S級魔導士昇格試験の出場者が発表！試験会場は妖精の尻尾（フェアリーテイル）の聖地、天狼島！！ナツ、グレイ、フリードなど総勢８名の錚々たる顔ぶれが出揃い、出場者たちは気合全開。そんな出場者の中でカナだけが、なぜか浮かない顔‥。試験のルールで、パートナーを一人選びペアを組むことになったのだが、順調に決まる人もいれば、なかなか決まらない人もいて！？

天狼島へ向かうナツ達の前に、異様ながら壮大（！）な、妖精の尻尾（フェアリーテイル）・初代ギルドマスター「メイビス」が眠る地、天狼島が姿を現した。そして、マカロフから一次試験の内容が発表される。その内容は、島にある８つのルートを突破すること。だが、そのルートにはそれぞれ試練が待ちうけている！中には、エルザやミラジェーンたちS級魔導士とのバトルもある。激闘必死のS級試験、ついに開始！！

「激闘」ルートでの対戦が次々と決まる中、エルザがいると思ってナツが選んだルートで待っていたのは、なんとギルダーツ！「終わった」と泣くハッピーを傍目に「燃えてきたぞ!!!!」と気合十分のナツ。戦いが始まると同時に全力全開で挑むナツだが、ギルダーツは全ての攻撃を弾き返す。底が見えない最強魔導士の魔力！諦めないナツだが、ギルダーツの魔法が直撃してしまい！？

一次試験を突破した出場者たちが挑む次の試験は、島のどこかにある「メイビス」の墓を見つけるというものだった。一方、試験から脱落したメストは、「妖精の尻尾（フェアリーテイル）についての、ある重大な秘密がこの島に隠されているらしい」と言い、ウェンディを誘って天狼島の探索を始める‥。そんなメストに不信感を抱くパンサーリリー。その理由とは！？そして、ウェンディの運命は！？

謎の青年から放たれた生命を奪う禍々しき黒い波動！間一髪、エルフマンとエバーグリーンの危機を救ったナツだったが、脅威の魔法が再び襲い掛かる！だが、イグニールのマフラーが身代わりとなり、ナツたちを救った！そして、青年は姿を消してしまう。同じ頃、天狼島に史上最強の闇ギルド・悪魔の心臓（グリモアハート）の飛行艇が接近。計り知れない巨大な闇の力が、妖精の尻尾（フェアリーテイル）に、ナツ達に迫る！混沌極める天狼島。運命の戦いが、いま始まる――！！

絶妙なコンビネーションで魔法を繰り出す、悪魔の心臓（グリモアハート）のヨマズ・カワズに、ガジル＆レビィは大苦戦！そして、ヨマズの口から天狼島にグリモアハートの全部隊が向かっている、という衝撃の事実が語られる。想像を超えた事態に危機を覚えたガジルは、この事をみんなに知らせるようにと、レビィを一人逃がす。そして、ガジルは傷ついた体を奮い立たせ、ヨマズとカワズの前に立ちはだかる！グリモアハート屈指の魔導士たちをそろえた「煉獄の七眷族」もついに姿を現し、戦いはさらに加速していく！

パンサーリリー、ウェンディたちを煉獄の七眷族の一人、アズマが襲う！全てを圧倒する脅威の力に、なすすべなく倒れされていく一同‥。そして、悪魔の心臓（グリモアハート）の飛行艇が天狼島に迫る。だが、その前に立ちはだかったのは巨人化したマスターマカロフ！！心の強さを拳に込めた怒りの鉄槌が飛行艇をなぎ払う！マカロフはグリモアハートを撃退できるのか！？

ますます激化する悪魔の心臓（グリモアハート）との戦い。次から次へと押し寄せてくるグリモアハートの大軍団を迎え討つナツたち。その前にひときわ異彩を放つ、黒い炎を操る魔導士が現れた。その男は、煉獄の七眷族・ザンクロウ。「弱者はいらねぇ！！！！」と味方をも焼き尽くす残虐非道な男はナツへと、黒い炎を放ってきた。炎を食べられるナツは、その炎を食べようとするが、なんと食べることができない！かつてない魔法の使い手にナツはどう挑む！？

