1989 októberében egy kansasi kisvárosban, Smallville-ben Jonathan és Martha Kent egy virágüzletben álldogál. Martha meglátja a kis Lana Langot és megintcsak belesajdul szívébe nagy vágya: szeretne egy gyermeket. Néhány pillanat múlva - csodák csodája - teljesül a kívánsága, de felhőtlen örömét egy súlyos rombolást okozó meteoreső zavarja meg. A katasztrófa többek közt Lana Lang szülei életét követeli és Lex Luthor haját. Majd ugrunk egyet a jelenbe, ahol Clark Kent már középiskolás tinédzser és nem közömbös Lana Lang iránt.

A meteoreső hatása különös változást idézett elő Gregben: hatalmas pókká változott. Szerencsére Witney-nek sikerül kiszabadítania Lanát a köré font hálóból. Lex nem csak barátnak kiváló, hanem nyomozónak is. Sőt önzetlenül még kerítéssel is foglalkozik.

Walt mester, a gimnázium rögbi-edzője kétszázadik győzelmére készül. A sikerért mindenre képes, még arra is, hogy az iskolában gyengébben teljesítő csapattagok ne a matematika-dolgozatra való felkészüléssel vesztegessék az idejüket. A csalásra azonban fény derül, és elszabadulnak az indulatok...

Lex Luthor pisztollyal veszi fel bankszámlájáról a pénzt, és menekül. Az üldözés közben Clark új képességet fedez fel magában. Feltűnik Tina, Lana osztálytársa, aki a meteoreső óta különleges képességekkel rendelkezik...

Sean, a nagy szoknyavadász a tél közepén beesik a tóba, majd jéggé fagyva mászik ki onnan. "Hó-étvágya" pedig határtalanná válik, és csakis emberi melegséggel tudja csillapítani. Chloet szemelte ki magának, ám ő el tudott menekülni. Felcsapta hát a halállistáját, hogy másik fiatal leányzót válasszon magának. Így esett a választása Lanára, akit mindeközben Clark elhívott egy koncertre. Lex anyagi segítségével, aki még limuzint is ad nekik. Clark ezen az estén megmenti Chloe-t és Lanát is, ám ezzel elúszik a randijuk is...

Lana diákmunkát vállal az öregek otthonában. Ezek után nem véletlen, hogy Clark is szükségét érzi a segítségnyújtásnak. Lana ápoltja, Harry beleesik egy kriptonit által szennyezet tóba. A hatás nem marad el. Jóval fiatalabbnak érzi magát. És...Az is lett! A teste harminc évvel megfiatalodott. Harry ki is használja mindezt. Nekilát egy régi sérelem megbosszulásának. Évtizedekkel ezelőtt egy bíróság elítélte. Most sorban legyilkolja az őt elítélők leszármazottait. Clark anyja következeik a sorban... Ezalatt a Clark által gondozott vak öregasszonyról, Cassandráról kiderül, hogy jövőbe látó. Egy alkalommal Lexnek is jósol, ám a szenvedéstől és vértől izzó vízióba belehal.

Kent-ék régi ismerőse, Jenkins furcsa tüneteket észlel magán. Egész teste remeg de szemmel alig követhető sebességgel. A különös az, hogy aki a közelébe kerül akár bele is halhat. Így jár egy régi munkatársa is, akinek meggyilkolásával gyanúsítják. A LuthorCorp üzemében túszul ejti Clarkék osztályát, akik gyárlátogatáson vesznek részt. Lionel Luthor színre lép, és megtagadja a tárgyalást a túszejtővel. Ő ugyanis el akarja hallgattatni. Ám Lex ezt nem hagyja, bemegy a túszejtőhöz, hogy önmagával váltsa ki a diákokat. Az iskolások -Clarkot kivéve- elhagyják a helyszínt. Lionel megkísérli felrobbantani a gyárat. Clark a röntgenlátásával felfedezi a rejtett "Harmadik szintet", ahol Earl remegése ismét bajt hoz. Ám Clark megmenti őt és Lexet. Lex itt figyel fel először Clark hihetetlen fizikai erejére.

Lex meghívja Clarkot is a Metropolisi Múzeumban tartott partyra. Clark képességeit használva megállít egy buszt, amely majdnem balesetet okozott, az esetnek azonban volt szemtanúja. Az a rendőrtiszt, aki látta az esetet, saját mocskos céljaira akarja Clark képességeit felhasználni, s nem riad vissza attól sem, hogy a családját is bajba keverje...

