Une lumière illumine le ciel du Grand Japon. Une mystérieuse fille tombe du ciel et embrasse Muneakira Yagyû, un maître du sabre venu enseigner dans une école pour filles de guerriers. Un terrible pouvoir a été éveillé et il va changer le Grand Japon pour toujours...

Arrêtés par Sen Tokugawa, Muneakira, Yukimura et Matabei attendent leur punition. Pendant ce temps, Jûbei dort. Son réveil va surprendre tout le monde. Plus important encore, il va falloir vérifier si elle porte sur son corps la marque des Master Samurai...

Le pouvoir est à prendre. Yukimura est persuadée qu'il suffit d'embrasser Muneakira pour devenir un Master Samurai. Mais pour la jeune Yukimura, embrasser n'est pas une mince affaire, surtout avec Sen et Hanzô prêtes à tout pour l'en empêcher...

Le frère de Sen, Yoshihiko Tokugawa, commence à soupçonner que sa sœur héberge Yukimura. Il envoie donc une espionne pour découvrir le fin mot de l'histoire. Mais quand cette espionne arrive au dojo, il s'avère qu'elle connaît déjà Yukimura et qu'elle lui en veut depuis l'enfance...

Sen veut découvrir ce que trame son frère. Elle décide donc d'aller pirater le serveur informatique de la résidence secondaire familiale. Ce qui devait à l'origine être une expédition discrète se transforme en sortie de groupe à la plage. Mais l'espionne de Yoshihiko rôde toujours...

Hanzô doute. Sen est devenue un Master Samurai puissant qui n'a plus besoin de la protection de sa fidèle servante. L'arrivée d'un ennemi invisible va lui donner l'occasion d'éprouver la solidité des liens qui l'unissent à Sen...

Face aux dangers qui les menacent, Yukimura et Sen décident d'ordonner à Matabei et à Hanzô d'embrasser Muneakira pour que toutes deux deviennent des Master Samurai. Les deux jeunes filles hésitent quand une nouvelle jeune femme tombe du ciel, exactement de la même façon que Jûbei. Gisen, la nouvelle venue, a une vision très particulière des rapports que doivent avoir les généraux et leurs samouraïs...

Gisen parvient à piéger Muneakira et tandis que Sen et les autres se battent pour le sauver Yoshihiko arrive et interrompt le combat : le temps de révéler l'identité de l'ombre qui plane sur le Grand Japon est enfin arrivé...

Yoshihiko a capturé Muneakira et ses amies. Il compte utiliser les gênes de Jûbei pour produire en série de puissants Master Samurai. Ayant obtenu ce qu'il voulait, il ordonne à D'Artagnan de tuer Yukimura, Matabei, Hanzô et Kanetsugu. Mais elles parviennent à fuir et dans les combats qui s'ensuivent le vrai visage de Yoshihiko se révèle. De son côté, Muneakira est coincé dans la prison démoniaque de Gisen...

La relation entre Yoshihiko et Nia devient plus claire. Mais Gisen fait revenir Amakusa à la vie et plonge le laboratoire souterrain dans le chaos. Muneakira parvient à briser ses chaînes et se prépare pour le combat final, alors que Yoshihiko libère son armée de Master Samurai artificiels...

Le rituel de résurrection d'Amakusa se poursuit. Muneakira, Sen, Yukimura et les autres doivent unir leurs forces pour aider Jûbei à arrêter Gisen. Sortiront-ils indemnes de cette grande bataille ?