In una piccola città del Kansas, Smallville, una pioggia di meteoriti si abbatte sulle case e sulle strade lasciando dietro di se una scia di morte e distruzione. Durante la catastrofe Lionel Luthor sta cercando di impartire una lezione a suo figlio Lex costringendolo ad affrontare le sue paure, ma quando le meteoriti cominciano a cadere, Lex viene scaraventato via dall'onda d'urto e quando suo padre lo ritrova è privo di sensi e completamente calvo. Nel frattempo il furgone di Martha e Jonathan Kent si ribalta nel tentativo di evitare un meteorite e i due rimangono intrappolati; vengono salvati da un bambino di circa 3 anni, un bambino molto speciale. Anni dopo i due bambini, ormai cresciuti, si ritrovano e il loro incontro è alquanto memorabile. Clark, il ragazzo alieno raccolto dai Kent durante la pioggia di meteoriti, salva la vita a Lex, che con la sua porsche investe Clark a più di 80 km l'ora.

I frammenti di meteoriti sparsi un po' dovunque a Smallville hanno creato una serie di mutazioni in alcuni degli abitanti: uno di questi è Greg, un ragazzo un po' asociale con la passione per gli insetti. Greg ha una cotta per Lana Lang, la ragazza più carina della scuola e cerca di conquistarla grazie ai suoi poteri. Purtroppo Greg non si accontenta di fare la corte a Lana, con la sua abilità di controllare gli insetti, cerca di mettere fuori combattimento tutti quelli che intralciano i suoi piani.

Alcuni membri della squadra di football vengono sospesi perchè sorpresi a copiare e uno di loro confessa di aver avuto la copia del test dal suo allenatore. Lana è indignata per l'accaduto e rimane sorpresa dalla reazione di Withney all'accaduto, anzi dalla mancanza di reazione. Disgustata dal comportamento dell'allenatore e dei ragazzi colti in flagrante, Lana decide di lasciare le cheerleaders, proprio quando Clark si unisce alla squadra contro il parere di suo padre. L'allenatore nel frattempo scopre di avere il potere di appiccare incendi con il pensiero e ne approfitta per dare una lezione al preside, che ha intenzione di denunciare il suo comportamento scorretto. Lex nel frattempo, riceve un ordine da Lionel tramite degli intermediari, ma decide di agire di sua volontà per dimostrare che non è un burattino nelle mani di suo padre.

Clark comincia ad avere problemi con la vista: senza renderesene conto riesce a vedere attraverso gli oggetti e le persone. Grazie a questa nuova abilità, Clark intuisce la vera identità del mutaforme che ha derubato la banca spacciandosi per Lex Luthor.

Durante una festa all'aperto, Sean, un giocatore di football con reputazione di rubacuori, cade accidentalmente nel lago ghiacciato, lago "inquinato" da resti di meteoriti. Il giorno dopo, Sean riemerge dal lago ancora vivo, ma tormentato da un freddo glaciale. Nell'infermeria della scuola il ragazzo scopre che l'unico modo per riscaldarsi è il contatto con un essere umano. Sean comincia a chiamare tutte le ragazze della sua rubrica, lasciando una scia di cadaveri congelati dietro di se. La prossima ragazza sull'elenco è Chloe...

Nella casa di riposo di Smallville, Lana, Clark e Pete stanno facendo volontariato assistendo gli anziani. Lana si occupa di Harry Bolston, un simpatico vecchietto appassionato di storia locale. Mentre si trovano all'aria aperta, Lana si allontana per prendere una coperta e Harry cade nello stagno dove l'acqua è stata contaminata dalle meteoriti. Riemergendo in superfice, Harry si accorge di essere ringiovanito e approfitta di questa seconda chance per vendicarsi delle persone che hanno testimoniato contro di lui anni prima, condannandolo alla prigione.

Un esperimento alla fabbrica di fertilizzanti della Luthor Corporation finisce male e un vecchio amico dei Kent è in gravi condizioni fisiche. In cerca di risposte e vendetta, l'uomo si introduce nello stabilimento e approfittando di una gita scolastica, rapisce i ragazzi del liceo minacciando di ucciderli se non ottiene giustizia. Martha e Jonathan arrivano sul posto e chiedono spiegazioni a Lex. Clark è tra i ragazzi presi in ostaggio e cerca di trovare degli indizi sul laboratorio all'interno della fabbrica in modo da risolvere la questione.

Clark è invitato da Lex a una serata di gala al museo, mentre sta prendendo una boccata d'aria (per riprendersi dalla vista di Lana con Withney), ferma un autobus fuori controllo, salvando la vita a un senzatetto. Purtroppo un testimone ha assistito al fatto e approfitta delle informazioni acquisite per ricattare Clark e costringerlo a rubare un pezzo raro esposto all'interno del museo. Lex conosce di fama il ricattatore e offre il suo aiuto a Clark.

Nel castello di Lex c'è una strana presenza che infastidisce Victoria, i sospetti cadono su Amy, la figlia della governante, che ha una cotta per il giovane miliardario. Grazie all'aiuto di Clark, i genitori di Amy scoprono la sua ossessione e Lex si premura di occuparsi delle cure mediche necessarie. Purtroppo però, nonostante Amy vada via insieme ai suoi genitori, gli attacchi dell'entità invisibile non cessano, anzi, questa volta è Lex la vittima designata.

