會，並且讓對方迷戀上自己」——解決事件的關鍵仍舊是這句話。