在鳴人的幫助下伊馱天終於到達折返點，雖然伊馱天也因此重新燃起鬥志，但是葵的阻擋依然存在，即使鳴人和佐助卯足全力，卻仍然不是葵的對手，眼看著佐助和小櫻跌落吊橋之下，使鳴人和伊馱天開始陷入絕境。

佐助和小櫻眼看著跌落到懸崖下的鳴人，決心無論如何都要打敗眼前的葵，然而佐助面對手持雷神之劍的葵，直接被打得落花流水，甚至被葵諷刺是最弱的宇智波。但鳴人仍不氣餒，鎖定佐助用千鳥攻擊後在雷神之劍上所留下的裂縫攻擊，最終突發奇想而將葵擊敗，讓伊馱天得以完成未完的賽程而圓滿完成任務。

負傷的佐助回到木葉村後接受綱手的調養之下住院靜養，此外鹿丸因為在中忍考試中表現不俗，在綱手以及全體中忍考試監考官的認可下，成為同期中唯一晉升為中忍的考生。然而此時的佐助因為無法維持自己跟鳴人的優越感，對鳴人燃起強烈的敵對意識，以至於按捺不住心中的怒火，直接向鳴人挑戰，而鳴人也欣然接受，兩人在醫院樓頂展開激烈戰鬥，甚至用出各自的必殺技。

眼看著鳴人和佐助之間的衝突一發不可收拾，小櫻不顧性命跑去制止，所幸卡卡西老師即時出手阻止。見佐助負氣出走，卡卡西心理意識到佐助是因先前與鼬的見面而陷入焦慮，因此追上對其「用心」開導，陷入茫然的佐助似乎出現一些領悟，然而大蛇丸的指派的部下音忍四人眾卻也在此時盯上佐助，準備把他帶回音忍者村。

音忍四人眾稍稍展現恐怖的實力讓佐助大驚失色，然而對方表示可以投靠他們以及大蛇丸來尋求「復仇的力量」，但也讓佐助自己決定是否要跟他們為伍。復仇心強烈的佐助不知深淺地接受請求，同時認為這是唯一能變強的選擇，於是決定去找大蛇丸。即使小櫻感覺到他的意圖而出面阻攔，甚至以真情告白的方式進行勸阻，最後仍然無法挽回佐助的心意，得到一句「謝謝你」後眼睜睜地看著他離開村子。

小櫻被佐助打昏而一覺睡到天亮，使綱手隔天才得知佐助已離開木葉村後，於是立刻派遣剛成為中忍的鹿丸執行將佐助帶回來的任務。鹿丸隨後便找來鳴人、丁次、牙、寧次等人一同上路，並在出發前擬定好如何應付敵人的陣式。小隊臨走前被手術順利完成而康復中的小李送行，鳴人同時對淚流滿面的小櫻發誓會帶回佐助，表示這是他們一生的約定。

為了在短時間內增幅佐助的咒印力量，音忍四人眾用特殊藥丸及製造結界「四黑霧陣」的方式，將佐助暫時封印在桶棺內完成過渡期。與此同時，木葉村的兩名上忍剛好發現音忍的蹤跡，兩方在森林裡發生激烈戰鬥。四人眾被迫展現恐怖的實力擊敗兩名上忍，隨後由鹿丸領軍的小隊也因此發現音忍的行蹤，原以為一切都很順利，但四人眾卻對他們早有防備而展開攻擊。

由於鹿丸等人的行跡敗露，使小隊全員集體困入次郎坊的「土遁結界·土牢堂無」中裡。鹿丸一行人除了受困之外，身上的查克拉也開始慢慢地被次郎坊吸收，鹿丸為了脫困而心生一計、裝作舉旗投降，不知其原由的牙與鳴人也因此錯怪鹿丸，頓時就在次郎坊的面前起內鬨。然而作為鹿丸長久以來的搭擋的丁次，得知鹿丸藉此找到結界之弱點，並藉助丁次的肉彈戰車將其擊破。

在鹿丸的領軍之下，眾人突破次郎坊的土遁結界，雖然鹿丸立刻做好準備對敵，但在力大無窮的次郎坊面前仍顯得不值一提。為了幫鹿丸一行人爭取時間追回佐助，丁次決定留下來單獨面對次郎坊。雖然部分人都不看好丁次，但與他長久以來合作無間的鹿丸，卻十分信任丁次的實力。而丁次就憑著鹿丸的這份信賴之心，拿出自己祖傳的「殺手鐧」藥丸與次郎坊拼死一搏。

