Naruto, Sakura e Sasuke sono membri del Team 7 dell'Accademia dei Ninja. Naruto farà di tutto per attirare l'attenzione di Sakura la quale, invece, preferisce Sasuke.

Kakashi esce dalla Prigione Acquatica di Zabuza grazie alla strategia combinata di Naruto e Sasuke, e la battaglia continua. Kakashi grazie allo Sharingan inizia a copiare tutti i movimenti di Zabuza prevedendo addirittura una tecnica che non aveva ancora usato, mettendolo alle strette e nella più totale agitazione. A questo punto compare un misterioso ragazzino che uccide Zabuza.

Kakashi intensifica il suo combattimento contro Zabuza, quest'ultimo adesso conosce perfettamente le abilità di ipnosi e preveggenza dello Sharingan, e grazie al Velo di Nebbia e alla Tecnica dell'omicidio silenzioso, riese a mettere Kakashi con le spalle al muro. Intanto grazie alla moltiplicazione superiore di Naruto, Sasuke riesce ad individuare piano piano i movimenti di Haku negli specchi diabolici.

Tutti i Genin di Konoha sono impegnati nel test d'introduzione per determinare chi possa effettivamente continuare l'esame.

Gli allievi che hanno superato il primo test degli esami di selezione dei Chūnin si apprestano ad affrontare il secondo.

Il Team 7 e Kabuto combattono contro i ninja della Pioggia dopo essere riusciti a smascherare le loro tecniche illusorie.

Le sfide preliminari continuano con lo scontro tra Temari e Tenten e con la sfida tra Shikamaru Nara e Kin Tsuchi.

Finalmente Naruto è riuscito a evocare il sovrano dei rospi, Gamabunta che però non riesce a credere di essere stato chiamato da un marmocchio. Naruto vuole farsi chiamare maestro dal rospo, che ovviamente rifiuta.

Il Villaggio della Sabbia sferra l’attacco contro la Foglia, che viene colta di sorpresa. L’Hokage viene catturato dal Kazekage, che è Orochimaru sotto mentite spoglie. Gai e Kakashi cercano di eliminare qualche nemico, ma avranno bisogno dell’aiuto di Naruto e Shikamaru.

Gaara sfida apertamente Naruto, che cerca di fargli capire il valore dell’amicizia sfidandolo a non sfiorare più i suoi compagni di squadra.

Sepolte le vittime di guerra, tra cui anche il terzo Hokage, tutti cercano di tornare alla vita normale. Konohamaru dà una mano insieme ai compagni a ricostruire le aule dell’accademia, Naruto torna ad allenasi.

Mentre Naruto e Jiraiya continuano a cercare Tsunade, l’addestramento continua. Ora si tratta di imparare la terza fase, quella in cui la rotazione e la potenza vanno mescolate in modo omogeneo e trattenute.

È il momento dello scontro diretto tra Jiraiya e Orochimaru, mentre Kabuto dovrà occuparsi degli altri. I due ninja leggendari ricorrono alla tecnica del richiamo. Orochimaru riesce a evocare i suoi serpenti, ma Jiraiya è ancora spossato e riesce a evocare solo i figli di Gamabunta.

Aoi ha avvelenato tutti gli avversari con i suoi aghi micidiali. Fortunatamente, Tsunade aveva dato a Sakura un rimedio medico per riprendersi da eventuali attacchi. È così che Sasuke, Naruto e Idate riescono a recuperare le forze. Ma il giovane Idate si sente sconfitto.

Il gruppo di Shikamaru viene subito smascherato dal Quartetto che reagisce all’istante nell’agguato. Jirobo, grazie alle sue capacità, riesce a rinchiuderli in una gabbia di terra mentre i compagni scappano con la botte in cui è stato messo Sasuke.

Orochimaru ha urgentemente bisogno di un nuovo corpo, il suo sta letteralmente cadendo a pezzi. Purtroppo per lui, Sasuke non è arrivato per tempo e Kimimaro non è in grado di regalargli il corpo che gli aveva promesso.

Rock Lee è in stato di confusione totale e Kimimaro intende approfittarne. Ma Rock Lee si riprende e scarica addosso all’avversario il Loto Frontale.

Gaara decide di occuparsi personalmente di Kimimaro, rendendosi conto della debolezza di Rock Lee, che vorrebbe tanto fare qualcosa, ma non ne ha la possibilità. Durante lo scontro, si capisce che Gaara è diventato ancora più forte di un tempo e Rock Lee rimane senza parole.

