Bezmocný Clark je uvězněn v "přízračné zóně", obklopen zločinci, které tam uvěznil jeho otec. Na pomoc mu však přichází nečekaný spojenec. Mezitím Zod v Lexově těle rozvíjí svůj plán přeměnit Zemi v nový Krypton a zároveň využít Lanu k výrobě dědice.

Po Zodově činnosti Clark získá novou sílu. Lois získá novou práci, Lana udělá nový krok ve vztahu s Lexem a Lex se musí vypořádat s novým nebezpečím. Mezitím do Metropolis přijíždí Lexův starý přítel.

Tajemný Green Arrow ukradne Martě náhrdelník a Lois i Clark se rozhodnou zjistit, kdo je tento mstitel. Zatímco Clark zjišťuje pravou identitu Green Arrowa, Lex pokračuje ve vyšetřování záhadné černé skříňky, zatímco Lionel před ním varuje Lanu.

Lex a Oliver Queen se vracejí do své staré školy, aby se znovu setkali, ale Oliverovi staří přátelé (a Lexovi staří nepřátelé) začínají umírat při záhadných nehodách. Mezitím se Clark dozvídá, že někdo... nebo něco s ním možná opustilo Zónu přízraků.

Po útěku ze Zóny přízraků přichází Raya do Smallville navštívit Clarka. Raya a Clark se sblíží a Raya mu prozradí, jak opravit Pevnost samoty. Bohužel Baern, další uprchlík, se chce Clarkovi a Raye pomstít za svůj pobyt v Zóně.

Poté, co byl Green Arrow postřelen při přepadení auta, se začne chovat podivně. Chloe a Clark vyšetřují a zjišťují, že Oliver užívá superdrogu, která sice léčí jeho zranění, ale má nebezpečné vedlejší účinky.

Jeden z uprchlíků ze Zóny přízraků zabil posádku lodi v Seattlu. Clark se postaví vrahovi, který se živí kostmi své oběti. Ve Smallville pacient v laboratořích LuthorCorpu unikne experimentům a chce se Lexovi pomstít tím, že ho uvězní v dimenzi, kde vidí a slyší své okolí, ale oni nevidí jeho.

Za Clarkem přichází o pomoc ilegální přistěhovalec, který utíká z nedaleké farmy, kde pracuje... farmy, která skrývá temné tajemství.

Novinářka Daily Planet využije své zvláštní schopnosti a vyslechne rozhovor mezi Lanou a Chloe, který zveřejní... Lana se přizná, že má pochybnosti o svatbě s Lexem. Zatímco Chloe novinářku vyšetřuje, Lois požádá Clarka, aby jí pomohl vyšetřit záhadného banditu Green Arrowa, když má podezření, že by to mohl být Oliver Queen v přestrojení.

Když se Lexův projekt na úrovni 33.1 uskuteční, musí Oliver Queen dát dohromady několik Clarkových "hrdinských" spojenců se superschopnostmi: Arthura Curryho, Barta Allena a Victora Stonea.

Clark je v jednu chvíli ve své stodole... a vzápětí se ocitne v psychiatrické léčebně, kde zjistí, že trpí bludy, že pochází z jiné planety a má superschopnosti.

Clark je opět vystaven červenému kryptonitu a jeho "druhé já" začne na Valentýna řádit, líbat ženy, které ho nejvíce přitahují, a vyjadřovat své nespoutané city k různým vztahům ve svém okolí.

Lana má pronásledovatele, který ji zavede do nečekaného úkrytu. Také Chloe musí přehodnotit své city ke Clarkovi poté, co se rozešla s Jimmym, kvůli Jimmyho přesvědčení, že s Clarkem ve skutečnosti neskončila.

Chlapec jménem Tobiáš byl oslepen meteorickým deštěm, ale získal schopnost identifikovat jiné meteorické zrůdy. Lex využívá Tobiase k vyhledávání dalších lidí se schopnostmi, aby na nich mohl provádět experimenty. Lana se o Tobiasovi dozví a bojí se, že označí Clarka za zrůdu, a tak mu nabídne transplantaci rohovky, aby ho umlčela. Tobiáš má však překvapivé zprávy.

Clark si rozmyslí, zda si Lana vezme Lexe, a Lana má stejné obavy. Mezitím doktor, který je zapleten do tajemství Lanina těhotenství, vyhrožuje Lexovi, že se o něm dozví.

Clark a Chloe najdou uprchlého Zonera jménem Titan, který je hvězdou tajného bojového klubu, jenž své smrtící bitvy umisťuje na internet. Lois pozná, že jde o příběh, a vydá se ho prozkoumat, přičemž je postavena do ringu, aby bojovala. Clark jde do ringu jako bojovník se superschopnostmi, aby se utkal s Titánem, ale místo toho skončí proti jinému soupeři.

Lex zjistí, že Chloeina matka má zvláštní schopnosti, a přinutí ji, aby mu pomohla výměnou za Chloein život. Ta má však vlastní trik, který může použít k útěku.

Lex a Clark mají příležitost vyjasnit si své neshody... když jsou oba po výbuchu uvězněni v jeskyni a Clark je nemůže dostat ven, aniž by odhalil své schopnosti.

Lana a Lionel mají tajnou schůzku, po níž je Lana zastřelena. Zatímco Jimmy sleduje fotografie ze setkání, je omráčen. V bezvědomí se Jimmymu zdá o tom, jak by vypadal život ve Smallville ve čtyřicátých letech. Clark je reportér v Daily Planet, Lana je siréna, která naplánovala smrt svého manžela magnáta Lexe, a Lois je zpěvačka v baru, který vlastní Lionel.

Lex se snaží z vojáka, který údajně zemřel v Afghánistánu, udělat "supervojáka". Senátor vyhrožuje, že o Lexových laboratořích řekne světu, což ho přiměje poslat "vojáka", aby senátora zabil. Lois útok vidí a stane se vojákovou další obětí.

Clark zjistí, proč se Lana provdala za Lexe, a vydá se Lionela zabít. Lex se snaží využít DNA posledního přízraku k pohonu svých supervojáků. Lois se vydává na přehradu hledat Lexovu laboratoř, ale je chycena ochrankou a smrtelně zraněna. Je objevena Chloeina schopnost.