被鳴人戲稱為「好色仙人」的自來也雖然是一個喜愛偷窺、不折不扣的色鬼，但鳴人還是從自來也身上學到不少東西，陪他相處一天而發展為師徒般的情誼，自來也同時幫鳴人解開大蛇丸設下的五行封印。而晚間，惠比斯自願將修煉鳴人的工作讓給自來也，並認為曾和大蛇丸並肩為「木葉三忍」的自來也有能力教導鳴人並阻止大蛇丸。

當鳴人繼續陪自來也修練時，在他提供的卷軸上簽下契約得以使用召喚蝦蟆的「通靈之術」，但查克拉控制不精的鳴人當時僅僅只會召喚出蝌蚪。另一邊，大蛇丸的邪惡計劃也在手下們的推動下，正在不間斷的進行中，而偶然探聽得知兜是音忍間諜的疾風不幸成為犧牲者，其死前偷聽到砂忍與音忍聯手準備摧毀木葉。

小櫻帶花想去探望住院佐助卻遇到受重傷的小李，看著他強忍疼痛繼續修練，不理解男生為什麼總是愛逞強，而佐助則是從病房中直接消失的無影無蹤。另一方面，鳴人則是繼續跟著自來也修練，艱辛地修煉通靈之術，只不過仍然沒有什麼進展。另一邊，卡卡西試用預選時用寫輪眼複製到的小李之體術，同時親自指導溜出醫院的佐助。

為了幫助鳴人能隨心所欲的控制體內的兩股查克拉，自來也打算用比較激烈的手段來達成目的，因此刻意將鳴人推下深不見底的峽谷，強迫鳴人開啟寄宿在體內的九尾的查克拉，面對死亡的恐懼，鳴人首次會面體內的九尾、收穫期查克拉來發動通靈之術，此舉奏效使鳴人終於召喚出一隻巨大蝦蟆…

在自來也的激勵之下，鳴人喚醒內在的九尾查克拉，卻也因此將桀驁不馴的蝦蟆老大召喚出來。這頭連自來也都沒辦法完全馴服的蝦蟆老大讓鳴人吃盡苦頭，但鳴人還是堅持到黃昏都不離開，最後成為繼第四代火影之後首位獲得蝦蟆老大賞識的人。當鳴人精疲力竭昏倒時，被即將解除通靈術的蝦蟆老大放在醫院門口。

鳴人在醫院一覺睡三天，被探病的鹿丸叫醒後得知隔天就是考試決賽。與此同時，我愛羅經不起怒火，打算對睡在病房內的小李下毒手，但動手之際被鳴人阻止。我愛羅默默講述自己兒時起便有一頭「野獸」封印在體內，導致自己受盡折磨、面對父親的輪番「刺探」。即使鳴人能稍許理解我愛羅的經歷，但還是拒絕讓步。隨著阿凱介入制止場面，才讓我愛羅罷手離去。

正式的選拔即將開始，由於一開始就面對強敵寧次，鳴人造成不小的壓力。而隔天前往試場的路上，鳴人不但遇到康復中的雛田，以及突如其來的麻煩事，但還是受木葉丸指引的近路而及時趕到會場。

正式選拔隨即展開一對一的淘汰賽，各國大名加上現任風影集體前來觀賽，而第三代火影·猿飛蒜山也安排好預防萬一的保全措施。而除了佐助以外的八名選手集體到場，並由上忍玄馬擔任主考官。首場比賽便是鳴人與寧次的對戰，而不被觀眾所看好的鳴人，最一開始便使出多重影分身對戰。

鳴人使出混身解數應戰，但卻被擁有白眼的寧次碾壓，而寧次更是用日向一族絕對防禦「回天」擋住攻擊，甚至包括自己練成的「柔拳法·八卦六十四掌」封住鳴人全身的查克拉穴道。隨著鳴人陷入無法凝聚查克拉的絕境，卻仍不肯輕易投降，對此吃驚的寧次取下護額展示自己兒時起被刻下的「籠中鳥」咒印，講述自己生於日向分家以來所經受的不公，以及父親日差更是被迫代替本家受罰而犧牲的命運。

