Natsu, Happy e Lucy visitam Lamia Scale para verem um velho amigo. Quando chegam, ficam chocados ao saber como as coisas mudaram desde o ano passado. Reconstruir Fairy Tail será mais difícil do que eles esperavam.

Wendy e Shelia tentam impedir o ataque da Orochi Fin tomando o domador de monstros da guilda. Mas um inimigo familiar e formidável fica no caminho. Durante o encontro, Wendy e Shelia refletem sobre sua longa amizade.

Natsu e companhia encontram Juvia vivendo sozinha em um vilarejo deserto. Depois que ela descreve o comportamento misterioso e desaparecimento de Gray, Natsu corre até Sabertooth para evitar que eventos trágicos aconteçam.

Natsu, Happy e Lucy invatem o quartel general da Avatar em busca de Gray. Infelizmente, eles invadem a sala de tortura do culto! O time é forçado a lutar com os magos negros de mais alto nível da Avatar, incluindo Gray.

Gray e Erza revelam os detalhes da sua missão secreta. Enquanto isso, o culto Avatar se prepara para acabar com uma cidade inteira com pessoas inocentes para realizar seu Plano de Purificação. Natsu, Gray e os outros precisam correr para acabar com eles, antes que seja tarde.

Quando a derrota parecia inevitável, Arlock invoca o deus da guerra conhecido como Ikusatsunagi para matar seus próprios homens. Ele então revela que este era o verdadeiro plano de purificação. Natsu fica enfurecido e encara Ikusatsunagi em uma batalha.

Zeref compartilha a história de sua infância e como ele passou a ser afetado pela mortal Maldição da Contradição. Enquanto isso, Lucy fica preocupada que os membros da antiga Fairy Tail seguiram adiante e não vão ajudar a recomeçar a guilda.

Os membros da Fairy Tail trabalham para reconstruir a guilda. Eles tem fé que Makarov retornará um dia, mas precisam escolher um novo mestre por enquanto. De repente, um rosto familiar aparece e revela segredos sobre o passado da Fairy Tail.

Natsu e companhia partem para o Império Alvarez para resgatar Makarov. Eles param na Ilha Caracol, no meio do caminho para conseguir suprimentos e informações, mas passam por uma situação explosiva e encontram uma inimiga poderosa!

O time de infiltração da Fairy Tail encontra Brandish, uma poderosa membra dos Spriggan 12. Enquanto isso, Makarov continua suas negociações com o Império Alvarez. De repente, o imperador retorna depois de um ano de ausência.

Depois de se reunirem com Makarov, Natsu e companhia tentam fugir do Império Alvarez. O Rei do Deserto Ajeel os persegue e facilmente supera o esquadrão da Fairy Tail.

Mavis finalmente revela os segredos do seu passado, inclusive sua conexão com a Fairy Tail, Zeref e seu próprio pecado. As engranagens do destino oferecem um vislumbre de esperança, mas também uma trágica e definitiva contradição.

Mavis conclui sua história e revela a verdadeira natureza assustadora da magia do Fairy Heart. Em outro local, Zeref e os Spriggan 12 preparam sua invasão em larga escala de Ishgar.

Antes da batalha pela existência da Fairy Tail, os membros da guilda passam a última noite como desejam. Mas quando o exército de Alvarez lança um ataque surpresa, o laço de solidariedade da Fairy Tail é colocado à prova.

A Fairy Tail está completamente cercada e em menor número. Lucy e Brandish tem uma briga na banheira, Erza continua a lutar com Ajeel e os membros do time do Natsu são forçados a segurar sua força máxima.

Ajeel dos Spriggan 12 foi derrotado, mas outro membro é uma ameaça a Magnolia. O time de Gray tem dificuldade com um inimigo que se especializa em fraquezas, enquanto a Legião do Trovão tenta proteger Fried a qualquer custo.

Guildas de todo o continente de Fiore se juntam à Fairy Tail na batalha contra os exércitos de Zeref. Enquanto isso, Natsu e Happy aceleram para o oeste para derrotar Zeref de uma vez por todas.