面對吃下秋道一族秘傳藥丸而實力暴增的丁次，次郎坊不得不進入駭人的「狀態二」試圖挽回局勢。從小因為內向且肥胖的丁次常遭到同伴的排擠，但是鹿丸卻觀察到丁次不為人知的優點，也因此成為從小就是好朋友兼死黨。如今在鹿丸的影響之下，丁次不顧性命吃下最後的紅色藥丸，進入蝶化狀態擊殺次郎坊，然而也很快面臨吃下紅色藥丸的致命副作用。雖贏下戰鬥卻無力追上同伴的丁次，慢慢倒在樹前失去意識。

鹿丸一行人持續追擊而追上音忍，而這次由六隻手的鬼童丸留下來抵擋。鹿丸雖然安排出其不意的階段性戰略，卻仍然不是鬼童丸的對手。後來是寧次找到應付鬼童丸的攻擊竅門，同樣決定單獨留下來對付鬼童丸，讓鹿丸率領鳴人和牙他們繼續追擊。雖然寧次已發現鬼童丸以查克拉構成的蜘蛛絲弱點，但鬼童丸有著極高的戰鬥智商與水平，一場死鬥也隨之展開。

寧次雖身為木葉忍者村下忍中並列最強，但面對實力更勝一籌的鬼童丸，還是顯得相當吃力。精通的柔拳甚至被鬼童丸用身體汗腺分泌出的蜘蛛黏金擋下。由於深知近身戰贏不過寧次的柔拳，鬼童丸開始採取遠距離攻擊形式，最終察覺到寧次白眼的360度視野其實有一個「死角」，於是瞄準這個死角位，向寧次發動避無可避的致命一擊。但由於寧次仍屹立不倒，仗著好玩心態的鬼童丸同樣進入狀態二…

寧次雖然僥倖躲過鬼童丸的致命攻擊，但仍淪落為瀕死的局面，認為自己的死角弱點已暴露而已無勝算。然而，寧次回想起鳴人一直以來交予他的忠言，給了他活下去的信心以及不能輸的理由。寧次用殘存的查克拉偏離鬼童丸的箭矢，將柔拳透過蛛絲灌回給鬼童丸而成功重創其身體，乃至忍著傷痛沖回去徹底擊敗對方。隨著鬼童丸慢慢斃命，寧次失去意識之際將救回佐助的使命託付給同伴。

由於大蛇丸已提前到極限而等不及佐助的到來，於是在兜的強烈建議下，只好選擇轉生到其他較適當的容器的身體中，耐心等待下一次轉生機會。而鳴人一行人隔早終於追上左近和多由也，在鹿丸的分工策略下而順利地把裝佐助的棺材搶回來，然而左近和多由也一怒之下開始緊追在後。與此同時，大蛇丸麾下的另一個最強高手，出動前去奪回容器。

眼看著鹿丸他們就要順利把佐助帶回去，沒想到牙為了救受困的赤丸，竟然和左近一起跌落山谷…。而此時竟然出現一名新的敵人－君麻呂，君麻呂一出手就把佐助帶走，留多由也一人來對付鹿丸和鳴人，後來在鹿丸的計劃下，鳴人立刻脫困，打算趕去追回佐助…。

隨著鳴人想辦法用無數個分身，與實力「毛骨悚然」的君麻呂周旋時，鹿丸也在用所剩無幾的查克拉、忍具與頭腦與多由也周旋。而牙伴隨赤丸正與在峽谷底端與左近交戰，期間發現他身體裡其實存在著其兄長右近。「一體雙生」的兩兄弟進入咒印狀態二，聯手擊潰牙與赤丸最新修煉的強大合體技「牙狼牙」，而左近眼睛不慎受傷時，右近偷偷鑽入牙的體內進行「細胞融合」…

牙不得不以自殘的方式逼出右近，導致右近落下重傷而一時無法行動，也讓牙找到時機帶著受傷的赤丸沿著水路逃離追殺。而鳴人面對君麻呂利用體內人骨的特殊血繼限界，僅能靠分身持續採取人海戰術。而另一邊的鹿丸艱難地跟使用笛聲操縱通靈怪物的多由也周旋，目睹多由也吹出至今無人倖免的必殺笛曲「魔鏡之亂」。