Kakashi learns the truth about the chase after Sasuke, and orders his dogs, including Pakkun, to go find Naruto and Sasuke. However, things are looking grim as the clash between the Chidori and the Rasengan ensues. The attacks are even, causing Naruto and Sasuke to both fly back. Naruto finally realizes how serious Sasuke is, and gets the snot beat out of him while he remembers how he always wanted to be friends with Sasuke.

Naruto, Sakura and Jiraiya end up in a town that is even worse than the one they were chased out of. Jiraiya heads off and leaves Naruto and Sakura to get some food. Along the way they find the ninja that attacked them before, but things are not as clearcut as they might seem.

Shizune and her team encounter Mizuki, but it doesn't go as planned! When Ton-ton comes back to warn Tsunade, Naruto takes the initiative to find Shizune with Ton-ton's help. Kakashi arrives and lends Pakkun's assistance to Iruka before departing on a mission of his own. Will it all be enough to save the day?

Mizuki is determined to make Naruto and Iruka suffer and it appears that he has the upper edge with his improved strength and speed! Shikamaru, Ino and Chouji are also at their limits and now Fuujin and Raijin are free. Can Tsunade arrive in time to help?

Naruto, Tenten, Neji and Lee continue their mission to stop Raiga and save the Rourusuke Family. They try to work out a plan but the thick fog makes it difficult for them to see. Even Neji's Byakugan doesn't seem to help. Lee fights Raiga and manages to knock a bag off his back. What is this bag and what is inside it that seems so important? Meanwhile Naruto steps up to battle Raiga. Will he be able to defeat him?

Il cacciatore di taglie rivela ai ninja della Foglia di essere stato accusato ingiustamente di una strage, in realtà compiuta da Gosunkugi (il ladro che Sazanami e il gruppo di Naruto stanno cercando). I quattro localizzano il ladro in una città vicina, intento a rubare una campana d'oro. Sazanami riesce a catturare Gosunkugi, ma a sua volta viene fermato da un altro cacciatore di taglie. In seguito, grazie alla confessione di Gosunkugi, Sazanami viene scagionato. Dunque la missione è fallita e i tre fanno ritorno al villaggio.

Il quinto Hokage assegna una missione a Naruto, Ino e Shino, accompagnati da Anko Mitarashi. La missione consiste nel smascherare un demone che terrorizza e saccheggia le navi dirette all'Isola Madre che si trova nel Paese del Mare. Una volta arrivati al porto, si scopre che Anko è già stata in questo posto con Orochimaru. Mentre i ninja della Foglia si dirigono verso l'isola, vengono attaccati e Naruto, in extremis, viene tratto in salvo da una misteriosa ragazza.

Il gruppo avverte Akaoshi che ordina ai ninja della Foglia di interrompere le ricerche, ma Neji pensa che ci sia un segreto dietro tutto ciò. Naruto va a trovare i feriti e scopre che i genitori di Sumaru sono stati uccisi da un ninja forestiero. Sumaru però è partito con gli altri ragazzi per fermare il ladro ma vengono sconfitti e proprio lui viene rapito. Da qui Naruto e Neji capiscono che il ladro è proprio l'assassino dei genitori del ragazzo.

Viene deciso di dividere in due il gruppo in modo da rafforzare il gruppo più lento che cadrebbe certo vittima dell'attacco nemico. Naruto va a vedere cos'è successo dov'erano i Janin e trova Kikunoju morto. Fa in tempo a tornare da Choji mentre il gruppo subisce un attacco ma il nemico se ne va per un semplice motivo: ciò che cercano non si trova lì. Raggiunto l'altro gruppo vengono a conoscenza che tra i mercanti c'è la principessa del Paese del Verde, Haruna, che sta lasciando il paese sotto protezione per non morire. Tornato il ninja che ha ucciso Kikunoju inizia il combattimento e immobilizza Naruto in una prigione d'acqua.

Naruto, Hinata, and Kiba are sent to the Land of Honey to search for the Daimyō's wife. There, they find an eerie castle, and journey inside to search for clues.

Ran wants to kill Menma, upon seeing the mark on his arm, but Neji stands in the way, saying it would be unfair to kill a criminal without any memories of his crimes. Ran finally agrees and performs surgery on Menma, saving his life, but the villagers aren’t as happy. Are they prepared for when foreign shinobi group comes for a second attack?