Clark zachrání Lanu před bouří, ale zjistí, že vesmírná loď je vypuštěna, zatímco Jonathan je pohřben zaživa s bezohledným reportérem, který odhalil Clarkovo tajemství. Lex se mezitím zmítá ve výčitkách svědomí kvůli svému těžce zraněnému otci.

Clark získává novou schopnost - vidění tepla. Zatímco se ji snaží ovládat, Lex se ožení s novou učitelkou Smallvillské střední školy Desiree Atkinsovou, aniž by tušil, že má nejen postranní úmysly, ale že se do Clarka také naváží.

Pete najde Clarkovu vesmírnou loď a donutí ho, aby svému nejlepšímu příteli prozradil své tajemství. Doktor Hamilton je sužován nemocí vyvolanou kryptonitem a soustředí se na Peta. Lana se mezitím musí vypořádat s Nell a jejími plány znovu se vdát, zatímco Lex a Lionel si zvykají na společný život.

Clark se v tomto zkoumání klasické supermanovské mytologie poprvé setkává s červeným kryptonitem, který se stává nemorálním, když dostane svůj středoškolský prsten, v němž drží kus kamene. Mezitím musí Lex a jeho otec řešit nějaké problémy, když Lionel začne přebírat panství.

Lana má nového pronásledovatele - chlapce, kterého rodiče uvěznili ve sklepě a který se za ní v noci plíží. Lionel mezitím najme Clarkovu matku jako svou osobní asistentku.

Po mnoha letech odcizení přijíždí do města Marthin otec William, který nesouhlasí s Jonathanem. Mezitím se Clark musí vypořádat se sérií úmrtí ve stáří na Smallvillské střední škole a nový ředitel se do toho opře.

Objeví se cizí žena, která tvrdí, že je Clarkovou biologickou matkou... a že jeho otcem je Lionel. Mezitím se Lana rozhodne setkat s mužem, který je jejím biologickým otcem.

Ryan (z filmu "Stray") se vrací a Clark ho musí zachránit před doktorem Garnerem ze Summerholtova výzkumného zařízení. Mezitím teta Nell opouští Smallville a Lex chce rozšířit továrnu, ale narazí na starostu.

Smallvillský student Ian projeví schopnost vytvářet své klony a využije své schopnosti k tomu, aby chodil s Chloe i Lanou. Lex mezitím chodí na hodiny zvládání hněvu a seznamuje se s atraktivní místní lékařkou.

Clark se zaplete s domorodou Američankou Kylou a dozvídá se o dávném indiánském proroctví, které varuje před mužem s velkou mocí, jenž spadl z nebe. Horší je, že na místní stavbu Lexcorpu útočí stvoření podobné vlku a dalšími oběťmi se mohou stát Martha a Lionel.

Whitney se vrací do Smallville a touží začít tam, kde s Lanou skončil. Ale všechno není tak, jak se zdá...

Lex najme několik zločinců, aby odposlouchávali Lionelovu kancelář, ale situace se vymkne kontrole, když jsou Lionel a Martha vzati jako rukojmí a Clark je musí zachránit, aniž by prozradil svá tajemství.

Lionel je v sídle zastřelen a Jonathan je hlavním podezřelým.

Studenti se pouštějí do divokých, někdy až sebevražedných kousků a Chloe a Pete jsou dalšími, kdo se "nakazí"... a pomocí kusu červeného meteoritu přimějí Clarka, aby se k nim přidal.

Lex získá zpět svého dávno ztraceného bratra Lucase a využije ho k odkoupení otcova podílu ve společnosti. Brzy se však ukáže, že Lucasovi se nedá věřit, a Lex se brzy ocitne vyhoštěn z vlastní společnosti.

Martha dostane do plic kryptonitem ozářené spóry a oslabený Clark je její jedinou nadějí na přežití.

Clark se vydává do New Yorku, aby se setkal s doktorem Swannem, geniálním vědcem, který má pro Clarka vzkaz z jeho domovské planety. Mezitím se Lana rozhodne odstěhovat z domu Chloe poté, co se pohádají kvůli Clarkovi.

Poté, co spolužák tvrdí, že je mimozemšťan, a dokáže to pomocí tepelného vidění, Clark to vyšetřuje a domnívá se, že chlapec pochází z Kryptonu. Mezitím Helen konfrontuje Lexe kvůli zamčené místnosti v sídle, kde se nachází jeho vyšetřování Clarkových tajemství.

Poté, co Lanu málem napadne student, Clark chlapce zraní, když jí pomáhá. Když jsou Kentovi žalováni o náhradu škody, která by je mohla stát farmu, snaží se Clark najít způsob, jak se ze žaloby vyvléknout. Mezitím do Smallville přijíždí Helenin posedlý bývalý přítel, aby ji získal zpět, ale když ho odmítne, pobodá ji, což Lexe přiměje vzít zákon do vlastních rukou.

Clark se střetne se supersilnými lupiči, kteří jsou zřejmě napojeni na LexCorp. A Chloe se začíná spojovat s Lionelem, zatímco Lana a Henry Small se sbližují.

Lanu pronásleduje duch mrtvé kamarádky Emily, ale tento "duch" má vazby na Lionela Luthora, který rovněž plánuje získat kontrolu nad indiánskými jeskyněmi a "pomoci" Lexovi s jeho svatbou.

Smallville obklopuje pocit předtuchy, protože Clark se musí rozhodnout, zda zůstane s Lanou a svou rodinou, nebo naplní svůj osud a ovládne Zemi. Lex a Helen se připravují na svatbu a Chloe zvažuje Lionelovu nabídku vyšetřovat Clarka.