鳴人雖然同情寧次的不公待遇，但聲言這不能成為他傷害雛田的理由，同時下決心贏下這場戰鬥，發誓自己成為火影後會改變日向家。鳴人回想起跟隨自來也修練時的過程，成功在查克拉穴道封死的情況下引導出九尾力量，甚至靠出其不意的偷襲戰術，在所有觀眾的矚目下戰勝天才寧次。本以為自己受「命運」束縛的寧次，目睹鳴人受全場觀眾歡呼的同時，首次意識到命運能被改變。

落敗的寧次被雛田的父親日足揭示真相，自己的父親當年其實是為了保護家族而自願犧牲的真相，使寧次解開多年的心結。隨著鳴人破天荒的勝出，下一場是由佐助對我愛羅的比賽，但會場卻遲遲沒看到佐助的身影。蒜山剛打算宣佈佐助失去資格，卻在風影的極力爭取下，改為將佐助和我愛羅的比賽延後。隨著第三場比賽的勘九郎基於「私人目的」而故意棄權，此舉也使毫無乾勁的鹿丸提早面對比賽。

為了爭取更多時間，手鞠出賽對抗鹿丸。起初鹿丸只會用影子的表現並不出色，然而後來卻憑藉出色的頭腦與戰術漸入佳境，甚至還造成原本感到無趣的觀眾，逐漸開始全神貫注地盯著戰況。而令人料想不到的是，鹿丸在眼看著就要嬴得比賽的同時，卻因為無計可施而自願棄權、放棄這場比賽。即使鹿丸自己認為無所謂，卻不知道火影對他的表現給予最高評價。

讓在場大名與所有觀眾期待已久的壓軸好戲－佐助對我愛羅即將開始，但佐助卻遲遲未現身。就在佐助即將隨著時限到頭而失去資格時，終於伴隨著卡卡西出現在會場中央而及時趕上，並承諾會贏下這場與鳴人一戰。但此時，我愛羅也顯露出非比尋常的可怕表情，上場前還殘忍殺死兩名企圖逼他打假賽的大名隨扈。目睹這一切的鳴人和鹿丸，害怕得幾乎說不出話來。

備受矚目的佐助和我愛羅的壓軸戰開打，佐助一開始就以飛快的體術技驚全場，而持拐杖到場觀賽的小李一下看出，佐助學會自己在預選中對抗我愛羅的體術；其由卡卡西用寫輪眼複製下來並傳授給佐助。雖然佐助率先佔據上風，但是面對異於常人的我愛羅，佐助很快感受到一股莫名的壓迫感。另一邊，大蛇丸的計劃也在背後悄悄地進行中。

比賽進入最高潮時，我愛羅突然違背「作戰計劃」，用砂之盾將自己周圍形成一個球體後。為了攻破其防禦，佐助使出卡卡西傳授的獨創雷遁招式「千鳥」，也因此讓重未受過傷的我愛羅落下肩膀傷。就在此時，躲在會場中冒充暗部的兜，服從大蛇丸命令而向全場觀眾使出催眠幻術。而正上方觀賽的風影也突然向身旁的第三代火影出手，開始「毀滅木葉行動」的信號。

音忍與砂忍聯手進攻木葉，通靈出三條大蛇突破圍墻入侵村子。但作為計劃中重要一環的我愛羅受傷，勘九郎和手鞠奉命將他帶離村子靜待恢復，玄馬宣佈考試中斷後，指派佐助前去追擊。而在場的風影實為大蛇丸假扮，準備藉此襲擊殺死曾為自己老師的第三代火影·猿飛蒜山以改變現狀。而在會場保護觀眾席的卡卡西，命令陸續解開幻術的小櫻、鳴人和鹿丸前去支援佐助。

在卡卡西的簡單交待下，鳴人、小櫻和鹿丸立刻前往執行首次的A級任務，三人即將面臨的是前所未有的生死挑戰。而會場上方，蒜山與大蛇丸的戰鬥一觸即發，周邊由大蛇丸的護衛隊「音忍四人眾」佈下難以攻入的結界。而大蛇丸甚至使用禁忌通靈之術「穢土轉生」，從黃泉召喚回已故的初代和第二代火影並加以操縱，使局勢形成三對一的死鬥。