鹿丸目睹三隻通靈怪物跟隨「魔鏡之亂」的笛聲而提升速度，嘴裡還冒出一種能吞噬身體能量的特殊物質。躲入暗處的鹿丸開始用身上僅剩的忍具安排佈局，藉助精心安排的一系列假動作，一度用影子控制住三隻怪物。但就在即將反敗為勝之際，多由也解除通靈，進入實力暴增的咒印狀態二。眼看鹿丸已無力招架，卻在趁多由也近身時發動最後的賭注…

一籌末展的鳴人眼看著無數個的分身都被君麻呂殲滅，而佐助此時過渡完成而從桶棺裡突破出來，卻如今已判若兩人而頭也不回地離開。鳴人因為分心而即將被殺，手術康復的小李及時趕到要助鳴人一臂之力，才讓鳴人有機會脫身去追佐助。在木葉村，綱手和阿凱發現手術成功的小李溜出醫院跑去支援鹿丸小隊，更發現小李誤將綱手的酒瓶當作藥瓶帶走時，突然讓阿凱驚覺事態不妙。

由於君麻呂同樣擅長體術，加上小李因為剛做完手術而無法劇烈運動。隨後在吃藥時，小李誤把酒當作藥喝下而開始打起醉拳，然而即使是速度飛快、眼花繚亂的醉拳攻勢，終究也不是君麻呂的對手。就在小李、鹿丸及牙三方都即將被各自的強敵擊殺之際，恢復回木葉同盟的砂之忍者我愛羅、勘九郎和手鞠在關鍵時刻趕到救下三人一命。

鳴人難以追上跑走的佐助，而在木葉和砂忍恢復同盟的情況下，勘九郎和手鞠抱著贖罪的心態以及剛修煉完成的新絕招，不費吹灰之力就殲滅左近、右近及多由也，使牙、赤丸和鹿丸分別撿回一命。而我愛羅現身解救小李，使對付君麻呂的戰鬥瞬間逆轉，同時使他們這兩頭「怪物」最強對決一觸即發。

我愛羅命令小李不要插手，作為在中忍考試重傷過他的歉。然而君麻呂也並非等閒之輩，多次從我愛羅的密封式攻擊中脫困。君麻呂回憶起自己因恐怖的能力，被自己的輝夜一族囚禁在牢籠中度完童年，成為族內唯一倖存者後被大蛇丸收留而給予使命，卻因身體先天性疾病而無法將身體給大蛇丸作為容器。那一刻，君麻呂進入狀態二，發誓會在生命結束前完成最後的使命。

我愛羅和君麻呂的攻防戰仍在繼續，意識到查克拉將不夠的我愛羅靠流沙將君麻呂埋入地底，同時諷刺君麻呂被大蛇丸「洗腦」。因此被激怒的君麻呂發動最後一擊「早蕨之舞」，整座平原被骨頭森林覆蓋。眼看著君麻呂的骨頭就要對我愛羅發動致命一擊，但君麻呂卻因病在此時劃下休止符，留給我愛羅和小李無盡的思索。另一邊，鳴人在火之國邊際的一座瀑布前追上佐助…

鳴人狂奔到火之國邊際的「終末之谷」追上佐助，卻目睹得到一部分大蛇丸力量的佐助，已跟之前捨身救他的同伴判若兩人。受咒印影響的佐助內心甚至變得暴戾，聲稱自己已不需要木葉同伴的幫忙。儘管鳴人再怎麼動之以情，一心想達到目的佐助仍然不為所動，執意要去大蛇丸的身邊獲得力量，甚至毫不猶豫地對面前阻擋自己的鳴人發起攻擊。

面對已得到大蛇丸部分力量的佐助，鳴人被知曉自己弱點的佐助痛打到吐血，然而鳴人一心想帶佐助回木葉忍者村的心意，也不禁讓佐助想起了對過去那段不堪回首的記憶。佐助從小立志追隨哥哥鼬的腳步，加入以宇智波為首的木葉警務部隊，即使深知這個理想難以實現。但後來佐助察覺到部分族人對鼬抱有某種不信任感，甚至指控鼬疑似殺害自己的摯友宇智波止水，從而挑起鼬與族人乃至父親富岳之間的「衝突」。