Zeref, sentindo a imenência de sua morte, revela a verdade sobre o nascimento de Natsu. Depois de descobrir essa verdade chocante, Natsu ataca uma última vez. Enquanto isso, as guildas de Fiore começam a batalha contra o exército de Alvarez e os Spriggan 12.

Brandish escapa da morte por pouco, graças ao pensamento rápido de alguns membros da Fairy Tail. Depois de acordar, ela revela sua conexão com Layla, mãe da Lucy. No entanto, não demora muito para Brandish direcionar sua tristeza e raiva contra Lucy.

God Serena derrota os Quatro Imperadores de Ishgar e trás a batalha no leste a uma aparente conclusão. Enquanto isso, Gajeel, Erza, Laxus e outros membros da Fairy Tail partem para locais diferentes para apoiar outras guildas no combate.

Enquanto luta com Wall, Laxus é incapacitado devido a sua contaminação por Partículas da Praga, que chega a um nível crítico. No leste, Wendy e Shelia confrontam a "Rainha dos Guerreiros", Dimaria dos Spriggan 12, mas são superadas na mesma hora.

Wendy está determinada a usar seu Third Origin para derrotar a poderosa Dimaria. Mas usá-lo tem um preço: ela nunca mais poderá usar magia de novo. Enquanto isso, outro membro dos Spriggan 12 sozinho ataca a base da Fairy Tail.

Jacob desfere sua verdadeira fúria depois que Lucy e Natsu estragam seu plano inicial. Eventualmente ele ataca outros membros da Fairy Tail presos em sua dimensão alternativa. Enquanto isso, o campo de batalha em Hargeon é coberto pela escuridão quando um novo inimigo aparece.

Neinhart produz Historias pelo campo de batalha para colocar Hargeon em meio ao caos. Antigos adversários revivem e atacam os membros das várias guildas lutando para libertar a cidade. Erza sofre contra três Historias de uma vez e logo se encontra imobilizada…

O time de Natsu vai para leste com Brandish para negociar com August, o Rei dos Magos. Enquanto isso, a Sabertooth e a Blue Pegasus voltam a ação depois de serem salvos pelo time de Gajeel.

Gajeel tenta derrotar o invunerável Bloodman em um esforço desesperado para salvar Levy. Enquanto isso, o time de Natsu assiste Brandish tentar negociar com August. Enquanto isso, Irene e Acnologia se encaram.

A magia Universe One de Irene muda a forma do continente de Fiore. Todos os magos de Ishgar são jogados em meio a confusão, mas trabalham juntos para progredir. Enquanto isso, Mavis enfrenta mais uma dificuldade depois de recuperar sua forma física.

Mirajane derrota seus dois poderosos adversários, mas é pega por Irene antes de poder comemorar. Em outro local, diversos times da Fairy Tail seguem seus próprios caminho para salvar a Mavis. Mas o inimigo está preparado, esperando para derrotá-los.

Gildarts faz um retorno surpresa e confronta God Serena no campo de batalha. Natsu e seus amigos continuam a avançar em direção a guilda, mas logo percebem como os Spriggan 12 são realmente assustadores quando completamente reunidos.

Invel controla as mentes de Gray e Juvia. Apesar de serem amigos próximos, os dois são forçados a odiar um ao outro e lutar até a morte. Enquanto a luta continua, Julia escuta seus sentimentos por Gray e resiste da única forma que pode.

Enquanto Gray descobre a verdadeira identidade de E.N.D., Lucy encara Brandish. Lucy tenta evitar a luta, mas seus apelos não são ouvidos. Com nenhum dos lados dispostos a ceder, a batalha iminente gera uma nova crise.

Natsu e Gray lutam, incapazes de controlar o ódio que se opossum deles. ENquanto isso, o grupo de Erza sofre para passar pelo enorme exército inimigo. Depois que Irene libera seu poder especial, Mavis e Makarov entram em cena para salvar o dia.

Sting corre para ajudar enquanto Larcade continua seu ataque incessante contra o grupo de Kagura. Enquanto isso, Natsu fica inconsciente e acorda dentro do seu coração. Ele então revisita memórias que esclarecem seu passado.