鳴人三人接下卡卡西交辦的A級任務後，與靠氣味追蹤的通靈犬帕克追蹤佐助。然而察覺到此事的兜同樣派出九名音忍尾隨其後，為了確保任務能順利進行，一般都會選擇逃避的鹿丸卻率先提出獨自留下來拖延時間，以所剩無幾的查克拉與九名音忍戰鬥，而就在他力盡而即將送命時，所幸他的老師阿斯瑪及時趕到，打敗九名音忍而救下鹿丸。

大蛇丸用特殊符咒洗腦控制住穢土轉生的初代與第二代火影，而第三代展現出寶刀未老的氣勢，讓無法進入結界干涉的暗部們觀摩一場火影級的戰鬥。然而隨著初代使用獨有的木遁忍術，使年事已高的第三代開始難以維持體力，不得不通靈出能變身成「金箍棒」的猿猴王·猿魔，姑且重新佔據上風。然而大蛇丸很快露出令第三代震悚的「真態」，臉龐之下竟藏著一張女人的素顏。

藉由大蛇丸假面下的素顏，第三代發覺他已完成以更換身體為基準的「永生之術」，面對眼前走入邪道、無法自拔的前弟子，不禁回想起過去的自己因一時心軟、選擇放大蛇丸一條生路的過錯。悔不當初的第三代意識到若繼續放任大蛇丸只會貽害無窮，至此下定決心要從大蛇丸手中保護木葉忍者村的一切。以所剩無幾的體力和查克拉，第三代不惜性命使用禁忌封印術「屍鬼封盡」。

第三代施展第四代火影當年封印九尾所使用的「屍鬼封盡」，相繼成功封印住初代和第二代的靈魂，同時發現大蛇丸用部下薩克和金當作穢土轉生術的活祭品，一怒之下靠「屍鬼封盡」擒住大蛇丸的靈魂。由於意識到自己的靈魂將會被抽走，大感不妙的大蛇丸慌亂之下做出最後拼搏，以草薙劍同樣刺穿第三代的胸膛。與此同時，佐助即將追上逃跑中的我愛羅三人…

隨著手鞠試圖阻止佐助而落敗，志乃隨後趕上來負責對付勘九郎，雖然志乃靠智取完勝，卻也跟勘九郎拼個兩敗俱傷。佐助追上我愛羅後本認為不足為據，然而緊接著目睹我愛羅變身成駭人的怪物，開始失去理智般地對佐助發起一系列恐怖攻擊。帶傷追上來的手鞠看到我愛羅怪物化的樣子，身體開始止不住地顫抖。

變身後的我愛羅不但獲得再生能力，力量甚至飆升到佐助難以應對的級別。即使佐助施展千鳥確實地給我愛羅痛擊，卻也無法造成太大傷害。而連續使用兩次千鳥使佐助身體無法負荷，即使想起卡卡西交代他不能用第三次的忠告，但佐助還是決定越俎代庖發動最後一擊，以脖子上的咒印再次擴散出來的代價擊傷我愛羅的手臂。就在佐助即將死於我愛羅手中時，鳴人、小櫻和帕克及時趕來支援。

我愛羅當場將捨身保護佐助的小櫻一掌釘在樹上，留下不知所措的鳴人與無法行動的佐助。因目睹兩次「捨己為人」的情景，使我愛羅不斷地回想起過去，其中包含讓他痛不欲生的夜叉丸。兒時的我愛羅被砂忍者村所有人視為怪物而敬而遠之，家人之中唯獨只有身為舅舅的夜叉丸陪在身邊，直到一晚夜叉丸不知什麼原因，突然試圖行刺我愛羅而遭到反殺…

兒時的我愛羅無法置信，自己最相信的夜叉丸竟同樣對自己「懷恨在心」，而下達行刺命令的人正是我愛羅身為風影的父親。殘酷的現實讓我愛羅陷入比以往更深的仇恨深淵中，從此便以殺戮作為自己的存在價值。回到現在，鳴人從我愛羅的經歷中看到過去自己的影子，將佐助安頓好後答應會救回小櫻，開始飛蛾撲火般的對付我愛羅，給予最大希望的通靈之術卻只召喚出體積小的「蝦蟆吉」，導致戰鬥逆轉直下。

