Vala Mal Doran ontdekt dat haar dochter, die ze Adria noemt, snel groeit tot de leidster van de Ori, en over hun krachten beschikt. Ondertussen wordt Chulak aangevallen.

SG-1 bezoekt het sterrenstelsel Pegasus. Op de Odyssey proberen Carter, Mitchell en Rodney McKay een wormgat naar een Supergate te openen, in samenwerking met Teal'c, die in de Melkweg achtergebleven is. Ondertussen proberen Daniel en Vala Mal Doran de locatie van Merlijns Wapen te achterhalen met hulp van Morgan Le Fay, die zich voordoet als een interactief hologram.

Een aantal Baal-klonen, waaronder mogelijk de echte Baal, misleidt de Tau'ri en slaagt erin de lijst van planeten te bemachtigen, die door een kennisopslagplaats van de Ouden in Jack O'Neills hersenen zijn geüpload. Volgens de Balen is op een van de planeten op de lijst Merlijns Wapen te vinden.

Na onderdrukking van de gevaarlijke straling van de Sodan cloaking devices blijkt dat er een gevaarlijk mutageen organisme uit een andere dimensie in de 'onze' lekt. Het verandert op diverse bezochte planeten onschuldige inheemse dieren in enorme bloeddorstige monsters, waaronder twee in de omgeving van het huis van Generaal O'Neill, waar Generaal Landry en Kolonel Mitchell verblijven.

De buitenaardse Martin Lloyd, die op aarde een carrière als producer heeft gevonden, roept de hulp in van SG-1 voor het perfectioneren van zijn filmscript, terwijl zijn budget gekort wordt en de sterren weglopen.

De Jaffa gebruiken het Wapen op Dakara om een hele planeet uit te roeien. Adria overleeft het en zet koers naar Dakara om het Wapen te vernietigen.

Vala Mal Doran wordt ontvoerd door de goa'uld Athene, die de Sleutel tot Oneindige Schatten wil bemachtigen. Ze verliest haar geheugen en ontsnapt. Ze vindt werk in een eetcafé. Pas na lange tijd wordt ze gevonden en kan Daniel Jackson haar overhalen het vluchten te staken.

Als onderdeel van een machtsstrijd binnen de Lucian-alliantie neemt, wordt de Odyssey gekaapt. Cameron Mitchell infiltreert de organisatie door zich met het Reolegif voor te doen als goede vriend van Netan, de leider van de alliantie.

Adria bezorgt Vala Mal Doran een droom met de oplossing van het raadsel van de planeet met Merlijns Wapen. Samen met Baal en Adria lost SG-1 een aantal puzzels op waarbij ze voorzichtigheid, liefdadigheid, aardigheid, wijsheid en geloof moeten demonstreren om uiteindelijk oog in oog te staan met een draak.

Na het verslaan van de draak vindt de groep Merlijn zélf. Nadat Merlijn sterft krijgt Daniel Jackson zijn kennis in zijn hoofd geüpload. Voordat hij het wapen kan afmaken wordt hij gevangengenomen door Adria.

Samantha heeft Merlijns onzichtbaarheidsapparaat omgebouwd zodat het een heel dorp uit fase kan brengen. Tomin moet Vala Mal Doran de Wijzen van Origin leren, maar hij laat haar ontsnappen, omdat het verdraaien van Origin door een Prior zijn geloof doet wankelen.

Samantha komt in een parallel universum terecht waar het bestaan van de Stargate algemeen bekend is en Hank Landry de dictatoriale president van Amerika is. Met behulp van haar parallelle ex-man, Rodney McKay, keert ze uiteindelijk terug.

Daniel Jackson is door Adria in een Prior veranderd, maar is dankzij Merlijns interventie niet gehersenspoeld. Samen met SG-1 en Jack O'Neill completeert hij Merlijns Wapen en zendt het door de Supergate naar het Oristerrenstelsel. Even later komt er een aantal Orischepen het melkwegstelsel binnen.

Netan zet een premie op de hoofden van SG-1. Premiejager Ventrell duldt geen concurrentie, dus een aantal premiejagers wordt uitgeschakeld. De overige aanslagen mislukken ook. Na een confrontatie op Camerons middelbare school reünie wordt ook Ventrell verschalkt door Samantha's nieuwe holografische technologie. Uiteindelijk richt Ventrell zijn pistool op Netan.

Omdat de DHD een replica blijkt te zijn in een museum, gijzelt SG-1 een groep burgers in een poging tijd te rekken tot het SGC contact met ze opneemt. Uiteindelijk wordt met een naquadabom en handmatig draaien de Stargate geactiveerd, juist voordat de bestorming plaatsvindt.

Teal'c en Bra'tac raken zwaargewond bij een aanslag van Origetrouwe Jaffa. Teal'c vertrekt om wraak te nemen op de leider van de Jaffa groepering. SG-1 krijgt opdracht hem te stoppen, maar dat mislukt. Cameron Mitchell dient uiteindelijk een vals missierapport in.

De vader van Vala Mal Doran wil een Tel'takruimteschip volgeladen met naquada bemachtigen, dat Jaffa op aarde hebben neergezet om het te doen exploderen. Omdat hij betrapt is bij wat kleine oplichting kreeg SG-1 achterdocht en werd er een lokschip geplaatst. Generaal Landry gaat uiteindelijk uit eten met zijn ex-vrouw en dochter.

SG-1 zet een val voor Adria. Baal ontvoert haar en implanteert haar met een Goa'uld. SG-1 ontvoert haar opnieuw. De poging een Tok'ra te implanteren mislukt. Adria gaat hogerop.

De Asgard sterven uit en laten hun technologische erfenis na aan de Tau'ri. Omdat de Odyssey constant beschoten wordt door de Ori, maakt Samantha een tijduitrekkingsveld waar ze vijftig jaar in verblijven op zoek naar een oplossing. Uiteindelijk draaien ze de tijd terug, behalve voor Teal'c.