佐助與鳴人對戰期間繼續深入童年的回憶，回想起自己為了練成宇智波一族的基本忍術「火遁·豪火球之術」，每天都無時不刻地練習，然而卻一直沒辦法製造出完美的大火球，甚至被父親指出自己遠不如哥哥鼬。然而努力總是會有成果，佐助最終練成完美的豪火球，也因此得到父母親的誇獎，讓佐助有種說不出來的開心。但這並沒有修復出現裂痕的一家人，佐助還發現父親和鼬之間的關係漸行漸遠。

為了讓父親和哥哥和好如初，佐助希望鼬在自己放學回家後陪自己練習，卻只得到哥哥冷冰冰地回答。就在當晚，晚回家的佐助目睹全族人、包括父母都被自己一直敬仰並希望超越的哥哥鼬屠殺，自己既難以相信也無力抵抗。鼬供述唯有這麼做才能讓佐助覺醒真正的萬花筒寫輪眼力量，表示自己是靠「殺死自己的摯友」才成功開眼，揚言佐助有朝一日獲得與他相等力量後便可以來找他，縱使佐助就此踏上不惜一切獲得力量的復仇之路。

卡卡西出任務回來才得知佐助離村、綱手只派一群下忍將其追回，心裡承認自己輕視佐助和鳴人的衝突，當下就放下新的任務，用忍犬追尋兩人下落。另一邊，鳴人和佐助的戰鬥進入白熱化，雖然兩人都承認彼此是好朋友，但佐助為了得到萬花筒寫輪眼，一心想致鳴人於死地，此舉讓鳴人頗為困惑。佐助最後下狠心用千鳥貫穿鳴人的胸膛，然而也激發出鳴人不惜一切想將佐助帶回村子的覺悟，直接在佐助面前釋放九尾力量。

佐助開始難以應付九尾力量逐漸失控的鳴人，面對鳴人無論如何都要將自己帶回村子的執著，佐助雖試圖理解朋友的用意，卻也怒吼鳴人在沒有切身體會自己的經歷與感受的情形下仍在自說自話。兩人為了證明各自的想法，開始一場對等的忍者決鬥，這股覺悟使佐助的寫輪眼更上一級，清楚地看穿鳴人的動作而一度重新佔上風。但隨著重傷瀕死的鳴人力量同樣更上一階，佐助最終承認鳴人不可思議的實力，將咒印力量提升到狀態二…

隨著瀑布的戰鬥接近尾聲，鳴人和佐助都逐漸被各自的力量反噬，決定靠接下來的螺旋丸與千鳥分出勝負。經過雙方的極致奧義之交鋒，鳴人成功在佐助護額上留下一痕，卻也被一度收拳的佐助擊至昏迷。陷入茫然的佐助拒絕殺死鳴人後正式投奔黑暗，而卡卡西在帕克帶領下最終來遲一步，並發現佐助將護額留在昏倒的鳴人身邊。由於下雨而無法繼續追蹤佐助下落，卡卡西只能先將鳴人帶回村子治療。不為人知的是，一名「曉」成員始終在一旁觀戰。

鳴人被卡卡西背回木葉村治療，其他同伴都平安無事以外，身負重傷的丁次和寧次經過治療也平安脫險，鹿丸除了自責以外也迅速振作。得知佐助沒回來的小櫻，在鳴人面前佯裝鎮定，其實心中另有打算。鳴人由於沒能實現約定，一心只想趕快把佐助帶回來。自來也匯報大蛇丸錯過這次轉生期後，準備正式收鳴人為徒，讓鳴人把握接下來的三年進行訓練，以獲得力量救回佐助。而「曉」同時獲知佐助投奔大蛇丸的消息，在神秘首領召集下齊聚一堂並開始行動。

小櫻決心自行去尋找佐助的下落，知道小櫻會這麼做的鳴人，當然也不可能坐視不管。於是自來也為了保護鳴人和小櫻，決定向綱手請求，由他帶著他們兩人一起出Ｓ級任務，沒想到才剛出任務自來也好色的老毛病就犯了，也因此給鳴人和小櫻帶來一堆麻煩…。

