Poté, co je Clark přenesen do Pevnosti samoty, je konfrontován Jor-Elem, který mu řekne, že se nemůže vrátit do Smallville, ale musí zůstat a připravit se na záchranu planety. Také Chloe, která je přenesena do Pevnosti, nezvládne teplotu pod bodem mrazu, zkolabuje a prosí Clarka, aby použil své schopnosti a zachránil ji. Jor-El mu zakáže odejít, ale nakonec svolí a řekne Clarkovi, že se musí vrátit před západem slunce, jinak to bude mít hrozivé následky. Mezitím je Lana zděšena, když vidí, jak se z vesmírné lodi objevené v pozůstatcích meteorického deště vynořují dva kryptonští mimozemšťané. Oba mimozemšťané zničí zbytky města a hledají Kal-Ela.

Krypto-mutant Gabriel se nabourá do kódů raket a připravuje se krypto-mutanty ve Smallville jednou provždy zlikvidovat. Bezmocný Clark se mu postaví a je postřelen a zachránit ho může pouze Jor-El.

Na večírku u Kráterového jezera zachrání Lois před utonutím Arthur "A.C." Curry. Arthur má neuvěřitelné plavecké schopnosti, ale také tajný plán zaměřený na... Lexe. Mezitím profesor Fine diskutoval s Clarkem o Lexových operacích na výrobu zbraní.

Lana se přidá k sesterstvu, aby získala bydlení na poslední chvíli při zápisu na vysokou školu, ale sestry mají vražedný plán, který zahrnuje proměnu Lany v upírku, jako jsou ony samy, a její vyslání proti Clarkovi. Mezitím se Chloe uchází o místo stážistky v Daily Planet a narazí na šéfredaktorku Pauline Kahnovou.

Jonathanův nejstarší přítel, senátor Jack Jennings, přijíždí do Smallville, aby ho podpořil v jeho předvolební kampani, ale je obviněn z vraždy své milenky, takže Lois musí pracovat v přestrojení za striptérku.

Clark propadá paranoidním představám vyvolaným působením nového "stříbrného" kryptonitu a profesor Fine je jediný, kdo ho může zachránit... než zabije Lanu.

Když Martha onemocní podivnou chorobou, profesor Fine přesvědčí Clarka, že za to může Jor-El a že Pevnost se musí snažit odstranit Kal-Elova otce. Profesor Fine má však skrytý motiv, který se naplní, když dorazí na místo.

Lex dostane obálku se škodlivými informacemi, které zničí Jonathanův život, a musí se rozhodnout, zda je použije, protože by mohly ublížit i Clarkovi a Martě. Než se stačí rozhodnout, co udělá, je Lex postřelen a upadá do kómatu. Zdá se mu, že ho navštíví jeho matka a ukáže mu život, který by mohl vést, kdyby odešel od svého otce a LuthorCorpu. V tomto alternativním životě je Lex šťastně ženatý s Lanou a čeká dítě. Mezitím Chloe požádá Clarka, aby využil své schopnosti a doručil vánoční dárky potřebným dětem.

Senátorský souboj mezi Jonathanem a Lexem se rozhoří, když Jonathan obdrží anonymní výhrůžku, která ho varuje, aby se vzdal voleb. Když Clark najde Jonathana těžce zbitého, rozhodne se najít útočníky. Do hry se vmísí i Lois, když je zajata a je nucena Jonathana zavraždit během jeho projevu.

Lex a Lana jsou vydáni na milost a nemilost vyšinutému zástupci ze Smallville, který je chce držet v zajetí, dokud Lex neprozradí polohu kryptonské vesmírné lodi. Mezitím se Kentovi nemohou shodnout na financování volební kampaně.

Clark odhalí Laně své tajemství, Jonathan a Lex se dozvědí výsledky senátních voleb a na dálnici dojde k tragické autonehodě, při níž přijde o život někdo, koho Clark miluje, a Clark je nucen požádat Jor-Ela o pomoc.

Clark zjistí, že nová asistentka v Daily Planet, obrýlená, neohrabaná žena jménem Andrea, je ve skutečnosti tajemná mstitelka, která pronásleduje Sebevražedný slum. Její cesta se zkříží s Clarkovou, když oba pátrají po stejném zločinci. Mezitím Clarkovi hrozí, že ho jeho zadržovaný smutek přemůže, a v LuthorCorpu dochází k otřesům.

Chloe je posedlá duchem mladé dívky, jejíž tělo je zapečetěno ve zdech Talonu, a vydává se hledat dívčina vraha, zatímco Clark a Lois se ji snaží vypátrat.

Clark se ocitne proti Lexovi, když se spřátelí s Victorem Stonem, napůl strojem a napůl člověkem, který s pomocí sympatického doktora uprchne z LuthorCorpu.

Clark je zhypnotizován ženou, která používá údajně magické kouzlo k ovládání ostatních - odhalí své superschopnosti a je poslán zabít Lexe. Lex mezitím vypátral zmizelého profesora Finea a hodlá se s ním utkat, aniž by tušil, že ho Clark přijde zavraždit.

Lana, rozrušená z rozchodu s Clarkem, se vydá za nepoctivým studentem medicíny, který experimentuje s nebezpečným sérem na bázi kryptonitu, jež lidem umožňuje, aby se dostali do bezvědomí, ale viděli své mrtvé blízké. Lana se pomocí séra pokouší vidět své mrtvé rodiče, a když se Clark vrátí z Hondurasu, aby jí pomohl, doktor mu sérum vstříkne a Clark mluví se svým mrtvým otcem... který ho varuje, že Lionel zná jeho tajemství. Lionel mezitím pokračuje ve snaze přiblížit se Martě a Lex má téměř smrtelnou vizi své matky.

Clark se spřátelí s malou dívkou, která má schopnost telekineticky rozbíjet sklo, a pak jí přijde na pomoc, když se zjistí, že při brutálním útoku nožem zabila svou matku. Mezitím se Lex a Lana sblíží a Chloe se o tom dozví.

Lionel je zajat jako rukojmí maskovaným mužem, který ho nutí hrát složité hry o to, aby zůstal naživu. Martha se vydává konfrontovat Lionela poté, co jí Clark prozradí, že Lionel zná jeho tajemství, a sama se stává součástí hry a bojuje o život.

Clark zachrání muže, který se na oplátku rozhodne pomoci Clarkovi... pomocí své schopnosti stát se neviditelným a schopností nájemného vraha zabije Lexe, aby se Clark mohl znovu setkat s Lanou. A Clark a Lana se konečně vyrovnávají s Laniným novým vztahem.

Clarka a Marthu navštíví Jonathanův duch, který je varuje před Lionelem a tvrdí, že ho Clark musí zabít, aby ho zastavil. Fine mezitím udělá cokoli, aby od Lexe získal vakcínu.

Profesor Fine vypustil virus, který zabije miliony lidí. Clark mu v tom musí zabránit, zatímco Lex přemýšlí, co se stane, až Laně prozradí své nejnovější tajemství.