圧倒的な力を持つ失われた魔法(ロスト・マジック)の使い手たち。その力を前に、苦戦を強いられる妖精の尻尾(フェアリーテイル)の面々。滅神魔導士(ゴッドスレイヤー)・ザンクロウと戦うナツは、竜をも超える神の炎に対抗する術がない。瀕死のマカロフの目の前で、神の炎に包まれたナツ。すべてを灰にする黒い炎の中で、ついにナツの魔力が消えてしまった････！ “絶対なる力”の前に、ナツはこのまま力尽きてしまうのか！？

型破りな戦法でザンクロウを撃破したナツ！ しかし激闘の傷は深く、ナツはその場で倒れてしまう。リサーナを守ってミラジェーンが倒れ、エルフマンとエバーグリーンも苦戦している。そんな中、七眷属の長・ウルティアがゼレフに接触！ 混沌と闇の王、伝説の黒魔導士・ゼレフを擁し、悪魔の心臓(グリモアハート)が目指す「大魔法世界」とは！？ 恐るべき野望がついに明かされる！！

魔力なき人間がすべて消し去られる絶望の未来。「大魔法世界」を実現させるわけにはいかない！ しかし、エルフマンとエバーグリーンは、ラスティローズのロスト・マジック「具現のアーク」の前に力尽きてしまう！ 一方、カプリコの力に圧倒されるルーシィ、グレイ、カナ。ロキは、なぜか三人をその場から遠ざける。ロキが見破ったカプリコの驚きの正体とは！？

カプリコの正体は、体を乗っとられ、悪の道を歩かされていた星霊カプリコーンだった！ロキの捨て身の戦法で解放されたカプリコーン。本来の主であるルーシィの母・レイラと交わされていた、ルーシィに関わる約束とは・・・・！？そして、回復したナツは七眷属の長・ウルティアとぶつかり、ルーシィとカナは「メイビスの墓」場所を示すヒントにたどり着く・・・・！

カナに眠らされてしまったルーシィは、煉獄の七眷属の一人、華院＝ヒカルに襲撃されてしまう！ 見かけによらず強いヒカルに、ルーシィは追い詰められる。絶体絶命のその瞬間、ウルティアとバトル中のナツが乱入してきた！ ウルティアはすぐに離脱したものの、ヒカルとその呪殺魔法「丑の刻参り」に苦戦するナツたち。バトルの勝敗は！？ ナツ・ルーシィ・ハッピーが３人一緒に繰り出した、驚きの必殺技とは！？

息の合った連携で華院＝ヒカルを倒したナツ＆ルーシィ＆ハッピー。“家族”が受けた痛みを自分達で返すため、ドランバルトからの救出の申し出を一蹴する。一方、メルディの攻撃に苦戦するジュビアは、グレイを殺すというメルディの言葉に怒り爆発！ グレイへの愛を力へと変え、本来の力を解放した！ 追い込まれたメルディは、己の唯一の目的を果たすため、ジュビアを利用してグレイを殺す“最悪の秘策”を発動する！！

メルディとジュビアとグレイ。失われた魔法（ロスト・マジック）「マギルディ＝センス」によって、一人が死ねば全員が死ぬという状態に陥った三人。グレイを殺すという目的達成のため自らを殺そうとするメルディを、ジュビアは止めることはできるのか！？ そして悪魔の心臓（グリモアハート）の副司令ブルーノートがついに参戦！ 強大な重力魔法の使い手に、いきなりの大ピンチを迎えるナツたち！ ハデスさえも一目置く、最強の男の力とは！？

ついにメイビスの墓に辿り着いたカナ。墓には妖精三大魔法の一つ、“妖精の輝き（フェアリーグリッター）”が封じられていた！ ルーシィの救難信号を受けたカナは、最強の魔法を携えて、ブルーノートに襲撃される仲間のもとへ駆けつける。しかしカナの“フェアリーグリッター”では、ブルーノートに対抗することはできない！ すべてが終わると思われた瞬間、妖精の尻尾（フェアリーテイル）を救いに現われたのは、カナが12年間待ち続けたあの男だった！！