Sting absorve o poder de Rogue e supera Larcade com magia branca e das sombras. Em resposta, Larcade libera o feitiço mortal "Rest in Peace". Em outro local, depois de uma batalha intensa, Irene revela a Erza um segredo sobre seu passado.

Irene conta a história do seu passado, inclusive o segredo sobre o nascimento de Erza. Ela também revela a origem da magia dos Matadores de Dragão, sua conexão com Zeref e o triste destino que o Matatador de Dragões espera. Enquanto isso, Natsu continua sua jornada dentro do seu coração.

Irene e Era se encaram em uma batalha épica. Quando Wendy ajuda Erza, Irene percebe o que pode ser a ruína de Wendy.

Irene libera seu Deus Sema, um poder além da compreensão humana. Apenas com seu braço direito, Era combate a magia que ameaça toda a região. Enquanto isso, Natsu é forçado a tomar uma decisão que mudará o seu destino.

Magnolia volta ao normal após a derrota de Irene. Como retaliação, August se prepara para destruir a cidade e todos que estão nela. Enquanto isso, Gray chega a Zeref e é o primeiro a descobrir o seu verdadeiro objetivo.

Gray faz sua escolha e decide sacrificar sua vida e sua existência para prender Zeref no gelo por toda a eternidade. Enquanto isso, o poderoso Acnologia finalmente chega a Magnolia e preocupa muito ambos os lados da guerra.

August busca entender o amor compartilhado entre pai e filho. Quando ameaça matar Cana, Gildarts responde com raiva. Enquanto isso, Natsu e Zeref continuam sua batalha épica, mas a situação muda com a chegada de Larcade.

As lágrimas de Erza param a luta entre Gray e Natsu. Enquanto isso, os membros restantes do Spriggan 12 começam um ataque violento em Ishgar. August encara a Crime Sorcière, enquanto Larcade usa um ataque que afeta inimigos e aliados.

Larcade urra de dor depois que Zeref o rejeita como filho. Enquanto isso, August começa a lançar uma poderosa magia que ameaça destruir toda Magnolia, junto com ele. Em outro lugar, Erza e Wendy se deparam com o poderoso Acnologia.

O time de Erza encontra uma mulher misteriosa com um plano que pode destruir completamente Acnologia. Enquanto isso, Lucy e companhia para aceitar a verdade que conecta a vida de Natsu com o Livro de E.N.D. que está em suas mãos.

Anna, Blue Pegasus e o time de Erza tentam destruir Acnologia usando a brecha temporal escondida. Em outro local, Zeref finalmente obtém tudo que ele precisava para reiniciar o tempo e viver novamente sua vida de 400 anos atrás, antes de se tornar imortal.

Zeref obtém o poder de um deus, um poder que transcende até mesmo o tempo. Natsu fica furioso enquanto segura Mavis inconsciente em seus braços. Enquanto isso, Acnologia continua a atacar a nave Blue Pegasus enquanto Anna se esforça para abrir a fenda temporal.

Fairy Tail e Blue Pegasus continuam a lutar com Acnologia. Com a fenda temporal aberta, são forçados a tomar uma decisão difícil. Na guilda, Natsu tem uma recuperação milagrosa e confronta Zeref uma última vez.

Zeref se foi e Acnologia está presentões dentro da fenda temporal. Quando parece que chega a hora de comemorar, uma rachadura maligna aparece no céu. Além disso, todos os matadores de dragões desaparecerem, indicando que a batalha ainda não acabou!

Dentro da fenda temporal e com o destino do mundo em jogo, os sete Matadores de Dragão lutam com Acnologia. Fora da fenda, a forma física de Acnologia continua sua onda de destruição. A situação parece desesperada, até que Lucy bola um plano desesperado…

O plano de Lucy para parar a forma física de Acnologia é imediatamente arruinado, mas todos se unem para manter a esperança. Dentro da fenda temporal, Natsu e os outros Matadores de Dragão encaram a forma espiritual de Acnologia numa épica batalha de sete contra um.

Usando o poder de todos os sete matadores de dragão, Natsu dá o golpe final em Acnologia. Um ano depois, Lucy revela tudo que aconteceu após a batalha.