Paul Hendrix, un uomo d'affari senza scrupoli riesce ad ottenere tutto ciò che vuole grazie al tocco della sua mano, abilità che si è sviluppata per via dei frammenti di meteorite presenti a Smallville. Sfortunatamente il suo prossimo obiettivo è la fattoria dei Kent e Jonathan si ritrova a firmare un contratto di vendita senza neanche accorgersene. Clark è disperato e chiede aiuto a Lex, il quale mette a disposizione il suo piccolo esercito di avvocati per trovare un appiglio legale. Nel frattempo, Chloe e Clark trovano degli indizi che li conducono dall'ex socio in affari di Hendrix, Kyle Tippet.

Durante una gita scolastica per raccogliere campioni geologici, Clark e Eric vegono colpiti da un fulmine e poichè Eric aveva nel pugno un frammento di meteorite, assorbe tutti i poteri di Clark. Eric diventa ben presto consapevole delle sue nuove abilità e se all'inizio la novità gli porta l'approvazione e la popolarità della gente, le cose degenerano quasi immediatamente. Clark nel frattempo impara cosa significa essere "normali" e per la prima volta nella sua vita riesce a essere felice. Ma il sogno dura poco e Clark capisce che anche se non è più "super" è ancora responsabile per i poteri che ora sono di Eric.

Whitney sta frequentando cattive compagnie, nella fattispecie degli ex giocatori di football che grazie a dei tatuaggi alla criptonite, riescono a passare attraverso i muri. Durante una rapina al castello dei Luthor, i ladri scoprono delle informazioni con le quali intendono ricattare Lex.

Lex viene rapito da un uomo che fa parte del suo passato. L'uomo afferma che Lex è responsabile della morte di una ragazza, Amanda, ed è deciso a torturalro fino a quando non ammetterà la verità.

Il "Livello Tre", il laboratorio segreto dei Luthor, viene rimesso all'opera e uno dei primi risultati è un fiore molto particolare che scatena delle reazioni violente nelle persone che ne respirano l'odore. Jonathan, Lana e Pete vengon infettati dalla sostanza e cominciano a comportarsi in modo bizzarro. Sfortunatamente l'alterazione della personalità è solo il primo stadio della contaminazione, ben presto le persone colpite entrano in coma e rischiano di morire.

Ryan è un ragazzino che ha la capicità di leggere nella mente e i suoi genitori adottiiv lo sfruttano per truffare il prossimo. Dopo essere riuscito a scappare dai suoi aguzzini, i Kent lo accolgono in casa e ben presto scoprono la sua abilità. Ryan si rende conto che anche Clark è "speciale" come lui e comincia a sentirsi veramente a casa per la prima volta in vita sua. Purtroppo però, i due truffatori sono sulle sue tracce e non intendono lasciarsi scappare la gallina dalle uova d'oro. Organizzano un nuovo piano e questa volta intendono usare i poteri di Ryan contro Lex Luthor.

Tyler ha il potere di distrurre la materia organica con il tocco della sua mano e sconvolto dall'agonia di sua madre degente in ospedale, decide di usare il suo dono per porre fine alle sofferenze dei malati. Il prossimo caso di cui si vuole occupare è il padre di Whitney, affetto da una grave forma di cardiopatia. Nel frattempo Lionel e Lex discutono dei recenti successi finanziari di Lex.

Istigato da Pete, Clark decide di concorrere come candidato alle elezioni studentesche. Chloe tuttavia decide di appoggiare un altro candidato, perchè è convinta che sia più meritevole. Clark ci rimane male e il suo rapporto con Chloe si raffredda. Nel frattempo una delle candidate approfitta del fatto che riesce a controllare le api per depennare i suoi concorrenti dalla lista elettorale. In seguito a due incidenti, Clark mette da parte l'orgoglio e fa pace con Chloe e insieme tentano di capire cosa sta succedendo. Lex è alle prese con un giornalista che ha scoperto dei file delle polizia che riguardano i trascorsi turbolenti di Lex. Lana invece, scopre il vecchio diario di sua madre e si rende conto che sua zia non le ha nascosto la verità su molte cose.

Dopo essere rimasto coinvilto in un incidente, uno studente perde l'uso delle mani, ma in compenso acquisisce il potere della telecinesi e lo usa per vendicarsi del chirurgo che lo ha operato.

In seguito a un'esplosione Lana comincia ad avere delle visioni che riguardano un serial killer. Nel frattempo Lex e Roger stanno indagando più a fondo sulla pioggia di meteroriti e scoprono che qualcos'altro è caduto su Smallville durante la catastrofe.

Lex deve fare i conti con suo padre che ha deciso di chiudere la fabbrica di fertilizzanti di Smallville, licenziando tutti gli operai e scaricando la responsabilità su Lex. Nel frattempo Clark ha chiesto a Chloe di esser la sua dama per il ballo, mentre il reporter Roger Nixon scopre le origini aliene di Clark. Whitney invece decide di arruolarsi nel Corpo dei Marines e organizza un picnic romantico per dirlo a Lana.