Lexet becserkészi egy láthatatlan ember. Ez a valaki majdnem megöli Victoriát zuhanyzás közben. Amy, Lex egy fanatikus rajongója (még egy szobrot is állított a szobájában Lexről) keveredik gyanúba, aki mellesleg a házmester lánya. Lex észreveszi, hogy a család elköltözött. Ebből azt szűri le, hogy Amy eltűnt bátyja a tettes, aki láthatatlanság-olajat párolt kriptonitmutálódott rózsák szirmaiból. Megtámadja Lexet a család távozása után, de Clark közbelép. Ezalatt Victoria és Lex egy terv kidolgozásán fáradoznak, hogy elmozdítsák Lionelt a cég éléről. De Victoria inkább külön utakon járna... Közben Whitney és Lana eltávolodik egymástól. Whitney ugyanis eltitkolja, hogy apja betegsége miatt gyötrődik. Ezzel akaratlanul is Clark felé vezeti Lanát.

A guy in charge of a rival fertilizer firm to LuthorCorp's talks an EPA investigator into commiting suicide, then arrives in Metropolis. He is intent on buying up the Kent farm and using the land to build a rival company to Lex's. After shaking hands with the man, Jonathan Kent inexplicably agrees to sell. Lex offers to have his lawyers help. Meanwhile, Clark befriends a local recluse. It turns out that the recluse and Lex's rival were both salesmen who were caught in a car accident and exposed to kryptonite. They both gained the same power of "persuasion" on anyone they touched, as the recluse graphically demonstrates to Clark by having Chloe kiss him! Lex's rival finally manages to shake hands with Lex, and convince him to try and gun down Clark. Clark manages to knock out Lex and the recluse takes out his former partner, "convincing" him to shoot himself. The recluse decides to go back into the world, but not before telling Clark that he shouldn't hide from his powers either.

Clark's powers are transferred into a classmate during a freak juxtaposition of meteor and storm. Clark must deal with being normal for the first time, and his classmate Eric is unable to cope with the new powers. Can Clark stop Eric's rampage without his abilities?

Whitney falls in with some former jocks who have kryptonite tattoos that give them the power to walk through walls. Meanwhile, Chloe is seriously injured and Lex has his own plans.

A man from Lex's past stalks him in conjunction with a mysterious death at Club Zero that Lex may have been responsible for. Meanwhile Chloe looks into Clark's past as an adopted child.

A flower that comes from a reopened "Level Three" of the fertilizer plant brings strange reactions from several people, including Jonathan, Lana, and Pete.

A young runaway, Ryan, has the power to read minds and flees his abusive stepparents. The Kents take him in and Clark soon discovers the boy's powers and that he's immune to them. But Ryan's stepparents have plans to use the boy's powers for financial gain against...Lex.

Tyler gains the power to destroy organic matter with a touch, and resolves to put the dying out of their misery...and Whitney's father is his next target. Meanwhile Lionel and Lex spar over Lionel's rising success in Smallville.

Clark gets into a class election and one of his opponents is a krypto-mutant who can control bees. Meanwhile a reporter from Metropolis visits to do a story on Lex.

Former Smallville High cartoonist Justin loses the use of his hands in a hit and run accident, and develops the ability to move things with his mind. After crippling his unsympathetic doctor he returns to Smallville and hooks back up with his friend Chloe. He reveals his secret to Chloe, and then takes revenge by killing Principal Kwan, who was the driver who hit him. It turns out Kwan's son Danny was the driver. Chloe realizes Justin is responsible, and Clarks comes to her aid, knocking Justin out. Meanwhile, Lex's former nanny, Pamela, comes back to see how he's doing and to apologize for leaving him after his mother's death, bringing up some old issues for Lex. And Whitney's father passes away.

After an explosion Lana finds herself getting visions of a serial killer...and his next target is Chloe. Meanwhile Lex and Roger look further into the meteor shower and determine that something besides meteors hit Smallville that day.

Lex is hit with a surprise after his father closes the local Smallville plant to force him back to Metropolis, blaming the plant's failure on his management. Meanwhile Clark prepares for his date with Chloe, reporter Roger Nixon gets wind of Clark's alien origins after setting up an explosion, and Whitney joins the Marine Corps. Lex works with the workers to buy the plant and put it under local management, and his father Lionel threatens to sabotage the efforts by buying up their mortgages. It all comes together when Nixon uses the "key" Lex found (in "Obscura") to activate the spaceship just as three tornados hit Smallville. He flees into the storm with Jonathan in pursuit and Martha left to confront the opening spaceship. The tornado hits Lex's manor and traps Lionel under beam, leaving Lex with a life-or-death decision to make. And Clark arrives to see Lana whisked up into the tornado. (to be continued...)