自來也以蒐集情報為由，前往煙花柳巷，沒想到卻遇到專門打劫的盜賊，卻也意外得到大蛇丸的相關消息。另一方面，鳴人和小櫻則是決定自行尋找大蛇丸的消息，卻巧遇遭到音忍襲擊的莎莎，因而得知莎莎的表哥嵐前往音忍者村之後，便音訊全無，於是便興起幫助莎莎尋找嵐下落的念頭，沒想到追殺莎莎音忍早已掌握鳴人他們的行蹤…

鳴人和小櫻為了保護莎莎不遺餘力，後來在自來也的幫助下，終於擊退音之忍者，沒想到後來莎莎竟然背叛鳴人他們，在達成任務後，莎莎也發現自己原來也受騙，在鳴人與自來也合力的攻守之下，三名音忍自然不是對手，後來蜉蝣選擇以犧牲的方式解救夥伴…回到音忍者村之後，地蜘蛛和神切向大蛇丸求情，希望大蛇丸能救蜉蝣，沒想到大蛇丸竟然提出要他們用生命換生命!

在自來也的帶領下，鳴人和小櫻他們終於進入大蛇丸的宅第裡，沒想到才剛進去不久就得兵分三路，他們也因此各自遇到自己必須克服的陷阱…

小櫻在落單之後，走到了一扇門前，本來想打退堂鼓，卻因為聽到兜的聲音而繼續前進，就在小櫻飽受兜與大蛇丸的威脅，即將面臨死亡的時刻，鳴人及時出現，但是鳴人沒多久後也陷入眼前這個兜的陷阱裡，後來莎莎救了鳴人一命，而眼前的兜也在此時露出真面目…

眼看著小櫻就要被失控的阿嵐殺死，所幸鳴人及時相救，並給小櫻加油打氣，然而眼看著鳴人陷入困境，小櫻只能勉強幫上忙。後來阿嵐找回自我並犧牲自己，為她們爭取逃出的時間，事情也平安落幕。小櫻也因為這次任務而下定決心，正式向綱手拜師學習醫療忍術。

木葉忍者村裡有一處專門看管重罪犯人的嚴懲設施，當綱手在調閱過去的檔案時，懷疑早先誘騙鳴人竊取重要卷軸的叛忍水木，與大蛇丸之間有非比尋常的關係，於是命令阿斯瑪與紅前往監獄內調查，沒想到當兩名上忍抵達時，水木早已做好逃獄的準備…

鳴人事先偷聽到水木和大蛇丸的聯繫，趕到監獄時發現阿斯瑪與紅重傷倒地不起，再加上本來和靜音一起去追擊水木他們的豚豚突然跑回來，表明靜音出事。鳴人於是帶著豚豚立刻出動打算解救靜音，沒想到卻在過程中中了水木設下的陷阱，也因此必須面對和風神雷神兄弟對決的結果…

隨著水木與伊魯卡的交戰，昔日的恩怨情仇也逐一浮現。至於對付風神與雷神兄弟的鳴人，似乎絞盡腦汁也找不出可以對付他們的好辦法，最後甚至是救兵趕到，才能暫時免除風神雷神兄弟的威脅…

就在鳴人陷入危機的時候，鹿丸、井野和丁次即時出現，化解了危機。但是，力大無窮的風神雷神兄弟也不是好惹的，還好在鹿丸他們三人合作無間，總算暫時控制住風神雷神，讓鳴人得以追蹤水木和伊魯卡老師的下落…。而伊魯卡則是身陷於水木所設下的陷阱中，不知道鳴人他們是否能即時趕上…

在鳴人和帕克即時趕到後，將伊魯卡從爆炸後的瓦爍堆中救出，後來水木的未婚妻－小樁要求同行，但伊魯卡不肯答應，於是小樁表示自己一定可以帶他們找到水木，伊魯卡才勉為其難地答應。另一方面，綱手則是查明水木手中的藥方是怎麼回事，再加上得知風神雷神兄弟也隨水木葉忍者村起逃獄後，也立刻起身出動，因為她知道光靠鳴人他們幾個，根本不是水木和風神雷神兄弟的對手…