鳴人臨危不懼地展現自己「意外性第一」的技巧，靠出其不意的戰術給予我愛羅沉重一擊。不敢再大意的我愛羅覺醒體內的「砂之守鶴」的全貌，危機之中的鳴人正確通靈出蝦蟆文太，且因為保護過其兒子蝦蟆吉而得到文太援助。文太表示必須將身為守鶴媒介的我愛羅打醒，而為了接觸到守鶴頭頂，鳴人靈機一動而將文太的模樣變化的自己最熟悉的「九尾妖狐」。

即使深陷重圍，鳴人仍奮力一頭槌將我愛羅打醒而制止守鶴作亂，文太解除通靈前也認可鳴人的實力。另一邊，第三代深知年老體虛的自己即將撐不下去，但仍拼死將大蛇丸的雙手靈魂用「屍鬼封盡」封印，以此確保大蛇丸不會再用忍術作惡多端。看著大蛇丸痛不欲生，第三代表示他們師徒倆終有一日會重聚後，面帶微笑地倒下去結束生命。

倒地不起的我愛羅被鳴人的舉動感化，並回想起夜叉丸的忠言而體會到「愛」的真正意義，陷入自省下被勘九郎和手鞠扶持走。而「毀滅木葉計劃」最終以第三代火影戰死、大蛇丸敗逃而告終，木葉村為第三代與其他犧牲者們辦完慰靈祭，所有人強忍住悲傷、振作起精神，各自為重建木葉忍者村而努力，將第三代遺留的「火之意志」傳承下去。不久，木葉村外現身兩名頭戴斗笠、身穿黑色紅雲斗篷的神秘人士…

木葉村開始慢慢恢復期間，砂忍者村尋獲遭到刺殺的風影遺體，證實是大蛇丸暗中作梗而全面投降。與此同時，離鄉多年的佐助哥哥宇智波鼬與同是S級叛忍的干柿鬼鮫，兩人身穿黑色紅雲斗篷，藉著濃濃的晨霧進入村內，似乎是在尋找什麼。紅和阿斯瑪負責阻攔這兩名入侵村子的叛忍，然而鼬與鬼鮫的實力遠超他們的想像，難以應對之下依靠卡卡西出手相救。

在寫輪眼對寫輪眼的衝突之中，擁有正統血繼限界的鼬佔據上風。而卡卡西不慎掉進鼬的強大幻術「月讀」而承受千刀萬剮的折磨，但倒下前證實他們的目標其實是鳴人，所幸阿凱及時出手救援而迫使鼬和鬼鮫撤退。自來也受兩名木葉元老催促繼承第五代火影之位，但自來也認為與他並肩「木葉三忍」的綱手繼任更為適合。自來也自願前去將離村多年的綱手找回，同時拎著鳴人一起出發當作修行。

在鳴人和自來也修行及尋找綱手途中，尋找下手時機的鼬深知自來也強大的程度，便利用自來也的弱點、使出美人計引開他，好讓鳴人落單而下手捉捕。隨著卡卡西陷入重度昏迷，佐助從上忍口中得知鼬回村且瞄準鳴人的事實，便火速趕往鳴人與自來也落腳的地點，以免鳴人慘遭鼬的毒手。但在他抵達前，鼬搶先一步找到鳴人所在處而找上門…

佐助四處尋找過程中，慢慢回憶起自己童年時最慘痛的夜晚。多年前不慎晚回家的自己，目睹全族人在宇智波據地被殘殺的慘況，而自己的父母也在家中遭到屠殺，而下手的人竟是自己最敬愛的哥哥鼬。從那天起，佐助發誓要為失去的家人與族人報仇雪恨，趕到鳴人所在地後展露殺氣準備手刃仇人。然而被佐助給予全部希望的千鳥，卻被鼬不費吹灰之力破解。

即使佐助拼勁全力，卻仍達不到鼬實力的萬分之一，甚至被鼬諷刺「心中的憎恨遠遠不夠」。眼看著佐助快被折磨得不成人形，鳴人最終忍不住衝向前方時，及時趕回來的自來也使出至今尚無人能破解的「蝦蟆嘴束縛術」一舉困住鼬和鬼鮫，直到鼬使用特殊瞳術「天照」燒穿岩壁後陪鬼鮫脫逃。阿凱後來趕到解釋經過，表示月讀的中術者在短時間內難以恢復清醒，而自來也表示他們即將去找的綱手有能力治療。