ギルダーツ、フリード、ビックスロー。絶体絶命の危機に駆けつけた頼りになる男たち！ 傷つき疲れた妖精の尻尾（フェアリーテイル）の仲間を助け、悪魔の心臓（グリモアハート）を圧倒する。アズマと対するエルザも、仲間への思いを力に変えて戦い続けるが、そのアズマが仕掛けた失われた魔法（ロストマジック）が、天狼島のシンボルである天狼樹に重大な異変を起こし‥‥！！ 妖精の尻尾、全滅へのカウントダウンが始まった！！

天狼樹を支配されてしまい、全魔導士が魔力を奪われていく妖精の尻尾（フェアリーテイル）。本気の妖精女王（ティターニア）と対することを望むアズマに、唯一動くことを許されたエルザだったが、アズマの強大な魔力の前に力尽きてしまう。しかしその時、聞こえるはずのないジェラールの声を聞き、見えるはずのないナツや仲間たちの笑顔を見る。フェアリーテイルを救うためには、アズマを倒すしかない！！ エルザは、立ち上がる力を取り戻すことができるのか！？

アズマを打ち倒したエルザの活躍により天狼樹は解放され、妖精の尻尾（フェアリーテイル）のメンバーたちは魔力を取り戻す。危機に陥っていたギルダーツやフリード、ビックスローも、悪魔の心臓（グリモアハート）に反撃開始！ 一方、七眷属の長・ウルティアとグレイは、ウルティアにとっての母、グレイにとっての師匠であるウルをめぐる愛憎に決着をつけるため、本気のバトルを開始する！！

妖精の尻尾(フェアリーテイル)と、悪魔の心臓（グリモアハート）のギルドマスター・ハデスの直接対決が始まった！ だが、ナツたちが全力を込めた合体魔法(ユニゾンレイド)を準備運動と切り捨てるハデスの強さは想像を絶するものだった！ ハデスの指先の攻撃だけで、次々と打ち倒されていくナツ、グレイ、エルザ‥‥。果たして、フェアリーテイルに勝機はあるのか！？ そして、あのザンクロウを一瞬で死に至らしめたゼレフがつぶやいた‥‥「アクノロギア」とは一体！？

ナツにとどめをさそうとするハデスの前に立ちふさがったのは、なんとラクサス！ 破門中のラクサスは“元妖精の尻尾（フェアリーテイル）”を名乗るが、ギルドが受けた痛みに怒り心頭。圧倒的な力でハデスに対抗するが‥‥！ 一方、七眷属の生き残り、華院＝ヒカルやヨマズ、カワズの奇襲を受けるベースでは、戦いで傷ついたミラジェーンやエルフマンたちを守るため、リサーナと雷神衆が立ち上がる！！

ラクサスの全魔力が込められた雷を食べてしまったナツは、なんと炎と雷を融合させた“雷炎竜”へと変化した！ 雷を帯びた灼熱の炎「雷炎竜の咆哮」が炸裂し、ついにハデスを倒したかに見えたその時‥‥ハデスは封印していた「悪魔の眼」を解き放つ！！ 絶望的な魔力を操る、底の見えないハデスの恐怖。成す術はなくとも、それでも一丸となって立ち向かう妖精の尻尾（フェアリーテイル）！！ 魔導戦艦の船底で、ハッピーたちが見つけた“ある物”が、この戦いの命運を握るカギ‥‥！？

仲間の全力を受けたナツの拳が、ハデスの顔面に直撃！ 裏魔法で武装したはずのハデスに一体何が‥‥！？ ハッピーたちが魔導戦艦の船底で見つけたのは、ハデスの力の源となる“悪魔の心臓”だった。ハッピーたちに己の“心臓”を破壊されたハデスは、その強大な力を失ってしまったのだ！ 妖精の尻尾（フェアリーテイル）とハデスの戦いは、いよいよ本当のクライマックスへ！！ そして、覚醒したゼレフが、誰も想像できない、驚愕の世界の訪れを告げる‥‥！！

妖精の尻尾(フェアリーテイル)に敗れ、戦艦で逃げ出した悪魔の心臓(グリモアハート)の前に、ゼレフが姿を現した！ 絶望の黒魔導士が、非道の闇ギルドに報いの鉄槌を落とす！ 一方、街を襲い家族を奪ったことをメルディに告白したウルティアと、ずっと秘密にしてきた父と娘の関係をギルダーツに打ち明けたカナ‥‥。人間たちの愛情と現実が交錯する天狼島に、“アクノロギア”の影が迫る！ 「時代の終わりを告げる」という、その正体とは！？