在油女志乃的提議之下，調查大蛇丸下落的跡象又露出了一線矚光，也就是尋找相當難得一見、能追蹤任何氣味的微香蟲。在取得綱手的同意後，小組隨即在志乃的領帶下啟程，雖然過程中屢屢出現鳴人與志乃不和的狀況，但最後總能大事化小，小事化無。就在他們快找到微香蟲線索的時候，卻出現了意料之外的發展…

在志乃的帶領下，鳴人他們仍然持續進行微香蟲的搜尋工作，但鳴人在找尋過程中屢屢出錯，但後來在雛田的白眼協助之下，一行人終於抓到微香蟲。然而，躲在暗處的三名岩忍決定奪取微香蟲，對方身為曾敗給油女一族的蜜蜂蟲使「上水流一族」。三人趁雛田落單時佈下蜂蜜陷阱而抓獲，以她的性命向鳴人三人交換微香蟲

得知雛田已被上水流一族的人擄走之後，鳴人他們也下定決心要把雛田平安救出，同時也堅持保護雛田到底。剛開始，救援情況看起來似乎還算順利，但其實對手也早已想好因應對策，鳴人他們想好的對策也因此以失敗收場，於是一場蟲蟲大戰就此而起…

經過一番激戰後，由志乃率領的小隊看似被上水流一族打敗，但後來雛田憑藉著一股不放棄的決心，終於掙脫蜂蠟的束縛，更獨力用全新練就的絕招打敗上水流一族的三個人。雖然如此，任務卻還是在鳴人的失誤下無功而返。

酢醬草金山是川之國內少數的礦山村落，卻因為黑鍬家族的強行介入，使得整個村莊變了個樣，帶頭者的雷牙，喜歡以葬送生者的方式懲罰村民，六助等人為了向木葉忍者村求援，不惜長途跋涉，終於抵達目的地。後來，在綱手的指派下，由寧次帶領小李與天天，再加上鳴人也隨行，便與六助一行人出發前往酢醬草金山，只不過此行的任務，並沒有他們想像的那麼簡單…

六助一心想救被活埋的夥伴，於是擅自離開鳴人他們，卻因此被黑鍬家族逮捕，雷牙為了報負六助偷跑，更決定替他舉辦一場葬禮，得知此事的鳴人一行人當然不會袖手旁觀…然而就在他們順利救出六助之後，寧次竟然發現有人在盯著他們看，但是卻無法用白眼鎖定出對象，這到底是怎麼一回事呢…

在雷牙和蘭丸的合作無間之下，寧次的白眼幾乎無用勇之地，還因此讓鳴人和小李他們的攻擊撲了個空，後來甚至都被雷牙的雷電之牙電到暈死過去，後來是靠小李的肌肉記憶反應才讓鳴人他們逃過一劫，也因為小李才打散了雷牙和蘭丸的合作，讓寧次終於有機可乘…

鳴人們在大家通力合作之下終於擊敗雷牙，但是面對頓失依靠而且死意甚堅的蘭丸，卻也不知該如何是好，後來在了解蘭丸那段不堪回首的過去之後，總算有點釋懷，並決心要幫助他…沒想到鳴人一行人在回到生命咖哩屋後沒多久，發現暴風雨即將來臨，在準備做好防護措施時，蘭丸和芥子居然不見了…

雷牙因為蘭丸的犧牲而甦醒過來，誤以為蘭丸已死的雷牙於是決定向鳴人他們討回公道，便命令芥子帶鳴人他們過來。其實蘭丸只是暈死過去，後來在天天不放棄的幫助與山椒和芥子的生命咖哩的滋養下，蘭丸總算是活了下來。但是和得到自然力量的雷牙交手的鳴人們，可就沒那麼幸運了…

雷牙在蘭丸的幫助之下起死回生後，在雷擊的助力下功力更勝一籌，陸續打敗了鳴人他們，而山椒婆婆則是打算用生命的咖哩為鳴人他們加油打氣，沒想到在調配時出了一點差錯，但也總算是喚醒了小李和鳴人，即使如此小李和鳴人仍然不是雷牙的對手。然而受生命的咖哩所感動的蘭丸，卻在此時打算與雷牙同歸於盡…

綱手決定派鳴人等們擔任忍者學校野外求生活動的小組長，帶領學員完成模擬的任務，為了搶第一，鳴人不惜帶領組員們通行危險的路徑，也使得因天候因素而取消演習的消息，無法傳達給鳴人率領的小組…