自來也開始指導鳴人修練，看以簡單的第一階段修練門檻，即是用查克拉弄破水球，卻讓鳴人花費大量時間都不知如何是好。直到看見小貓撥弄水球玩耍時才靈機一動，找到查克拉「旋轉」訣竅而成功突破第一階段。然而第二階段則是更上一級的挑戰，以查克拉的「威力」弄破橡皮球。

鳴人專注於釋放威力而成功打破橡皮球期間，剛從木葉敗逃的大蛇丸忍著痛苦尋找讓雙手恢復的方法，最終同樣把目光鎖定在曾經的同伴、精通醫療忍術的綱手身上。另一邊，綱手陪同隨從靜音一路輸遍街邊所有賭場，蒞臨著名賭博景點「短冊街」，這次剛一上手就突然破天荒中頭獎。綱手認為這是不詳的預兆時，很快就遭到大蛇丸前來會面。

大蛇丸找到綱手並透漏自己殺死第三代時落下傷勢，巧妙利用綱手的「恐血症」之弱點，加上一條既殘酷又誘人的交換條件，要求綱手替他治療雙手。綱手被大蛇丸所提出的難以拒絕之條件而產生動搖，一心只想再見到自己深愛的兩個已故之人，同時被大蛇丸勒令必須在一星期內做決定。

來到短冊街的自來也和鳴人巧遇在酒館買醉的綱手，然而綱手再三表明沒有擔任火影的意願，不僅言語詆毀已故的先代火影們，甚至揚言「只有傻瓜才會當火影」。聽不下去的鳴人怒火沖天，要求跟綱手公開比試以教訓她。然而鳴人面對綱手仍是以卵擊石，但還是堅定地表示「火影就是自己的夢想」而讓綱手再度動搖。瞄準綱手分心的空檔，鳴人施展修煉中的新忍術衝向前方…

由於新忍術威力還不足，鳴人最終沒能敵過綱手，對此感興趣的綱手拿自己從祖父初代火影的首飾出來當賭注，賭鳴人能否在一星期內學會這個名為「螺旋丸」的新絕招。靜音不願看鳴人持續誤會綱手的用意，便主動告訴鳴人關於綱手的慘痛過往，在戰爭時期接連失去相繼抱有「成為火影」之夢想的弟弟繩樹、以及情人加藤斷，才令鋼手至今痛不欲生。

為了兌現與綱手的打賭，鳴人花費一星期沒日沒夜地修練螺旋丸。然而一星期後同樣是綱手與大蛇丸交易的日子，做出決定的綱手偷偷對自來也下藥，導致他渾身力量盡失，同時打昏靜音而決定單獨去赴大蛇丸的約。所幸提早痊癒修煉傷勢的鳴人及時叫醒靜音，伴隨藥效未過的自來也前去阻止兩人的交易。就在此時，兜突然動身阻止綱手對大蛇丸的治療…

由於兜搶先察覺綱手的殺氣，獲知她實際上是假借治療而趁機殺死大蛇丸。綱手即使痛苦卻也決定實現她深愛的兩人共同的願望，為保護木葉忍者村而戰並成為火影。綱手不再猶豫而全力攻向罪孽深重的大蛇丸，然而兜對醫療忍術運用卻更勝一籌，導致綱手很快因恐血而全身顫抖不已，直到自來也一行人及時出現，使雙方的對戰一觸即發。

在綱手陷入恐血症，自來也還未脫離藥效時，大蛇丸藉由兜召喚出通靈大蛇而迅速佔上風。靜音一不留神被兜從地底抓住雙腳、切斷肌腱而無力還擊，眼看綱手遭到無情毆打，孤掌難鳴的的鳴人仍憑著自己的毅力，努力替綱手擋下兜的攻擊。鳴人堅定的表示自己「當上火影前絕不會死」，緊接著使出自己花費一星期修煉完成、以影分身補足的成品「螺旋丸」攻向兜…