“アクノロギア”とは、黙示録にある黒い竜！ 天狼島に降り立ち、妖精の尻尾(フェアリーテイル)に襲い掛かる！ ギルダーツもラクサスも歯が立たない、その圧倒的なパワー。絶体絶命、虫ケラのように蹴散らされるフェアリーテイルをかばい、巨大な竜の前に立ちはだかったのは、みんなのマスター‥‥マカロフだった！ 我が子らを未来へ生かすために、生命を捨ててアクノロギアを止めるマカロフに、ナツたちはどうする！？

アクノロギアによって天狼島が消滅して７年。島と共に、ナツたちが消滅して７年。妖精の尻尾(フェアリーテイル)はかつての力を失い、フィオーレ最弱のギルドに落ちぶれていた。四代目マスター・マカオは、帰ってこない仲間たちを思い出すことしかできない今のギルドを解散してしまおうかと悩んでいる。そんな時、フェアリーテイルを訪れた青い天馬(ブルーペガサス)のメンバーたち。一夜はマカオに「天狼島はまだ残っている」と告げるが‥‥！？

天狼島を襲ったアクノロギアの“咆哮(ブレス)”から、ナツたちが生還した！フェアリーテイル初代マスター・メイビスの力に守られ、人知れず７年間眠り続けていたのだ！ 帰ってきた天狼島組は、空白の時間を埋めるかのように、ギルドの仲間と大騒ぎ。しかし、失われた７年はやはり長く、物事が変わるには十分すぎる時間‥‥。父・ジュードを訪ねたルーシィが聞かされたのは、ジュードはひと月前に亡くなっているという事実だった‥

不在だった７年の間に金庫を盗まれてしまい、明日の食費にも困っていたナツとハッピー。400万ジュエルの報酬を狙って、脱獄囚･ベルベノを捕まえに、バルサミコ伯爵主催の魔法舞踏会に乗り込む！ ベルベノの狙いは伯爵家に代々伝わる大切な指輪。その指輪を持つ者は伯爵の一人娘スーと結婚できるという。めちゃくちゃなダンスで舞踏会を大混乱させる妖精の尻尾(フェアリーテイル)のメンバーは、ベルベノを捕まえることができるのか！？ そして、ベルベノの真の目的とは‥‥！！

ナツたちが請け負った依頼は、とある資産家の金塊を無事に送り届けるというもの。しかし金塊を運ぶ列車で乗り物酔いにやられ、ナツはいつも通りダウンしてしまう。そこに襲いかかったのが、密かに金塊を狙っていた大怪盗！ その名も“ケツプリ団”！！ 必殺の大放屁(超クサイッ！)で、ルーシィ、ハッピー、シャルルは吹き飛ばされてしまい、グロッキーのナツとウェンディだけが取り残されてしまった。ナツと金塊を守るために、ウェンディがとった驚きの作戦とは！？

「あたし‥‥透明人間になっちゃった！？」お風呂上りのルーシィは、自分の身体を見てビックリ。はじめは慌てていたルーシィだったが、誰にも見えないことを利用して、妖精の尻尾（フェアリーテイル）のメンバーにいたずらを仕掛ける！ ルーシィのいたずらで大混乱に陥ったものの、なんとか落ち着きを取り戻したギルド。さあ、戻る方法を考えようと思ったが‥‥。いくら知恵を絞っても、戻る方法が見つからない！ しかも、戻れないだけじゃない、衝撃の事実も判明し‥‥。絶体絶命の大ピンチ、ルーシィの運命やいかに‥‥！？

“連続教会破壊事件”が新聞を賑わしているある日のこと。ルーシィを訪ねて、妖精の尻尾（フェアリーテイル）に見知らぬ少女がやって来た。彼女の名はミッシェル。今は亡きジュードの遺品を渡すため、娘であるルーシィをずっと捜していたという。渡された遺品は、何に使うのかわからない一本の鉄の棒。首を傾げるルーシィだったが、それ以上に、突然現れた妹分のようなミッシェルが気になってしまう。ルーシィは、これから行くあてがないというミッシェルに、一緒に暮らすことを提案する。

