Gibbs en het NCIS-team moeten antwoorden zien te vinden met betrekking tot Tony's maandenlange opdracht als een NCIS-agent dood gevonden wordt.

Het NCIS-team onderzoekt de dood van een jonge marinier die op zijn welkom-thuis-feestje arriveert met een steekwond.

Wanneer een huurmoordenaar een luitenant van de marine vermoordt, moet het NCIS-team hier het motief achter zoeken. Abby komt achter waardevolle informatie in de zaak als ze een aantal nierdonaties doorspit.

Tijdens het onderzoek naar de moord op een kustwachtofficier aan boord van een verlaten vrachtschip, ontdekt het NCIS-team een gevluchte Libanese familie die toevlucht zoekt tot de Verenigde Staten. Ondertussen proberen Tony en McGee de perfecte vrouw te vinden voor Gibbs.

Een NCIS onderzoek verandert van overlijden door een ongeval tot moord wanneer uit het bewijs blijkt dat een marine luitenant overleden is aan gedwongen overhydratatie. Ondertussen ontmoet Gibbs de nieuwe liefde van Ducky.

Het NCIS-team zoekt naar antwoorden wanneer de huidige echtgenoot van de ex-vrouw van zowel Gibbs als Fornell wordt ontvoerd onder verdachte omstandigheden.

Het NCIS team ontdekt een verschil van DNA overblijfselen bij het onderzoek naar het neerstorten van een militair vliegtuig dat doodskisten transporteerde.

Het NCIS-team vervolgt zijn zoektocht naar een vermiste Marinier, Gibbs en Ziva reizen naar haar laatste bekende verblijfplaats in Afghanistan. Tony onthult zijn diepste angsten en Gibbs is gedwongen opnieuw gebeurtenissen uit zijn verleden te herleven.

Nadat Anthony DiNozzo, Sr. is gevonden in een auto met een lijk in de kofferbak en geen herinnering aan de vorige nacht, moet het NCIS-team erachter zien te komen of hij in staat is om te moorden. Ondertussen wordt Tony buitenspel gezet in het onderzoek en moet tegen de orders in gaan om te proberen te bewijzen dat zijn vader onschuldig is.

Wanneer een marine kapitein is vermoord in een hotelkamer, moet het NCIS-team zijn zeer zwangere vrouw zien op te sporen en beschermen tegen onbekende aanvallers. Jimmy heeft zijn eigen problemen als hij zijn toekomstige schoonvader meeneemt naar zijn werk.

Het onderzoek naar de moord op een marine-commandant leidt het NCIS- team naar EJ Barrett's verblijfplaats.

Wanneer een marine Luitenant Commandant dood is aangetroffen in een gebouw in aanbouw, moet NCIS op zoek naar een moordenaar, terwijl het onderzoek steeds wordt onderbroken door haar radeloze detective echtgenoot. Ondertussen heeft Ray's terugkomst Ziva aan het denken gezet over haar toekomst.

Tijdens een routine-stop voor zijn ochtend koffie, komt Gibbs oog in oog te staan met de loop van een geweer en dwingt iemand hem om keuzes die hij heeft gemaakt in het verleden en heden te overzien.

Wanneer een marine-kapitein dood wordt aangetroffen met een ongebruikelijk kostuum verborgen onder zijn uniform, ontdekt NCIS een geheim genootschap van levensechte superhelden en moet het de schurk opsporen.

Gibbs botst met Dr. Samantha Ryan over de waarheid achter de mogelijke zelfmoord van een marine-reservist.

De topgeheim machtiging van een Marineonderzoekslaboratorium komt in het gedrang wanneer de moord op een sergeant-majoor een connectie heeft met een internationale wapenhandelaar. Ondertussen probeert proef Agent Ned Dorneget Gibbs te imponeren in de hoop op toetreding tot het team.

De secretaris van de Marine vraagt Gibbs en Dr. Samantha Ryan om samen te werken nadat er uiterst geheime informatie wordt gelekt door iemand binnen de Marine.

Een zaak komt dichtbij als de hoofdverdachte van de moord op een onderofficier de zwager van directeur Vance is.

Na de moord op een marinier bundelen Tony en Ziva hun krachten met een oude vriend en mentor van Ziva in Colombia, in de zoektocht naar een vermiste marine-luitenant en marine kapelaan. Ondertussen beslist Jimmy Palmer wie zijn getuige zal zijn.

Nadat een magazijnbrand ontbrekende marine documenten openbaart, die een mogelijke bedreiging zijn voor de nationale veiligheid, voegt het NCIS-team zich bij het Baltimore PD onderzoek. Dit hereniging Tony met een jongen uit zijn verleden.

Het NCIS onderzoek van een brand op een marineschip onthult het bewijs dat het veiligheidsniveau doet verhogen op alle Amerikaanse marineonderdelen over de hele wereld. Ondertussen reizen DiNozzo en Ziva naar Italië als er een explosief wordt gevonden verstopt op een marineschip.

Het NCIS-team analyseert welke geheimen in de handen gevallen zou kunnen zijn van een terrorist die zich richt op de marine, als een high-tech bug wordt gevonden in de tand van een proeftijd agent. Ondertussen gaan de festiviteiten voor de aanstaande bruiloft van Jimmy Palmer verder met het vrijgezellenfeest.

Terrorisme tast de fundamenten van de marine en NCIS dusdanig aan, dat Gibbs en zijn team verrassingen zullen zien die ze zal choqueren.