鳴人雖然成功發動螺旋丸給予兜重重一擊，但過程中卻被兜切斷心肌而陷入瀕死的局面。隨著兜慢慢自我痊癒傷勢，綱手被迫冒著恐懼、盡自己所能地保證鳴人活著，然而大蛇丸卻打算就此殺死鳴人排除威脅。危急時刻使綱手從陰影中徹底醒悟，隻身擋下大蛇丸的一系列致命攻擊，甚至克服恐血症、解放額頭「陰封印」發動「創造再生」迅速恢復傷勢。為了消滅強敵，綱手、自來也與大蛇丸同時使用通靈之術。

曾經的「木葉三忍」同時分別召喚出蝦蟆文太、活蝓、與萬蛇進行三方對決，自來也和綱手並肩作戰，發誓會在此消滅深陷邪道的大蛇丸。萬蛇因不敵兩隻通靈獸、加上不情願服從大蛇丸而解除通靈逃跑，最後導致大蛇丸和兜因二對一落入下風而再度敗逃。經此一役，綱手對平安康復的鳴人表示會成為第五代火影，同時將首飾送給他當作禮物，並相信鳴人能夠實現繩樹和斷未完成的夢想。

在綱手的提議下，大家在回木葉忍者村之前，前往一處溫泉鄉泡溫泉，沒想到竟然在那裡遇到來向綱手討債的人，而鳴人則是在陰錯陽差之下，打算幫討債的人向綱手討債，沒想到最後竟然是白忙一場。

綱手時隔多年回到故鄉木葉忍者村會見高層與大名，而村子裡的忍者們也開始忙於第五代火影的就任事宜。在綱手的治療下，處於昏迷的佐助和卡卡西很快恢復清醒。然而當她正要治療小李時，卻得出小李因傷勢過重而可能無法繼續當忍者的結論，唯一的方法則是接受一種死亡率佔五成、除了綱手以外無人會做的特殊手術。

木葉丸因為無法接受第三代火影爺爺已逝、必須由綱手接任火影的事實而鬧彆扭，將自己封鎖在爺爺生前的辦公室中不肯出來。鳴人自告奮勇的表明自己可以勸服木葉丸，然而始終吃閉門羹，最後還是由綱手迅速解決。木葉丸在無意間聽到綱手全力分析小李手術時，所說的「畢竟我是第五代火影」的一番話，最終受綱手的使命感所感化而解開心結。

雖然小李是努力型的天才，但是面對身體上的障礙，可能再怎麼努力都不會有結果，後來小李在阿凱老師的鼓勵之下，終於決定接受綱手當時所提議的高危險性的手術。幸運的是，綱手經過多天努力，最終得出小李的手術其實有一半以上的成功率。緊接著在全村注視之下，綱手正式上任第五代火影。

鳴人突發奇想，想探索卡卡西面具下的真相，於是邀請小櫻和佐助一起參與，沒想到在追蹤的過程中，遭到和三個過去曾和卡卡西有過節的忍者，也因此鬧出了不少笑話，而三人最後還是沒有達到目的。

在綱手的交待之下，鳴人、小櫻和佐助三人立刻啟程前往茶之國，執行保護茶之國老大山葵次郎長所推派的參賽者－森乃伊馱天的任務，也因此瞭解出芥這個港口小鎮內的一段幫派恩怨。然而伊馱天一直都不怎麼領情，但是鳴人他們還是克盡職守地緊跟在伊馱天的身旁。

鳴人他們接下次郎長委託的任務後，便開始進行保護參加比賽的伊馱天。雖然鳴人他們數次幫助伊馱天，但伊馱天對忍者心存戒心，完全都不怎麼領情，直到昔日中忍考試的雨忍一行人出現攪局，伊馱天才慢慢地接受鳴人他們的協助。

在鳴人他們的幫助之下，伊馱天終於脫離雨忍們的糾纏抵達岸邊，但沒想到綠青葵早就在岸邊等候伊馱天上岸…。而鳴人他們則是在海裡繼續遭到雨忍們的糾纏，直到鳴人應用螺旋丸製造出漩渦才得以脫困，但是等他們游上岸時，伊馱天早已被葵打到傷痕累累。