ジュードの遺品に、突然古代文字が浮かび上がった！ 文字の解読にとりかかるルーシィだったが、それが一向に進まない。一方、久しぶりに出会ってしまったナツとラクサスとガジルは、一触即発乱闘寸前！ マグノリアの街を巻き込んで、決着をつける“決闘祭り”に発展してしまう。最強ラクサスと、ナツ、ガジルのガチバトルの行方は‥‥！？ そして、仕事から戻ったレビィの協力で遺品の古代文字を解読したルーシィ。そこに書かれていた、謎のメッセージとは‥‥！？

ある日、妖精の尻尾（フェアリーテイル）を訪ねてきた、ココ、ヒューズ、シュガーボーイ。エドラスで旧知の面々だ。しかし３人は「ルーシィを渡せ」と言い放ち、いきなり襲いかかってきた！ なんと彼らはアースランドのココ、ヒューズ、シュガーボーイだったのだ！ ヒューズの魔法でナツが操られ、ギルドは火の海に！ このままではルーシィが連れ去られてしまう！！ 彼らの狙いとは！？ そして、その時ミッシェルがとった驚きの行動とは！？

人を自由に操るヒューズの魔法で、崖から転落するルーシィとミッシェル。ルーシィは星霊の力でなんとかヒューズに対抗する。ナツは、相手の魔法を吸収してしまうシュガーボーイの魔法に大苦戦中だ。彼らの正体は、フィオーレ最大の教会組織「ゼントピア」に所属する戦闘部隊・レギオン隊！襲撃は勢いを増し、ギルダーツとバイロ、パンサーリリーとココなど、フェアリーテイルとレギオン隊の乱戦はエスカレート！そして、ルーシィを狙うレギオン隊の本当の目的が明かされる！！

レギオン隊の目的は、ルーシィの父・ジュードの遺品である時計の針を奪うことだった。父の遺品を奪われ意気消沈するルーシィ‥‥しかしナツたちは、レギオン隊が掲げる「聖戦」の意味を探り、遺品を奪還するため早速動き出す！ 時計の針に隠された秘密を探るべくルーシィの生家へとやって来たナツたち。ジュードが残した謎かけ（アナグラム）を解き明かし、ついに重要な手掛かりを手に入れるが、そこにまたもやレギオン隊が現れる！！

「星空の鍵」という絵本に、ジュードの遺志と世界に訪れる混沌の謎が隠されていることがわかった。父は自分に針を託し、残りの部品を各地の遺跡に分散して隠したのではないかと推測するルーシィ。時計の部品が集まった時、一体何が起きるのか。レギオン隊が求める聖戦と混沌とは何か。その答えを求め、妖精の尻尾（フェアリーテイル）は５つのチームに分れて、残りの部品を探す旅に出る！！

砂漠に遺跡の入口を見つけたナツたちは、流砂とともにその内部へと飲み込まれてしまった。遺跡の中は様々なトラップだらけ。暴れるだけのナツに少々おマヌケなルーシィとハッピー。そこにミッシェルとロメオを加えたこのチーム。目的の最深部へ、たどり着くことができるのか！？一方、グレイ・ジュビア・リオンの３人も教会跡の遺跡に到着。そこは岩が浮遊する不思議な空間だった。岩の仕掛けをクリアしたグレイたちは、同じく時計の部品を探しにレギオン隊のシュガーボーイに出会う！！

ルーシィの父・ジュードの遺品の謎を追って、地下聖堂に辿り着いたナツたち。そこにレギオン隊のダンとココが襲いかかってきた！ダンの槍のせいで、ルーシィがちっちゃくなったりハッピーが巨大化したりの大騒ぎ！ナツとダンのバトルが激しさを増す一方で、ルーシィたちを追いかけていたココが落とし穴にはまってしまう。とっさにココの手をつかんだルーシィだったが、結局二人とも奈落の底へ‥‥。敵同士なのに助けてくれたルーシィに心を揺らすココの目の前で、今度はルーシィが危険な罠にはまって‥‥！？

