Die Sommerferien sind fast vorüber und langsam treffen wieder alle an der IS-Akademie ein. Charlotte ist mit Laura auf gemeinsamer Shopping-Tour in der Stadt. Cecilla kommt auch wieder zurück aus England, während Houki und Ling sich die Zeit mit Trainieren und Faulenzen vertreiben. Bevor das neue Ausbildungsjahr beginnt, will Ichika noch mit den anderen in den Wasserpark und anschließend auf das Sommerfest. Die Mädchen verstehen das natürlich alle wieder falsch und halten es für ein Date. Doch während sich die sechs Freunde im Swimmingpool vergnügen, dringt ein einzelner Angreifer in die Katakomben der IS-Akademie ein, um einen versiegelten IS zu stehlen.

只对女性有反应、世界最强的超级兵器“Infinite Stratos（IS）”。

因为IS的问世，性别平等被破坏，世界变成女尊男卑的社会。主角“织斑一夏”在高中的入学试验误入IS操纵者育成学校“IS学园”的试验会场并意外地启动了IS。成为全世界关注的“世界上唯一能操纵IS的男性”的一夏，被政府强制就读向来只有女性的IS学园，在全校师生对他充满好奇心的视线下，一夏波澜壮阔校园生活就此展开。

女性にしか扱えない飛行パワードスーツ、｢IS｣。日本で開発・発表されて以降、世界は女性優位の社会となった。IS操縦者を育成するための学校｢IS学園｣は、世界各国より集められた代表候補生の少女達が通う女子校である。ところが、主人公・織斑一夏は、男でありながら何故かISの起動が出来てしまった為、IS学園に強制入学させられてしまう。女の園に男がひとり、幼なじみの剣道少女・箒をはじめ、多国籍多種多様な少女たちが織りなす、疾風怒濤のアクションバトルと恋模様。突如襲い来る敵、ISに秘められた謎、そして一夏をめぐる少女達の恋の行方は!?