時計の部品を手に入れるべく魔導図書館に到着したエルザたちが出会ったのは、あの真の悪（ワル）・ケツプリ団だった！ エルザ・シャルルとケツプリ団は早速険悪な雰囲気になってしまうが、この出会いを何とか平和的に解決したいウェンディは自ら再び黒タイツ姿に変身する！ さらに、なぜかエルザも黒タイツ姿になって‥‥！？ 一方、ダンと激闘を続けるナツたち。ダンが持つ魔法を拡散させる盾には、ナツの炎が通用しない。打つ手がない状況で、ハッピーとミッシェルが思いついた秘策とは‥‥！？

シャドウ・ギアとガジル＆パンサーリリーのチームは、目的地である険しい岩山にたどり着いた。そこで待ち構えていたのはレギオン隊の頭脳・サミュエル。リリーとサミュエル、エクシード同士のバトルが幕を開ける！だが力と経験で上回るリリーはサミュエルを圧倒、ガジルたちも時計の部品を掘り当てて勝負あり‥‥と思われたが、それはすべてサミュエルの計算であり作戦だった！！一転大ピンチに陥るガジルたちは、緻密に積み上げられたサミュエルの計算を超えることが出来るのか！？

ダンを倒したナツたちの前に、レギオン隊を束ねるバイロが現れた！最強の力で襲いかかるバイロにナツたちは‥‥！？そして、ミラジェーン、エルフマン、リサーナの三人も時計の部品を手に入れていたが、そこにはレギオン隊のマリー･ヒューズが！人間を意のままに操ることの出来るタクトを持つヒューズは、ミラジェーンの体からサタンソウルだけを引きずり出す。暴走するサタンソウルに倒されるエルフマンとリサーナ。弟妹を助ける事が出来ないミラジェーンは、サタンソウルを凌ぐ、封印されていた第二の魔力を出現させる‥‥!!

ルーシィの父の遺志と遺品を守るため、隠された時計の部品を探す妖精の尻尾(フェアリーテイル)。時計の針を奪われたナツは、魔法を無効化する能力を持つバイロと激突する。 炎をかき消され本来の力を発揮できないナツは、格闘でもフィオーレで５本の指に入るというバイロに叩きのめされる。仲間のために何度でも立ち上がるナツと、自身が信じる正義のためには何を犠牲にしてもかまわないというバイロ。二人の戦いが沸点に達したその時、誰もが驚くまさかのヤツらが現れた‥‥！！

妖精の尻尾（フェアリーテイル）とレギオン隊の前に現れたのは、かつてニルヴァーナをめぐりナツたちと死闘を繰り広げた六魔将軍(オラシオンセイス)！ ブレイン二世をリーダーに、パワーアップした新生オラシオンセイスは、圧倒的な攻撃でフェアリーテイルとレギオン隊を戦闘不能にしてしまう。完成した無限時計とともに消えてしまったオラシオンセイス。世界の命運を握る“時計”の物語‥‥フェアリーテイル、レギオン隊、オラシオンセイス、三つ巴の激闘が、ここに幕を開けた！！

六魔将軍（オラシオンセイス）が無限時計を奪い去ってから、フィオーレ全土で頻発する教会襲撃事件がさらに激しさを増した。なぜ教会が襲われるのかはわからないが、これ以上ヤツらの勝手にはさせられない！オラシオンセイスの居場所の特定とメンバーの組分けをカナの占いにゆだね、ナツたちは反撃のため出発する！それと同時に、レギオン隊が属するゼントピアの裏側では、事態をさらに悪化させる陰謀が進行していて‥‥。

カナの占いで新たなチームを編成した妖精の尻尾（フェアリーテイル）。ナツ、ルーシィ、エルフマン、ミッシェルのチームは、教会爆破を目論む六魔将軍（オラシオンセイス）のジャックポットと出会う。チームの連携がとれず苦戦するナツたち。ナツたちだけではなく、ほかのチームもメンバーの折り合いが悪く、どこも険悪ムード。絆が自慢のフェアリーテイルを襲う突然の不協和音。対する敵は、どのチームも超強力！ナツたちだけじゃない！ガジルやジュビア、ウェンディにも危機が迫る‥‥！！

無限時計を巡る妖精の尻尾（フェアリーテイル）、レギオン隊、新生六魔将軍（オラシオンセイス）の三つ巴の戦いは激しさを増していく！ナツたちは教会襲撃を続けるオラシオンセイスとフィオーレ各地で大激闘！その頃、評議員のラハールとドランバルトは、とある教会の奥で一人の少女と出会う。「生きることを諦めた」という彼女に、ドランバルトは自分が見捨て死なせてしまったと思い込んでいるウェンディの面影を重ねる。そこへ現れたオラシオンセイスのレーサー。ドランバルトは、襲いかかる強大な敵から少女を守ることができるのか！？

ギルダーツとラキが保護した女性の名は、ミッシェル・ロブスター。しかしミッシェルは、ナツやルーシィとともに教会襲撃騒動に巻き込まれている最中のハズ。ルーシィの血縁を名乗り現れたミッシェルとは、一体何者！？ エルザvs.コブラ（六魔）、ガジル＆ジュビアvs.ガットマン(レギオン隊)。各地で激戦は続き、いよいよこの戦いの真の狙いが明かされる‥‥！そして、ナツとルーシィの前に現れた、六魔将軍（オラシオンセイス）最後の一人とは‥‥！？

無限時計とは、「リアルナイトメア」という“時”を操る大魔法を発動させるための装置だった。六魔将軍（オラシオンセイス）を束ねるブレイン二世は、「リアルナイトメア」による世界の破滅を目論んでいたのだ。正体を現した六魔最後の一人イミテイシアに気絶させられたナツは、牢獄の中で目を覚まし、ルーシィの姿がないことに気づく。同じ牢獄に囚われていたケツプリ団とともに脱獄を試みるが‥‥。

無限時計は、ついに「リアルナイトメア」を発動させてしまった！ルーシィを生贄に、魔法が完成するまでもう時間がない！すべてを知って、無限時計を止めるために動き出した妖精の尻尾（フェアリーテイル）も、ガジルが老けたりハッピーが犬になったり、「リアルナイトメア」のせいで大混乱！そこに襲いかかったレーサーと、仲間を先に行かせるため対峙する役を買ってでたミラジェーン。二人の壮絶バトルの行方は！？そして、牢を抜け出しルーシィを探すナツの前に、最悪の敵ガットマンが現れる！！

無限時計復活のために捕らわれたルーシィを追って無限城を駆け上がるナツたちだったが、六魔将軍(オラシオンセイス)の妨害にあい、思うように先に進めない。限られた時間の中で、焦る妖精の尻尾(フェアリーテイル)のメンバー。そんな中、ハッピーがあることを思いつく。「新生オラシオンセイスを全員倒せば、無限時計の所有権が解除され、ルーシィも開放されるんじゃ‥‥」ハッピーのアイデアで作戦は決まった！ フェアリーテイル全員で、オラシオンセイスをぶちのめせ！！

ついにルーシィのもとにたどり着いたナツたちの前に、ミッシェルの仮面を脱ぎ捨て、ルーシィを渡すまいとするイミテイシアが立ちはだかる。エルフマンを軽くあしらうほどの力を持ったイミテイシアを倒さなければ、ルーシィを開放することはできない！ 一方、無限城の他のフロアでは、エルザ×コブラ、グレイ×エンジェルのバトルもスタート！ 巨大な無限城を揺るがして、フェアリーテイルの大暴れが始まる‥‥！！

刻一刻と無限時計に取り込まれていくルーシィ。イミテイシアに苦戦するナツの前に、さらにブレイン二世も現れた！ 二人の強敵に、ナツはやられてしまうのか！？一方、ルーシィと無限時計の融合を遅らせる手段を発見したフェアリーテイル。レギオン隊も協力し、無限城から無数に伸びる鎖を破壊するが、残された時間はあまりにも少なく‥‥。そして明かされる、ルーシィの過去に秘められていたイミテイシアの正体とは！？

「戻りたい‥楽しかったあの頃に‥」最後の力を振り絞り、ルーシィに想いを伝えるイミテイシア。その言葉を聞いた途端、ルーシィの中に眠っていた彼女との幼い頃の記憶が蘇る。一方、ブレイン二世のジェネシス・ゼロによって発動された闇に飲み込まれたナツ。未来を犠牲にしてまで強大な力を手に入れたブレイン二世に、今を生きるナツの渾身の一撃が放たれる！世界の運命は？ナツはルーシィを救えるか！？未来を懸けた最終バトル、ついに決着！！